Наиболее значительным результатом протестов Лас Касаса, Витториа и других стали "Новые законы Вест-Индии", принятые Карлом V в 1542 году. Эти законы ограничивали власть испанских поселенцев над индейцами и запрещали воевать против индейцев, изъявлявших готовность жить в мире с испанцами. В Новом Свете они по большей части не соблюдались. В Перу поселенцы открыто заявили о неповиновении им. В конце концов "Новые законы" были просто преданы забвению. Тем не менее в испанской Америке всегда были христиане, протестовавшие против эксплуатации индейцев и посвящавшие себя борьбе за улучшение условий их жизни.

Во вторую экспедицию Колумб взял с собой семь миссионеров, главной задачей которых должно было стать обращение индейцев. Но на подходе к небольшому форту, который Колумб основал на Эспаньоле (ныне Гаити), испанцы получили удручающее известие. В результате злоупотреблений, эксплуатации и насилия со стороны испанцев индейцы взбунтовались, разрушили форт и перебили весь гарнизон. Колумб приказал "восстановить порядок" на острове, дав своим помощникам указание отрезать нос и уши у всех, кто не захочет подчиниться. Но вскоре бунтовщики появились и среди испанцев. Сообщения о злоупотреблениях и самоуправстве в колонии побудили Изабеллу к решительным действиям – Колумб был смещен с должности и в цепях отправлен в Испанию.

При преемниках Колумба положение индейцев не улучшилось. Им приказали четыре раза в год платить испанцам налог золотом и хлопком. Тех, кто не хотел или не мог платить налог, обращали в рабство. Индейцы начали убегать в горы, где их ловили с собаками. Что касается миссионеров, они, судя по всему, ограничивались тем, что брали на христианское воспитание сыновей некоторых индейских вождей. В 1503 году из Испании поступило предписание, что индейцы должны жить в своих деревнях и что в каждой из них должен быть представитель испанской власти и священник. В некоторых местах это указание было исполнено. Но затем работоспособных индейцев начали отправлять на золотые прииски и держать там месяцами без связи с семьями. В конце концов принудительный труд, завезенные испанцами болезни и массовые самоубийства уничтожили большинство коренного населения. То же самое происходило в Пуэрто-Рико, на Кубе, Ямайке и на других более мелких островах.

Недостаток индейской рабочей силы вынудил испанцев ввозить чернокожих рабов. Первые из них прибыли из Испании в 1502 году, но еще в течение нескольких лет дешевизна индейской рабочей силы сдерживала распространение рабского труда чернокожих. В 1516 году Лас Касас, озабоченный положением индейцев, предложил ввозить рабов из Африки. Вскоре он отказался от этой идеи и стал защитником не только индейцев, но и негров. Но к 1553 году были уже завезены десятки тысяч рабов из Африки. Показательно, что немногие возражавшие против этого богословы исходили не из принципиального несогласия с применением рабского труда, а руководствуясь тем, что им непонятно, как при этом должны распределяться доходы. Как бы там ни было, происходившее на Карибских островах повторялось и в других испанских колониях. Там, где индейцев становилось мало, их место занимали рабы из Африки. Вплоть до наших дней в тех местах, где индейское население резко сократилось в XVI веке, негров остается больше.

Во время похода на Теночтитлан, столицу империи ацтеков, Кортес разрушал всех идолов тех племен, которые встречались на его пути. Однако в случае с тласкаланцами, мощным племенем, в поддержке которого он нуждался для завоевания империи ацтеков, Кортес изменил этому правилу. Тем самым в испанской религиозной политике в Мексике впервые проявилось странное сочетание религиозного рвения и чувства целесообразности.

Изначально в экспедиции принимали участие два священника, но этого оказалось явно недостаточно. Кортес, несмотря на всю свою алчность и жестокость, был искренним католиком, поэтому он попросил Карла V прислать ему в Мексику не священников или прелатов, а нищенствующих монахов. Он объяснял это тем, что монахи могут жить в бедности и тем самым показывать хороший пример аборигенам, тогда как назначенные священники и прелаты привыкли к вопиющей роскоши и не могут быть заинтересованы в обращении индейцев. В ответ на эту просьбу в Мексику были отправлены двенадцать францисканцев. Когда они прибыли, Кортес пал перед ними на колени и поцеловал им руки. Но вставшая перед ними задача была не из легких, так как индейцы с большим предубеждением относились к испанцам и к их религии. С другой стороны, индейцам было ясно, что христианский Бог поверг их собственных богов, поэтому многие индейцы, не забывая о совершенных против них злодеяниях, принимали крещение, надеясь тем самым получить поддержку всесильного христианского Бога.

Мало-помалу эти двенадцать монахов и многие другие, последовавшие вслед за ними, завоевали уважение и даже любовь индейцев. Бывали случаи, когда индейцы, узнав, что их священника переводят в другое место, поднимали бунт и добивались от властей изменения принятого решения.

В зарождавшейся мексиканской церкви возникало множество конфликтов и спорных вопросов. Монахи крестили любого, кто того пожелает, при единственном условии: надо было признать, что Бог един и что Иисус есть наш Спаситель, и по памяти повторить Молитву Господню и "Аве Мария". В некоторых случаях не соблюдались даже и эти требования. По слухам, были миссионеры, крестившие по нескольку сотен человек в день, иногда просто окропляя некоторых из них. У секулярных, то есть не принадлежавших к монашеским орденам священников были основания завидовать успехам монахов, хотя большинство из них делали очень мало для обучения индейцев. Они обвиняли монахов в чрезмерном упрощении обряда крещения, но не в снижении требований, как можно было бы ожидать, а в опущении некоторых элементов самого обряда. В конце концов спор был разрешен папой Павлом III, заявившим, что уже соверш?нные по упрощенному образцу обряды крещения остаются в силе, но что впредь необходимо соблюдать определенные требования. Но даже после вмешательства папы разногласия между монахами и секулярным духовенством сохранялись в течение жизни нескольких поколений.

Первым епископом, а затем архиепископом Мексики был францисканец Хуан де Сумаррага. Он был убежден в необходимости реформировать церковь путем надлежащего обучения верующих и подготовки образованных священников. С этой целью он организовал в Мехико типографию – первую в Западном полушарии – и печатал в ней книги для обучения индейцев. Среди них была книга, автора которой Сумаррага не указал, но которая впоследствии была осуждена испанской инквизицией как протестантская. Он также способствовал основанию в Мехико университета и был активным защитником индейцев от всех, кто стремился эксплуатировать их, какое бы высокое положение ни занимали эти люди.

Но как и большинство христиан того времени, этот в других отношениях непредубежденный епископ был нетерпимым ко всему, что он считал ересью. В 1536 году его назначили "папским инквизитором" Новой Испании, как тогда называлась Мексика. С этого времени по 1543 год за ересь судили 131 человека. Большинство обвиняемых были испанцами, но суду подверглись и тринадцать индейцев. Наиболее известным среди них был вождь Карлос Чичимектекотл, который учился у францисканцев и которого обвинили в поклонении идолам, внебрачном сожительстве и неуважении к священникам. Он признал, что жил со своей племянницей. При обыске у него нашли идолов, которых, по его словам, он хранил как исторические реликвии. Никто не видел, чтобы он поклонялся им. Дело, по всей видимости, закончилось бы незначительным наказанием, если бы один из свидетелей не показал, что слышал заявление Чичимектекотла о том, что религия христиан сомнительна, так как многие из них – законченные пьяницы, контролировать которых священники не в состоянии. На этом основании его приговорили к сожжению на костре.