Деятельность по заселению и обращению в христианство прибалтийских земель тоже не имела большого будущего. В самом ордене постоянно происходили ссоры между прусским, немецким и ливонским магистрами и между братьями, происходившими из Франконии, Рейнской области и других стран. Например, в Ливонии к 1450 году около 60 процентов братьев были родом из Вестфалии, а около 30 процентов – из Рейнской области. Рыцари кичились своим знатным происхождением, присваивали деньги ордена, в Пруссии они составили могущественную олигархию, которая после 1466 года определяла политику ордена и направляла действия магистра. Все это привело к обмирщению ордена и в конечном итоге к полной секуляризации орденского государства. Государство госпитальеров территориально было намного меньше тевтонского, и для его защиты требовалось, соответственно, меньше людей и средств, да и сам орден госпитальеров был намного гибче и продолжал вести военные действия еще долго после того, как Тевтонский орден отказался от всякого подобия священной войны. В 1525 году последний прусский магистр Альбрехт Бранденбургский перешел в лютеранство, признал себя вассалом польского короля и начал править Пруссией как наследственным светским герцогством. Из пятидесяти пяти братьев, оставшихся в Пруссии, лишь несколько сохранили приверженность католицизму. Немецкое п ливонское отделения Тевтонского ордена просуществовали до 1561 года. Реформация нанесла удар и по ордену госпитальеров, его приорства были распущены протестантскими правителями: в Швеции – в 1527 году, в Норвегии – в 1532, в Дании – в 1536 и в Англии – в 1540.
Процесс национализации испанских орденов начался еще до окончании Реконкисты (которая закончилась в 1492 году). После завоевания Гранады кастильская корона решила положить конец бесконечным спорам между орденами. В 1489–1494 годах король Фердинанд принял на себя управление тремя кастильскими орденами. Со стороны братьев это не вызвало протеста, и был организован королевским совет для контролирования деятельности орденов. Капитулы, выборы и образ жизни в командорствах не претерпели существенных изменений. Калатрава, Монтеса и Авиш сохранили свою связь с орденом цистерцианцев. В 1523 году папа Адриан VI официально объединил кастильские ордена под королевской властью и передал короне магистерство и связанные с ним доходы (достигавшие 110000 дукатов в год, что составляло почти половину всех орденских доходов). Монтеса, и свой черед, была подчинена в 1587 году арагонской короне. Контроль над португальскими орденами, отказывавшимися принимать участие в действиях за морем, тоже перешел к королю, который использовал некоторые их командорства для награждения за верную службу тех, кто сражался с «неверными» в Африке и в Азии. Португальские ордена прекратили свою военную деятельность, но отдельные братья самостоятельно принимали участие в кампаниях против мусульман (на пример, около двадцати восьми из них были убиты или взяты в плен при Алькасаре во время марокканской кампании 1578 года).
С течением времени папские буллы постепенно освободили испанских монашествующих рыцарей от правил на вступление в брак, частную собственность, соблюдение постов, место жительства и молитвенную практику. Корона начала сама вести хозяйство командорств, и многие братья превратились в рантье, сохранявших свое членство к орденах из соображений чести, знатности и карьеры. С созданием же постоянной регулярной королевской армии ценность орденов как поставщиков опытной военной силы упала. В 1536 году Карл V начал дробление владений орденов для финансирования своей деятельности по защите христианства; он продал четырнадцать из пятидесяти одного командорства Калатравы, тринадцать из девяноста восьми командорств Сантьяго и три из тридцати восьми командорств Алькан-тары, в результате чего получил около 1700000 дукатов.
Королевская власть должна была как-то оправдать национализацию орденов, и кастильская корона объяснила это стремлением объединить все ресурсы для продолжения священной войны и обращения язычников; при этом подчеркивалось, что северная Африка, как и Гранада, – всего лишь первые шаги по дороге в Иерусалим. В 1506 году король Фердинанд собрал капитул Сантьяго, на котором было решено основать монастырь в Оране (Алжир); строились также планы организовать отделения Калатравы и Алькантары в Северной Африке. Все эти предложения обсуждались до XVII века, но ни к чему конкретному не привели. Отдельные братья кастильских орденов занимали в королевстве военные должности, но сами ордена бездействовали. С 1518 по 1598 год из более тысячи рыцарей Сантьяго только пятьдесят или шестьдесят воевали с «неверными». По крайней мере восемь членов Сантьяго приняли участие в Тунисской экспедиции 1535 года, а в 1565-м несколько человек помогали защищать Мальту. С 1552 года орден Сантьяго стал выделять около 14000 дукатов в год на содержание трех или четырех галер в Средиземном море, которые в 1561 году вошли в состав королевского флота. Эти галеры являлись прежде всего символом, однако при великом командоре Кастилии Луисе де Рекесенсе они сыграли заметную роль в бою при Лепанто (1571 год). Любопытно, что Луис де Рекесенс был принят в Сантьяго в одиннадцатилетнем возрасте, а Альваро Басан, чья блестящая карьера во флоте включала участие в сражениях у Мальты и при Лепанто, – в двухлетнем (в 1528 году). После 1571 года Испанию занимали, в первую очередь, события на севере Европы, и священная война отошла на второй, а то и на третий план. К этому времени большинство братьев просто перестали выполнять свои обязанности. Так, член ордена и поэт Луис де Гонгора был публично подвергнут критике за отказ в 1614 году подчиниться королевскому приказу о службе в Марморе в Африке.
В то время как испанские и Тевтонский ордена претерпевали фундаментальные изменения, приведшие к прекращению ими активных действий, орден госпитальеров продолжал воевать. Его по-прежнему поддерживали и папа, и император, и многие другие правители. Папа Климент VII, выбранный в 1523 году при участии магистра госпитальеров, раньше и сам был членом этого ордена. После вынужденного отплытия с Родоса в 1523 году великий магистр родосских рыцарей Филипп Вплльс де л'Иль-Адап со своими рыцарями странствовал целых восемь лет по различным городам и весям в поисках новой постоянной резиденции, они побывали и в Мессине, и в Чивитавеккье, и в Вптербо, и в Пицце, сохраняя во всех своих мытарствах организационную структуру ордена и его дух. Большинство членов ордена были французами, но помог им в конце концов испанский король, император Священной Римской империи Карл V. Он отдал ордену в ленное владение маленький скалистый остров Мальту с двумя соседними островами – Гоцо и Комнно (в Средиземном море между Сицилией и северо-африканскпм побережьем), после чего госпитальеры стали называть себя мальтийскими рыцарями. Они признали сюзеренитет Сицилии и обязались защищать новый материковый плацдарм в Африке – Триполи, захваченный испанцами в 1510 году. Рыцари, однако, не теряли надежду вернуться на Родос или в Южную Грецию и поселились в 1530 году на Мальте без особого энтузиазма. Там к ним присоединились их латинские и греческие подданные, покинувшие Родос вслед за орденом. В это время Франция заигрывала с турками, так что госпитальеры оказались на Мальте исключительно по испанской инициативе, и даже магистром их в 1536–1553 годах был арагонец – Хуан де Омедес.
