Мальтийский орден (как стал с этих пор называться орден госпитальеров) продолжал проводить активную антитурецкую деятельность, практически он стал форпостом христианских держав в борьбе с Османской империей, достигшей к этому времени апогея своего могущества. Вскоре после переселения на остров рыцари помогли императорскому флоту овладеть африканской крепостью Галетой. В 1531 году они участвовали в экспедиции в Южную Грецию, а в 1535 – в Тунис. В 1541 году мальтийские рыцари поддержали императорские войска, уже отступавшие под натиском алжирцев. Мальта располагала великолепной гаванью и, находясь между испанской Сицилией и османской Африкой, представляла собой прекрасную базу для ведения военных действий на море против турецких армад и африканских корсаров. Рыцари договорились о беспошлинном ввозе зерна из Сицилии и укрепили гавань. Они привезли с собой с Родоса свои реликвии п часть архива ордена и продемонстрировали замечательную способность приспосабливаться к новым условиям без ущерба для фундаментальной структуры орденского государства (из чего следует, что существование военно-монашеского ордена не обязательно зависит от его террториального местонахождения). В 1551 году Триполи был захвачен турками, а мальтийский остров Гоцо подвергся разрушительному нападению. Но рыцари продолжали воевать. Наивысшего расцвета Мальтийский орден достиг в правление великого магистра Жана де ла Валлетта (1557–1568), ветерана последней осады Родоса в 1522 году при котором Мальте пришлось выдержать страшную осаду турок. К моменту нападения османов крепость Сент-Анжело, новый город Изола и форт Сент-Эльмо при входе в гавань были уже хорошо укреплены. Турок бы то намного больше, чем защитников острова, но благодаря тому, что Жан де ла Валлетт был опытным и отважным воином и талантливым военачальником и ему помогало все мальтийское население, Малы-, продержалась до прибытия спасательной экспедиции под командованием вице-короля Палермо и командора ордена Сантьяго Гарспа дг Толедо. После четырехмесячной осады турки были вынуждены отступить, потеряв свыше двадцати тысяч человек.
Шесть лет спустя, когда турки потерпели поражение при Лепанто пять галер и 100 рыцарей были присланы новым военно-монашеским орденом, посвященным святому Стефану. Этот орден был основан в 1562 году Козимо I де Медичи, герцогом Тосканы, ставшим его первым великим магистром (эта должность в ордене была наследственной) Козимо превратил необольшую тосканскую флотилию в регулярную сильную эскадру по образцу мальтийской. Он хотел защитить свое побережье и морское судоходство и к тому же сплотить вокруг себя своих подданных-нефлорентийцев, новую привилегированную прослойку из членов созданного им ордена. В некоторых городах, находившихся в оппозиции Флоренции, таких как Сиена и Лукка, знать осталась верна Мальте, но в других местах ордену святого Стефана удалось переманить у госпитальеров целые семьи, хотя новый орден и не пользовался таким престижем. Рыцари могли вступать в орден святого Стефана и закреплять за собой статус знатного дворянина, взяв новое командорство под семейное покровительство; они могли вступать в брак как п члены ордена Сантьяго; они должны были нести военную службу в течение как минимум трех лет. Сыновья женатых командоров могли получить в наследство командорство, находившееся под семейным покровительством, а изъяны в происхождении их матерей можно было исправить дополнительными денежными взносами; более того чем ччще командоры отказывались от своих должностей, тем быстрее могли завоевать себе знатный статус члены тех же семей. Все это, вместе взятое сильно отличалось от мальтийских представлений об образе жизни монашествующих рыцарей и о знатности происхождении, но нельзя не признать, что орден святого Стефана активно участвововал в священной войне на море.
Штаб-квартира ордена святого Стефана находилась в Пизе и имела сооственную морскую академию, а его монастырская церковь была построена по эскизам Джорджо Вазари. Вскоре орден уже насчитывал сотни членов, как тосканцев, так и уроженцев других частей Италии; в 1563–1737 годах им оыло построено не менее 695 командорств Флот ордена базировался в Ливорно и оттуда вел операции по защите побережья и перевозок, а также принимал участие в дальних экспедициях, часто вместе с кораолями госпитальеров. В 1565 году орден послал две галеры на помощь Мальте. Тосканские галеры совершали рейды на африканские берега, в Эгейском море и в районе Кипра. Они были организованы в единую эскадру и добычу делили поровну, но, в отличие от кораблей госпитальеров, галеры ордена святого Стефана не совершали самостоятельных, получастных пиратских набегов (согso). После 1584 года орден святого Стефана сменил объект своего христианского пиратства, и теперь экспедиции, в основном, совершались не в западное Средиземноморье, а в более многообещающие районы Леванта. В 1610–1618 годах орден захватил двадцать четыре берберских судна (берберские пираты осели на острове Джерба у берегов Северной Африки и превратили его в мощный центр морского разбоя, терзавший судоходство в этом районе более 300 лет и выступавший на стороне турок) и 1409 рабов на Западе, разграбил несколько городов и захватил сорок девять турецких и греческих кораблей и 1114 рабов в Леванте. Орден святого Стефана воевал вместе с венецианцами в критской войне 1645–1669 годов, но это было последним крупным военным предприятием ордена. В 1737 году должность адмирала была упразднена, а в 1809 году орден был уничтожен Наполеоном. В том же году Наполеон отобрал у Тевтонского ордена его немецкие земли, штаб-квартира ордена переехала в Вену, и все надежды на возрождение Тевтонского орденского государства и возобновление военных действий рухнули навсегда.
В 1568 году Козимо Медичи попытался включить госпитальный орден святого Лазаря в орден святого Стефана, но в 1572 году папа присоединил часть ордена святого Лазаря к ордену святого Маврикия, великим магистром которого был герцог савойскйй Эммануил Филиберт, причем пост магистра в этом ордене был наследственным; в обязанности же ордена входило содержание двух галер; и действительно, две его галеры участвовали в Тунисской кампании в 1574 году. Однако после 1583 года орден святого Маврикия прекратил всякую военную деятельность. В 1459 году папой Пием II был основан Вифлеемский орден. Немногочисленные братья этого ордена под руководством магистра Даимберто де Амороза собирались защищать эгейский остров Лемнос, но после захвата его турками переехали на Сирос и построили там в 1464 году странноприимный дом. После отвоеванпя Лемноса венецианцами в том же году Вифлеемский орден вернулся обратно на остров, но тот снова попал в руки турок в 1479 году, и после этого орден прекратил свое существование. Много позднее, в 1619 году, герцог мантуанский и неверский Карл Гонзага помог папе организовать новый орден – Оrde de la Milice Chrétienne («орден христианских рыцарей»), предназначенный для борьбы с турками и с немецкими протестантами. В 1623 году папа Урбан VIII превратил его в настоящий военно-монашеский орден. Появились итальянские и немецкие отделения ордена, были собраны деньги и создан флот, но ни в одной военной операции этот орден так и не участвовал.
