Под конец царствования Феодора Алексеевича в 1682 году в Москве состоялся замечательный собор, на котором царь предложил несколько вопросов относительно церкви и духовенства, выражавших новые идеи правительства и бывших предвестниками грядущей церковной реформы. Кроме известного уже вопроса об «архиерейском прибавлении» или умножении числа русских епархий, царь обратил внимание отцов собора на распространение раскола, на неудовлетворительное состояние духовенства, особенно монастырей, на недостаточность церковной благотворительности, на необходимость усилить церковный надзор за продажей книг, за безместным духовенством, служившим при церквах и у крестов в боярских домах, за излишним умножением часовен и т. д. Отвечая на вопросы царя, собор запретил заводить малые пустыни и монастыри, а заведенные прежде велел упразднять и сводить в большие общежительные обители, усилил определенные в 1667 году ограничения излишней свободы пострижения, особенно вне монастырей, распорядился изгнать из монастырей лишних бельцов и белиц, горячо восстал против бродяжничества монахов и монахинь, проживания их в мирских домах и прошения милостыни по улицам, указал всех таких монашествующих ловить и заключать для исправления в особо отведенные на то монастыри, прекратить вообще всякое сообщение монашествующих с мирянами, особенно в монастырях женских, монахиням не выходить из монастырей даже в свои вотчины, а держать для управления последними особых доверенных лиц из мирян; во всех монастырях стараться заводить общежитие.

По мере усиления преобразовательных стремлений в правительстве и приближения Петровской реформы дело управления Русской церковью делалось все труднее — с одной стороны, она была тревожима расколом, староверием, с другой — ей угрожал все усиливавшийся наплыв в русской жизни западных иноземных новшеств. Последний год патриаршества Иоакима совпал с первым годом самостоятельного царствования Петра Великого. Старшие дети царя Алексея от Милославской, Феодор и Софья, получили образование в польско-киевском направлении — поэтому патриарху во время господства их приходилось бороться против польско-католических соблазнов среди православного общества: при Петре, получившем образование совсем в другом направлении, на первый план выступили другие, более сильные соблазны — немецкие, противодействие которым было гораздо труднее.

Новый царь явился человеком, совершенно отрешенным от древних церковных традиций московского дворца. Как младший царевич, сын второй супруги покойного царя, Натальи Кирилловны Нарышкиной, он очутился по смерти отца, при господстве Милославских, в каком-то опальном положении, и проводил свое детство не во дворце, а в селе Преображенском, не имел и таких учителей, каких имели старшие дети царя Алексея. Он учился почти самоучкой, среди шумных потех Преображенской улицы и полного простора для своих необычайных сил и природной любознательности. Любознательность эта, предоставленная самой себе, прежде всего, разумеется, обратилась у него на то, что его поражало своей очевидной пользой; его заняли не религиозные предметы и не киевская риторика, как его брата Феодора и сестру Софью, а солдатский строй, пушки, корабли, крепостные работы, ремесла — то, чем Европа так возвышалась над Россией, и для чего Россия толпами вызывала к себе иноземцев, несмотря на всю свою религиозную замкнутость. Отсюда совершенно светский и практический характер его образования и всей его будущей реформы. Такое направление сблизило его с Немецкой слободой, потому что в России одни только немцы и знали то, что ему было нужно. Для его предшественников знаться с еретиками было страшно; для Петра, не получившего старинного церковного образования, этого страха не существовало, и он сблизился с немцами близко и свободно. В таком же направлении была воспитана и ближайшая петровская компания, дружина новых людей, с которой он делил и горе и радость, вместе работал и вместе отдыхал на разгульных пирах в обществе с немцами. Старая жизнь не замедлила, конечно, встретить эту новую, начинающуюся жизнь сильным противодействием, но такого огненного человека, с такой крутой силой воли, как Петр, остановить в его направлении было уже невозможно; препятствия, встречаемые им на пути, ни к чему не вели, кроме опасного озлобления его души, и без того еще с детства обремененной озлобляющими впечатлениями.

Петр вырос в гонении от родных, под страшными впечатлениями стрелецких бунтов и интриг Милославских, постоянно раздражаемый указаниями на отнятую у него власть, торжество нелюбимой родни. Из него вырабатывался второй Иоанн Грозный, такой же ревнитель своей церковной самодержавной власти и такой же неудержимый каратель всякого противодействия этой власти. Грозному нужно было разбивать своими карами мешавшие царской власти остатки старого вечевого и дружинного быта; царю-преобразователю пришлось обратить свои кары преимущественно против народных суеверий и старой религиозной исключительности русской жизни, против отрицания всего, что лежит вне религиозной сферы, потому что отсюда и шло главное противодействие его деятельности. Еще в период его потех его раздражали неприязненные толки об его поведении царевен-теток и царевен-сестер, пересуживавших у себя во дворце все, что творилось в Преображенском; против его дружбы с немцами была его мать, его брат Иоанн, супруга последнего Прасковья Феодоровна, собственная его супруга Евдокия Феодоровна Лопухина со всей своей родней. Не нашел он себе сочувствия и в патриархе. В известной борьбе Нарышкиных с Милославскими из-за престола Иоаким был постоянно на стороне Петра, действовал в его пользу и при первом избрании его на царство по смерти царя Феодора в 1682 году, и при свержении владычества царевны Софьи в 1689 году, явившись к Петру в Троицкую лавру одним из первых влиятельных лиц, но сильно разошелся с молодым царем во взглядах на значение для России иноземцев. Еще при Софье, перед началом крымских походов, он решительно высказался, что московских полков никак не следует поручать какому-нибудь еретику Гордону. После свержения владычества Софьи в 1689 г. он настоял на издании даже особого указа о строжайшем допросе на границах всех приезжавших в Россию иноземцев, кто они, откуда и зачем приехали. Он не прочь был запретить все их кирхи даже в Немецкой слободе. На один торжественный обед при дворе был приглашен заслуженный полковник Гордон — патриарх настоял на его удалении от торжества; на другой день царь угостил обиженного иноземца торжественным пирогом в загородном дворце и этим выразил свое недовольство патриархом. После себя Иоаким оставил духовное завещание, в котором умолял царей Петра и Иоанна никак не допускать православных до дружбы с еретиками, не давать иноземцам начальства при полках, не дозволять в России постройки кирх и не вводить иноземных обычаев. Такое неприязненное к иноземцам отношение этого энергичного патриарха, в смутное время стрелецких бунтов и в правление Софьи успевшего получить особенно важное значение, не могло не казаться Петру опасным, и он сохранил об Иоакиме недобрую память, как о втором Никоне, что имело немалое влияние на его отношения и к самому патриаршеству.

Патриарх Иоаким скончался в 1690 г. Преемником его, по желанию благочестивой Натальи Кирилловны и против желания Петра, был поставлен казанский митрополит Адриан, близкий человек к покойному и такой же ревнитель православия, но менее его образованный и еще более приверженный к старине, считавший брадобритие великой ересью. В начале своего патриаршества в окружных посланиях в пастве он высказывался крайне резко и против иноземцев с их обычаями, и против табака, и против брадобрития, повторив против последнего даже проклятие Стоглава, и этим поставил себя в самое неприятное положение в отношении к царю. Вскоре это положение сделалось для него еще хуже, когда против Петровских реформ поднялись народные протесты и, к крайне невыгоде для духовенства и самой церкви, тоже во имя православия. Во имя православия же в 1698 г. поднялся против царя и новый стрелецкий бунт, заставший Петра прервать свое заграничное путешествие. Страшный стрелецкий розыск ясно показал, до какого неумолимого озлобления доведен был тогда Петр против враждебного его планам старинного духа. Когда Адриан, по древнему обычаю печалования, вздумал было походатайствовать за стрельцов, явившись к царю с иконой Богоматери, царь с гневом велел ему уйти прочь и поставить образ на место. «Я не меньше тебя, — говорил он, — чту Бога и Его Пречистую Матерь, но мой долг казнить злодеев, умышлявших против общего блага». Гнев царя не пощадил даже его собственного семейства: царевны Софьи и Марфы, мутившие стрельцов, и царица Евдокия были пострижены в монашество. Патриарх поневоле должен был замолчать и стушеваться.