Научная и преподавательская деятельность П. В. Знаменского была высоко оценена его современниками. Уже в 1860 г. (всего в двадцать четыре года), за труд «Обозрение постановлений по церковным делам в России в начале XVII столетия» он удостоен степени магистра богословия. В 1866 г. он возведен в звание экстраординарного, а в 1868 г. — ординарного профессора. В 1875 г. за труд «Приходское духовенство со времен реформы Петра 1-го» удостоен степени доктора церковной истории. В 1892 г. его избрали членом-корреспондентом Императорской Академии наук по отделению русского языка и словесности [3].

В последние годы своей жизни П. В. Знаменский продолжал живо интересоваться наукой, написал несколько статей для журналов, старался следить за книжными новинками. Он умер 2 мая 1917 г. незадолго до трагических событий октябрьской революции. Перед кончиной он завещал Академии свой дом и библиотеку.

Всю свою долгую жизнь П. В. Знаменский выступал против изолированности богословской науки и церковного учительства вообще от движения науки светской и от явлений мирской жизни, против схоластической и боязливой остановки перед всякими проявлениями самостоятельности мысли и даже перед некими новыми выводами из уже существующих богословских постулатов. Он призывал своих учеников и коллег спуститься от проповеди «ни к кому и ни к чему в частности не относящейся морали, и притом морали большей частью сурово-аскетического характера, упускавшей из виду обыденную жизнь обыкновенных мирских людей», поближе к живым людям и современной действительности. В своих трудах он поддерживал богословское направление, которое «стремилось объять всю человеческую жизнь, научить людей находить Христа не в одном отрешении от мира и действительной жизни, а во всех, даже самых темных углах самой этой жизни оставаться истинными христианами среди самого мира, со всею ее обыденной суетою и дрязгами» [4]. Для Знаменского всегда было важно «освятить светом православия все стороны человеческой жизни и все их подвести под общее возглавление христианства», т. е. проявлять свою православную веру не в одном лишь теоретическом убеждении, но и в самой жизни.

П. В. Знаменский был убежденным православным христианином и, вместе с тем, не принимал узкого сектантского фанатизма, свойственного иным «ревнителям веры», доводящим своим формализмом правила и учреждения церковные, сами по себе святые и спасительные «до мертвой ветхозаветности». Он понимал, что в его время, (и это особенно ощущалось в последние десятилетия перед революцией 1917 г.) трудно требовать от всех детской и доверчивой веры, не подтвержденной научным знанием. Это означает, — писал он, — что мы имеем потребность в современной науке, которой необходимо дать истинное направление, т. е. основать ее на Краеугольном Камне, который есть Христос. Наука, равно как и ремесла, искусство, политика, общественная деятельность, государственное устройство не могут быть отделены от христианских начал, не должны быть секуляризированы. Важно подчеркнуть, что эта позиция Знаменского не имела ничего общего с клерикализмом. «Сын Божий Сам поставил Себя во все условия человеческой жизни, был записан при рождении в государственную ревизию, жил в доме ремесленника, участвовал в занятиях рыбарей, признавал дань кесарю. Сам подверг Себя тогдашним судам и проч. Зачем же мы будем отделять эти стороны жизни от Его благодати и устраивать их, не возглавляя их в Нем, помимо Него, как язычники или иудеи с мусульманами?» [5]

П. В. Знаменский стремился в своих исследованиях рассматривать историю Церкви в тесной связи с проявлениями «внешней» народной и общественной жизни. При этом, как подчеркивал А. В. Карташов, отличительное достоинство содержания Учебного руководства по истории Церкви состоит в том, что «оно отводит менее, чем это делалось до него, места самому рассказу о «внешних событиях», а с большой подробностью и с большим вниманием изображает внутреннюю жизнь церкви, религиозно-нравственное настроение русского общества». [6]

В своих научных трудах П. В. Знаменский использовал тогда еще новый метод научного исследования, основанный на мысли о том, что «история не является только биографией высоких лиц и рассказом о громких событиях». Он сумел отойти от голого позитивизма, т. е. от простого описания наиболее значительных фактов из прошлой жизни, стремился увидеть внутреннюю связь событий и явлений. «Историк, — говорит о нем «Православная богословская энциклопедия», — восстанавливает прошлую жизнь общества и народа во всей совокупности составляющих его единиц, подмечая внутренние движущие идеи и господствующие течения этой жизни и соответственно этому подбирая и группируя факты». [7]

«История нашей Церкви, — писал Знаменский в 1863 г. на страницах «Православного собеседника», — доселе шла по официальному, так сказать, направлению, в каком разрабатывалась некогда и гражданская история. Как последняя исключительно занималась биографиями князей и царей, следила за развитием государственного начала, не обращая никакого внимания на склад жизни, на требования и жизненные идеалы самого народа, так и в параллель ей церковная история рассказывала нам жития и подвиги благочестивых иерархов и святых мужей, следила за проявлениями в жизни внешней стороны православия, тоже не обращая никакого внимания на религиозный склад, на развитие религиозного сознания самого народа, на те оригинальные формы, в коих народ выражал понимание предложенного ему учения. Мы знали, кто и когда учил народ православной вере, какие правила церковной жизни переданы были в Россию греческой церковью; но не знали другой, — самой существенной стороны дела, как народ усвоил учение веры, как церковный закон обнаружил свое влияние на народную жизнь, какие особенности в вероучении и в церковной практике проистекали от соприкосновения православия с народными понятиями и жизнью». [8]

В своих церковно-исторических изысканиях П. В. Знаменский основывался на рассмотрении эволюции в культурной и общественно-экономической жизни всех слоев русского народа, полагая в основу количественно преобладающий слой крестьянства. При этом, как отмечает его биограф — К. В. Харлампович, — он не вдавался в крайности «исторического экономизма» и, «…отмечая важность экономических факторов в исторической жизни русского народа, указывал рядом с тем и на другие, более важные факторы духовного развития, во главе которых стояло развитие религиозно-нравственное». При этом все его работы отличало гармоническое соединение художественной обработки материала с обилием фактов, метких и ёмких характеристик.

Надо сказать, что метод исторического исследования Знаменского вызывал определенное недовольство у тех его коллег, кто пытался соотносить свои суждения прежде всего с точкой зрения вышестоящего начальства, не боясь допустить при этом необъективность или умолчания. Когда 13 мая 1875 г. академический Совет удостоил Знаменского степени доктора церковной истории, тогдашний ректор Академии — архиепископ Казанский Антоний (Амфитеатров) выступил с «особым мнением», в котором находил, что труд Знаменского не принадлежит к богословским сочинениям ни по содержанию, ни по направлению, причем с неодобрением подчеркнул, что в нем «выставлены» темные стороны жизни высшей церковной иерархии и приходского духовенства. Однако П. В. Знаменский получил поддержку в Святейшем Синоде, где отзыв архиепископа Антония (Амфитеатрова) был «парализован» благодаря усилиям замечательного церковного историка митрополита Макария (Булгакова), бывшего еще тогда архиепископском Литовским. Закреплением этого успеха и признания была оценка Святейшим Синодом главного труда П. В. Знаменского — Учебного руководства по истории Русской Церкви.