16 ноября 1888 г. Тихомиров сообщает о своем визите в консульство, где ему объяснили форму подачи прошения на высочайшее имя. Он еще раз стремится оправдаться и пытается отделить себя от террористов: “…полиция уверена, что я главный организатор злодейства 1 марта 81 г. Я же на самом деле в это время уже давно не состоял в Управлении Народной Воли, о готовящемся преступлении знал в общих чертах…”. С одной стороны, Тихомиров делал ставку на правительственные круги, и не последнюю роль здесь играла связь О. А. Новиковой с этими кругами. С другой стороны, надеялся на помощь таких же “раскаявшихся революционеров”. 22 ноября 1888 г. Тихомиров уже строил планы на будущее: “…я даже попробую (если Бог даст и Государь позволит) поискать людей среди ссыльных и т. п. — лучших, умнейших, и мне все сдается, что это возможно”. В этом же письме он выделяет молодежь в качестве идеальной среды для распространения своих идей, отмечая, что большая ошибка славянофилов и “людей национальной интеллигенции” состояла в том, что они “пренебрегают молодежью”. Поскольку Тихомиров, не довольствуясь только прощением, претендовал еще и на роль идеолога, его положение было весьма двусмысленным. Признанные авторитеты консервативного лагеря с опаской отнеслись к новоявленному пророку. Е. Д. Тихомирова, поддерживавшая отношения с Новиковой, жаловалась ей по поводу нападок на мужа: “Есть много людей также, которые против него, говорят, что чистое дело требует чистых рук, чтобы очистить себя, он должен выдавать и должен быть наказан”.

Наконец Тихомиров узнает о положительной реакции государя на посланную ему брошюру “Почему я перестал быть революционером”. Его радость безмерна. 27 ноября 1888 г. он пишет Новиковой: “Если Государь и читал с одобрением брошюру, и милостиво отнесся к докладу — то, очевидно, остаётся только кричать — ура!” — и далее продолжает на такой же патетической ноте: “Я даже не представляю еще реально, ясно, что вдруг — я опять стану русским, не отверженцем и не отщепенцем. Это слишком большое счастье, чтобы его можно было представить после стольких лет скитаний — телом и душой!”. Следя за оценками своего поступка со стороны бывших друзей и врагов, Тихомиров резко отметает трактовку его действий как поступка психически неуравновешенной личности. В письме от 2 декабря 1888 г. он отмечал, что проникся революционными идеями не из-за каких-то психологических особенностей его личности, а потому что был охвачен этой “общественной заразой”, и отказался от этого пути опять-таки не из-за каких-то психологических особенностей, свойственных только ему, а потому что понял всю ложность революции “…с точки зрения Российской национальной психологии, и только тогда я в своих глазах стал преступником и признал своей обязанностью покаяться и совершенно изменить деятельность”. В этом же письме он опять рассуждал об ответственности интеллигенции. “Вообще — повторяю — общество должно понять свою долю вины и свою обязанность исправить ее. Только тогда Россия выздоровеет (т. е. Россия интеллигентная)”. Далее он продолжал: “Я уже несколько раз слышу… что я говорю вещи известные. Ах, боюсь, что это не достаточно известно! Неужто в России уже исчезло космополитическо-либеральное направление? Я что-то не слышал. Я что-то не видел дельных ответов Соловьеву, который проделал в наше время совершенно чаадаевскую штучку. Я не вижу, чтобы русская интеллигенция достаточно энергично поддерживала разные добрые национальные начинания. Я не вижу в нынешней литературе большой работы национальной мысли, не вижу ни Аксаковых, ни Данилевского, ни Каткова, ни даже хоть бы Аполлона Григорьева…”. И далее, объявляя борьбу радикалам, Тихомиров уже пророчит грядущие потрясения: “Прибавлю, между прочим, что не следует особенно успокаиваться на уничтожении револ[юционного] движения. Да, благодаря Богу и страшной ценой кровавого безумия, почти беспримерного в истории — оно ошеломлено. Но надолго ли? Если мы все, т. е. Россия образованная, будем энергично работать над выработкой своего национального мировоззрения, конечно можно верить, что старое безумие постепенно (?) замрет окончательно”. 11 декабря 1888 г. в 4 часа утра, вернувшись из посольства, Тихомиров пишет: “Самое главное: Государь меня простил — совершенно, лишь с отдачей под надзор на пять лет. У меня до сих пор голова не на месте. Да, Ольга Алексеевна — совершенно простил, и я теперь легальный человек, после 10 лет нелегальщины, русский подданный!”. Затем Новиковой посылается телеграмма с одним словом: “amnistic” (амнистия). Следующее письмо от 12 декабря написано на высокой эмоциональной ноте и полно благодарностей российскому императору. Далее переписка посвящена предстоящему приезду в Россию.

После прибытия в Россию, побыв недолго в Петербурге, Тихомиров был вынужден обосноваться в Новороссийске, надеясь, что правительство в скором времени убедится в его благонадежности и снимет с него надзор. При этом Тихомиров просто рассыпается в благодарностях Министерству внутренних дел: “Надеюсь, что поведение мое, во время этого надзора, докажет Министерству, что я — не только вообще человек благонамеренный, но и в частностях своего отношения к современным задачам и деятельности Правительства составляю элемент безвредный или до известной степени — конечно в пределах своих сил — полезный”. В Новороссийске Тихомиров проводит время в работе над статьями, читая церковные книги и общаясь с родными. Его особенно радовало то, что дочери, воспитанные матерью Тихомирова, ходили в церковь. Вскоре был крещен сын Тихомирова Саша, крестной матерью которого стала О. А. Новикова. Помимо обязательств перед своими близкими у Тихомирова были обязательства перед правительством. Он жаждет работать, хочет оправдать доверие властей, но не может развернуться в полную силу, находясь под надзором. 20 марта 1889 г. он сетует на обстоятельства в письме О. А. Новиковой: “На евреев и поляков конечно, действовать нравственно — почти невозможно. Но на русских — да. Только действовать нужно систематически, повторять, с разных концов, с разных точек зрения, и особенно мелкими вещами — легко читаемыми, брошюрами, статьями. А их почти нет”. Тихомиров досадует, что сам действовать не может, так как находится под надзором: “У меня от этого сердце кипит, но что делать? Кроме порчи крови все-таки нет других результатов. А действовать нужно!”. От бездействия он порой впадает в отчаяние. В сентябре 1889 г. Тихомиров писал в дневнике: “Я уже знаю, что сделать в общественном смысле мне ничего не удастся. Я уже понял, что Россия, при всей своей глупости, во мне все-таки не нуждается. Я понял, что мне нужно думать о себе, о своей душе, а затем исполнять текущие маленькие обязанности, которые еле-еле по силам мне, не мечтая о крупных”.