В результате в марте 1990 года на Третьем внеочередном Съезде народных депутатов СССР из Конституции было исключено положение о руководящей роли КПСС и провозглашена многопартийность, а также был введен пост Президента СССР. Данные изменения предусматривали прямые выборы главы государства, однако для первых выборов Президента СССР было сделано исключение, и 15 марта 1990 года Съезд народных депутатов СССР избрал М. С. Горбачева первым президентом СССР (руководство страны не решилось на проведение прямых выборов в условиях растущей нестабильности). В результате отказ от прямых выборов существенно снизил легитимность М. С. Горбачева как руководителя страны (особенно после того, как путем прямых выборов были избраны президенты большинства союзных республик) и тем самым способствовал ослаблению союзной государственности.
Что касается ситуации с институциональным дизайном на региональном и местном уровне, то проблема заключалась в том, что обеспечить планировавшееся всеобщее совмещение постов первых секретарей и председателей Советов не получилось. Даже безальтернативные выборы не спасли ряд партийных кандидатов от проигрыша. Так на выборах народных депутатов СССР 26 марта 1989 года в 195 округах, где баллотировались один или два кандидата и ни один из них не получил абсолютного большинства (из-за того, что часть избирателей проголосовала против обоих кандидатов или большинство проголосовало против безальтернативного кандидата)[10], выборы окончились безрезультатно. Еще в трех округах выборы были признаны несостоявшимися из-за того, что в них приняло участие менее половины избирателей. Всего потерпели поражение более трех десятков руководителей областных и городских партийных организаций, в том числе первый секретарь Ленинградского обкома КПСС, кандидат в члены Политбюро ЦК КПСС Ю. Ф. Соловьев. Сменивший его вскоре на посту первого секретаря Ленинградского обкома КПСС Б. В. Гидаспов был избран депутатом на безальтернативной основе от Петроградского избирательного округа № 56 (набрал около 55 % голосов) и оказался единственным из 6 баллотировавшихся членов бюро Ленинградского обкома КПСС, кому удалось победить на этих выборах. В Москве проиграли все баллотировавшиеся партийные и советские руководители: председатель Мосгорисполкома, второй секретарь горкома КПСС и два первых секретаря райкомов КПСС (из них двое заняли последние места).
В результате некоторые первые секретари выборы проиграли совсем, другие не смогли возглавить советы (например, не смогли возглавить советы партийные руководители Москвы, Ленинграда и Ленинградской области), часть предпочла перейти на руководящие должности в Советы (в результате преемники первых секретарей в обкомах сосуществовали с обычно более авторитетными и опытными предшественниками, занявшими новые должности). Таким образом переставал работать фактор «личной унии» одного лица, занимающего одновременно пост председателя Совета и первого секретаря. Кроме того, в новых условиях вопросы фактической двойной подчиненности исполкомов, вопросы взаимоотношений «треугольника» из партийного, советского руководства и собственно исполкома не были в достаточной степени урегулированы.
По данным В. В. Иванова, из 301 членов ЦК КПСС депутатские мандаты Съезда народных депутатов СССР в 1989 году получили только 93, из 157 кандидатов в члены ЦК – только 41. Из 77 первых секретарей российских региональных комитетов КПСС, выдвинувшихся в округах, победил лишь 51. В 1990 году в РСФСР первые секретари возглавили Советы в 45 регионах (двух председателей Советов – Ивановской и Ульяновской областей – в дальнейшем избрали первыми секретарями). Несколько первых секретарей, избранных председателями Советов, вскоре ушли на повышение в Москву; их преемники на секретарских постах на председательство даже не претендовали (Краснодарский и Красноярский края, Вологодская область)[11].
Де-факто в разных регионах реальные позиции лиц, занимавших партийные и советские должности (председатель совета, председатель облисполкома), имели существенные отличия в том числе по причине личного фактора и личного авторитета.
К примеру, в марте 1990 года состоялись выборы Верховного Совета Башкирской АССР, его председателем 6 апреля 1990 года был избран М. Г. Рахимов, работавший тогда директором Уфимского нефтеперерабатывающего завода имени XXII съезда КПСС. Он одержал победу после двух раундов борьбы с четырьмя первыми секретарями райкомов и горкомов партии и ректором Башкирского госуниверситета (во втором туре соперником Рахимова был первый секретарь Стерлитамакского ГК КПСС М. Резбаев). Башкирская партноменклатура не смогла объединиться и выставить единого кандидата, в результате законодательную власть возглавил «новичок», представитель нефтяников и директорского корпуса. В тот момент раскола в элите М. Г. Рахимов многими воспринимался как временная и компромиссная фигура, неспособная серьезно вмешаться в борьбу за реальную власть. Как показало время, они жестоко ошиблись и это решение оказалось крайне важным для последующей истории Башкортостана. С тех пор до 2010 года М. Г. Рахимов оставался бессменным лидером Башкортостана. Председателем Совета министров республики к весне 1990 года был М. П. Миргазямов (он возглавил Совмин Башкирской АССР еще в 1986-м, ранее был первым секретарем Туймазинского горкома КПСС), приобретший на посту руководителя правительства большое влияние и неоднократно выступавший в 1990–1992 годах с альтернативными и отличающимися от взглядов М. Г. Рахимова предложениями. С крахом КПСС пост председателя Верховного Совета оказался ключевым в республике, и М. Г. Рахимов сделал все, чтобы постепенно сосредоточить в своих руках максимальную власть.
В Дагестане с началом перестройки Дагестанский обком КПСС возглавил аварец М. Ю. Юсупов (затем работал торговым представителем в Греции). Будучи мягким интеллигентным руководителем, М. Ю. Юсупов не смог удержать власть в ходе начавшихся бурных событий. При нем стало активно развиваться национально-демократическое движение, большое влияние имел играл второй секретарь обкома партии русский В. А. Коробейников (затем замененный на С. Н. Решульского, в дальнейшем одного из лидеров фракции КПРФ в Государственной Думе РФ в 1990—2010-е годы). В 1987 году было решено отправить на «политическую пенсию» тогда 57-летнего председателя Совета министров Дагестанской АССР даргинца Магомедали Магомедовича Магомедова – это в регионе было принято делать путем формального «повышения» на не имевший ранее реальной власти пост председателя Президиума Верховного Совета ДАССР, а председателем Совмина ДАССР вместо него стал кумык А. М. Мирзабеков. В 1989 году М. Ю. Юсупов ушел в отставку с поста первого секретаря обкома и новым первым секретарем стал аварец М. Г. Алиев, который имел репутацию более сильного, чем Юсупов, лидера. Понимая, что КПСС теряет власть, М. Г. Алиев хотел совместить посты первого секретаря и председателя Президиума Верховного Совета ДАССР, оттеснив М. М. Магомедова. Однако эти планы вызвали сильное возмущение даргинцев. Поняв, что ситуация на его стороне, М. М. Магомедов уходить «по-тихому» не захотел, публичный скандал был никому не нужен, и в результате М. М. Магомедов остался на посту, который после распада СССР стал высшим в новом Дагестане. Таким образом, вместо почетной отставки М. М. Магомедов стал первым лицом республики, и на первые роли вышли даргинцы.
Во главе регионов даже стали появляться не являющиеся представителями партийного (т. е. КПСС) истеблишмента «варяги». Так, на Сахалине председателем облисполкома стал проректор по международным связям Московского института народного хозяйства им. Г. В. Плеханова в 1987–1990 годах В. П. Федоров.
Появление неподконтрольных партийному руководству депутатов, деятельность новых общественных организаций, наконец, фрагментация внутри самой КПСС дополнительно усиливали процесс все больших расхождений в составе советского и партийного руководства (что ярко отразилось на уровне выборов народных депутатов РСФСР и руководства Верховного Совета РСФСР). На этом фоне роль властей Советского Союза неуклонно ослабевала, лидеры ряда союзных республик явно усиливали самостоятельность, а новые власти ряда республик вступили в противостояние с союзным центром.
