В результате 22 декабря 1996 года в первом туре голосовала только «собственно» территория Тюменской области без округов и ХМАО, а во втором туре 12 января 1997 года – только «собственно» территория Тюменской области (так как 22 декабря на территории ХМАО в выборах тюменского губернатора приняло участие менее 25 % избирателей, власти округа признали выборы несостоявшимися и повторное голосование проводить не стали). Таким образом, автономные округа получили моральное право не признавать первенство тюменского губернатора. Перед вторым туром областная Дума отменила 25 %-ный порог явки для признания выборов состоявшимися. По официальным данным, на юге области на участки пришло 56,2 % избирателей, для региона с учетом округов явка составила 25,2 %, минимально превысив отмененный порог. От данной явки Л. Ю. Рокецкий получил 58,3 %, однако, по мнению многих экспертов, реальная явка была много ниже и были задействованы все механизмы, чтобы превзойти символический порог в 25 % явки.

Несколько позднее уже упоминавшимся постановлением Конституционного суда Российской Федерации от 14 июля 1997 года № 12-П по другому делу «о толковании содержащегося в части 4 статьи 66 Конституции РФ положения о вхождении автономного округа в состав края, области» признано, что вхождение автономного округа в состав края, области «не изменяет их конституционной природы как субъектов Российской Федерации и не означает, что автономный округ утрачивает элементы своего статуса…». При этом в сфере совместного ведения РФ и субъектов РФ полномочия органов государственной власти края, области на территории автономного округа осуществляются в рамках, определенных федеральным законом и договором между соответствующими органами государственной власти, которые обязаны принять все меры для достижения согласия. После данного решения Конституционного суда РФ 8 сентября 1997 года Соглашением между органами государственной власти области и округов о порядке и условиях проведения выборов депутатов Тюменской областной Думы было установлено, что округа участвуют в выборах депутатов Тюменской областной Думы, а избирательные комиссии ХМАО и ЯНАО осуществляют организационно-технические мероприятия по обеспечению возможности участия избирателей в данных выборах (тем самым исключалась возможность создания областью параллельной системы избиркомов и при этом гарантировалась сама возможность проведения голосования). Были оговорены численность облдумы и финансирование ее выборов.

Как уже отмечалось, из-за конфликта в Алтайском крае 18 января 1996 года Конституционный суд РФ сделал вывод, что главы исполнительной власти регионов (по аналогии с устройством федеральной власти) должны избираться всенародно.

После 1996 года продолжилась и усилилась практика подписания между федеральным центром и регионами договоров о разграничении полномочий. Если до 1996 года подобные договора заключались с республиками, то с 1996-го данная практика распространилась и на иные регионы. Это, несомненно, было связано с политической конъюнктурой. В ходе подготовки к президентским выборам 1996 года федеральный центр стремился упрочить свои отношения с региональными элитами, опереться на их поддержку. Договора о разграничении полномочий играли также PR-роль в ходе избирательных кампаний по выборам губернаторов, подчеркивая «пробивные» способности и авторитет губернатора. В 1996 году было заключено 17 подобных договоров, в 1997-м – 12, в 1998-м – 6. К середине 1998 года были подписаны 42 индивидуальных договора с 46 субъектами Федерации. Если первые три договора, заключенные еще в 1994 году (с Татарстаном, Кабардино-Балкарией и Башкортостаном), именовались договорами о разграничении предметов ведения и взаимном делегировании полномочий, то остальные – о разграничении предметов ведения и полномочий. В то же время, несмотря на общее увеличение числа подобных договоров, они в значительной степени стандартизируются и ритуализируются и в реальности уже не предполагают для регионов каких-то особых полномочий.

В результате возросшей политической самостоятельности губернаторов в некоторых регионах сформировались крайне самобытные политические и административные системы (что, несомненно, было связано и с личными особенностями губернаторов).

Один из самых ярких примеров (если не самый яркий) пример развития идей региональной самобытности, причем институционально оформленной, в 1990-е – это Свердловская область при Э. Э. Росселе. Регион стал пионером в создании внутриобластных административных округов (прообраз созданных на федеральном уровне в 2000 году федеральных округов[36]), область одним из первых регионов РФ ввела партийные списки на выборах ЗС (по ним с 1996 года полностью избиралась областная Дума – причем был введен уникальный для России ранее вариант ротации ее состава каждые два года), а само Законодательное собрание стало двухпалатным. Было создано как самостоятельный институт региональное правительство. Председатель правительства назначался с согласия областной Думы, после трехкратного отклонения предложенных кандидатов (причем одну и ту же кандидатуру нельзя внести более двух раз) губернатор имел право распустить Думу. Дума утверждала также назначения руководителей управлений финансов, внутренних дел, социальной защиты, комитета по управлению имуществом, решала вопрос о доверии правительству.

В начале своего губернаторства в планах Росселя было создать свой областной банк, идеологически подчиненный Центробанку, но независимый в части расходования финансовых ресурсов. В октябре 1997 года глава Свердловской администрации объявил о создании на базе Инкор-банка Губернского банка в Екатеринбурге. Но такая идея не могла понравиться в Москве. Другая инициатива Э. Э. Росселя в области финансов – легализовать капитал, в том числе и криминальных структур, – также не нашла поддержки федерального центра.

Фактически период массовых прямых выборов губернаторов в 1996–2004 годах (формально до 6 февраля 2005-го) состоит из двух частей (этапов), отличающихся особенностями политики федерального центра в отношении регионов, которая прямо сказалась на реальных властных полномочиях губернаторов. Период роста политического влияния губернаторов (1996–2000) и период постепенной утраты влияния и полномочий, завершившийся отменой выборности губернаторов населением и введением их назначения федеральным центром почти без возможности региональных элит оказывать этим решениям сопротивление (2000–2004). Во многом эти два периода ассоциируются с личностями занимавших в этот период пост Президента России Б. Н. Ельцина (второй срок в 1996–1999 годах) и В. В. Путина (де-факто с 31 декабря 1999 года до окончания периода прямых выборов, фактически в конце 2004 года, формально 6 февраля 2005 года, когда последнее голосование населения по выборам губернатора прошло в Ненецком автономном округе).

Ситуация в регионах при этом изначально не отличалась симметричностью. В результате сочетания нескольких факторов (различие сроков полномочий, проведение в некоторых регионах досрочных выборов, разной даты первых прямых выборов, иногда сорванные выборы) за период 1991–2005 годов в некоторых регионах выборы глав проходили всего два раза, в большинстве – три раза и только в некоторых регионах – четыре раза[37]. В некоторых республиках в составе РФ дольше, чем в других регионах, сохранялись выборы главы региона депутатами регионального парламента (Карачаево-Черкесская Республика, Удмуртская Республика), а в Дагестане прямые выборы главы региона так и не были введены.

Резкое усиление влияния региональных глав в 1996—1999-м стало одной из предпосылок роста их политических амбиций. Фактический распад федеральной партии власти («Наш дом – Россия») привел к попыткам формирования лидерами губернаторского корпуса собственных партийных проектов явно в расчете вмешаться в борьбу уже за федеральную власть в условиях явно неизбежного в перспективе ухода с поста Президента России тяжелобольного Б. Н. Ельцина. Их попытки создать собственные общероссийские политические проекты и поставить под контроль федеральную власть привели к появлению на выборах в Государственную Думу 1999 года «партии региональной власти» – блока «Отечество – Вся Россия» (ОВР). Ответом федеральной власти стало создание в 1999 году блока «Межрегиональное движение „Единство“» (МЕДВЕДЬ), фактическим лидером которого стал новый премьер В. В. Путин. Как известно, в этой борьбе альянс региональных элит во главе с Ю. М. Лужковым, Е. М. Примаковым и М. Ш. Шаймиевым потерпел поражение.