Напомню, что 24.10.1991 был принят закон «О выборах главы администрации» № 1803-I, касавшийся в первую очередь краев, областей, автономных округов и городов федерального значения и имевший для республик в составе РФ лишь рекомендательный характер. Согласно данному закону, избранным в первом туре должен был считаться кандидат, получивший в ходе выборов наибольшее число голосов, но не менее 25 % от числа граждан, внесенных в списки избирателей. В случае если баллотировался один кандидат, он считался избранным, если получил более половины голосов избирателей, принявших участие в голосовании, но не менее 25 % от числа граждан, внесенных в списки избирателей. В случае если в избирательный бюллетень было включено более двух кандидатов и ни один их них не был избран, не позднее чем через две недели назначалось голосование по двум кандидатам, получившим наибольшее число голосов. Во втором туре избранным считался кандидат, получивший относительное большинство, второй тур признавался состоявшимися независимо от числа избирателей, принявших участие в голосовании. Данный закон, хотя почти не применялся, был признан окончательно утратившим силу только законом 30 марта 1999 года № 55-ФЗ.
В большинстве республик сохранялось традиционное правило – необходимость получения кандидатом более половины голосов избирателей, принявших участие в выборах. В них однотуровая или двухтуровая система, наличие и размер порога явки для признания выборов состоявшимися и т. д. фактически устанавливались самостоятельно – Уставом (Конституцией) и региональным законом о выборах. Часть 2 статьи 11 Конституции РФ, принятой 12.12.1993, гласила, что «государственную власть в субъектах Российской Федерации осуществляют образуемые ими органы государственной власти». Считалось, что само собой разумеется, что органы исполнительной власти субъекта РФ формируются им самостоятельно, без участия федеральных органов власти.
В конце 1994 года был принят Федеральный закон № 56-ФЗ от 6 декабря 1994 года «Об основных гарантиях избирательных прав граждан РФ». В целом он касался только наиболее общих вопросов (сроки избирательных действий, правила образования избирательных округов и избирательных участков, порядок работы избирательных комиссий и т. д.) и фактически никак не ограничивал региональные избирательные системы. Так, не ограничивался ценз оседлости в отношении пассивного избирательного права, и иногда он использовался для ограничений конкуренции. В некоторых республиках избирательные законы содержали не предусмотренные федеральным законодательством цензы, в частности требование знания языка титульной нации. Так, в Кабардино-Балкарской Республике региональный закон о выборах президента ввел десятилетний ценз оседлости для кандидатов, что лишило возможности баллотироваться потенциальных конкурентов В. М. Кокова – лидеров национальных движений. В Башкортостане были введены цензы для кандидатов по времени проживания в республике (10 лет), возрасту (35–65 лет) и по языку (знание русского и башкирского языков). С принятием в августе 1997 Кодекса Республики Башкортостан «О выборах» ценз оседлости исчез, однако положение о языках осталось. В Бурятии еще в феврале 1994 года, когда принималась новая конституция региона, в ней было записано, что президентом может быть избран только гражданин республики, проживающий на ее территории и владеющий двумя государственными языками – русским и бурятским. В 1995 году эта норма перешла в закон о выборах Президента Бурятии.
Шесть регионов к концу 1995 года были парламентскими республиками (Республика Алтай, Дагестан, КЧР, Хакасия, Удмуртия, с оговорками Мордовия), где существовали сложные взаимоотношения между различными элитными группами, сформированными в том числе по этническому признаку.
Была попытка ввести систему парламентской республики в Ненецком автономном округе, после того как Ю. В. Комаровский 22 февраля 1996 года был уволен с поста губернатора указом президента РФ. Отставка была вызвана конфликтом с Собранием депутатов округа, обвинявшим Ю. В. Комаровского в нецелевом расходовании бюджетных средств, в результате чего округ лишился трех миллиардов рублей. Собрание депутатов заявило о «параличе исполнительной власти» в округе и выразило недоверие губернатору, так как администрация отказалась вносить на утверждение бюджет. Губернатора также обвиняли в раздувании штата, излишней роскоши при обстановке кабинета губернатора, неудачных действиях с долгами «Коминефти». Новым губернатором был назначен В. В. Хабаров, с 1994 года работавший управляющим отделением Пенсионного фонда РФ по Ненецкому автономному округу. Депутаты хотели ввести избрание губернатора окружным Собранием и отказались от идеи после длительного торга.
Наиболее известна попытка введения парламентарной системы в Алтайском крае, приведшая к решению Конституционного суда. Данная ситуация возникла из-за конфликта губернатора Л. А. Коршунова, который поддерживался федеральным центром (и, соответственно считался реформаторски ориентированным), и большинства депутатов Законодательного собрания, придерживавшихся левопатриотической ориентации (представлявших преимущественно КПРФ и АПР). Устав края, принятый 20 апреля 1995 года, предусматривал, что губернатор избирается не населением, а депутатами регионального парламента. Губернатор Л. А. Коршунов его подписывать отказался, Собрание преодолело вето. Тогда он обратился в Конституционный суд. 18 января 1996 года Конституционный суд РФ принял Постановление о проверке конституционности ряда положений Устава Алтайского края, в котором отметил, что такой порядок избрания главы администрации не соответствует Конституции РФ, поскольку из смысла ряда статей Конституции «вытекает, что высшее должностное лицо, формирующее орган исполнительной власти, получает свой мандат непосредственно от народа и перед ним ответственно». После этого регион перешел к «стандартному» в те годы формату – выборам губернатора населением.
Также в последующие годы прямые выборы высшего должностного лица региона были введены во всех субъектах РФ, кроме Республики Дагестан, глава которой (председатель Государственного Совета) избирался не законодательным органом, а более широким кругом выборщиков вплоть до отмены прямых выборов глав регионов в конце 2004 года. Перешли на прямые выборы Республика Алтай (первые выборы в декабре 1997 года), Хакасия (первые выборы в конце 1996 года) и вновь Мордовия (первые прямые выборы в 1991-м, в 1993-м прямые выборы президента отменили, с 1998-го проводились прямые выборы главы республики). Тем не менее в течение ряда лет прямые выборы главы региона отсутствовали еще в двух регионах: Карачаево-Черкесской Республике (до 1999 года) и Удмуртской Республике (до 2000 года).
В результате от прежнего институционального единообразия быстро не осталось и следа. Некоторые регионы создавали двухпалатные парламенты, некоторые использовали смешанную избирательную систему, некоторые – чисто мажоритарную, некоторые – блоковую (многомандатные округа), разным стало разделение властей (в одних регионах формировалось как отдельный институт региональное правительство, в других исполнительную власть напрямую возглавляло высшее должностное лицо, разным был перечень должностей для назначения на которые требовалось согласие регионального парламента) и т. д. Дифференциация политических режимов регионов существенно увеличилась – наряду с успешно развивавшимися демократическими режимами (Санкт-Петербург, Карелия, Свердловская область и др.), целый ряд территорий превратились в настоящие автократии, порой значительно игнорирующие федеральное законодательство. Так, в Калмыкии, в частности, дошло до фактического назначения в 1994-м части депутатов Народного хурала республики президентом Калмыкии (9 из 27 депутатов избирались по единому списку кандидатов, выдвигаемому президентом Калмыкии). Фактически подобная система взаимоотношений центра и регионов напоминала полуфеодальные взаимоотношения короля и феодалов по принципу «вассал моего вассала – не мой вассал». Именно в это время на страницах газет появилась метафора «региональный феодализм» – пусть и не очень точная, но подразумевающая как значительный уровень децентрализации, так и авторитарный характер подавляющего большинства региональных режимов.