Необходимо отметить, что турецкая опасность в целом играла далеко не однозначную роль в процессе формирования централизованного государства австрийских Габсбургов и вела не только к усилению зависимости династии от сословий управляемых ими земель. Войны с Портой одновременно способствовали единению сословных общин Австрии, Чешского королевства и Венгрии, по крайней мере, на уровне дворянства. Бесконечные австро-турецкие конфликты привлекали на службу в императорскую армию выходцев из шляхетских фамилий разных земель, способствуя их сближению и осознанию себя как представителей одного государства. Габсбурги воспринимались многими из них не в последнюю очередь как руководители передового бастиона христианства. На территории современных Венгрии и Словакии, движимые одной целью, бок о бок воевали католики и протестанты, что укрепляло толерантность в межконфессиональных отношениях, одну из необходимых составляющих для обеспечения внутренней стабильности. Кроме того, многие шляхтичи за службу получали от короны вознаграждения в виде денежных премий или земельных пожалований, и это, в свою очередь, повышало их лояльность по отношению к правящей династии.
Несмотря на очевидные успехи в укреплении центральной власти, дуализм в управлении государством при Фердинанде I все же не был ликвидирован. Широкие полномочия сейма, по-прежнему обладавшего исключительным правом принятия нового монарха и утверждения налогов, были сохранены. Так как продолжение боевых действий против Турции было неизбежно, Габсбурги были обречены обращаться к сеймам для привлечения необходимых средств, что являлось благоприятной возможностью для давления на короля.
В целом межконфессиональные противоречия во время правления Фердинанда I не играли определяющей роли в отношениях короля и сословий. Для большей части чешских протестантов было достаточно поддержания статус-кво в религиозной сфере, сложившегося в предшествующий период. Для Чешского королевства в первой половине XVI в. была характерна высокая степень религиозной толерантности. Гонения на членов Общины чешских братьев не противоречили привилегиям сословной общины, поскольку данная организация не была легитимирована с точки зрения местного земского права, кроме того, связала себя с внешними врагами Габсбургов во время Шмалькальденской войны.
Но к концу правления Фердинанда I ситуация стала меняться. Все более значимую роль во внутренней жизни Чешского королевства стали играть идеи немецкой Реформации. Само по себе ее распространение не привело, в отличие от большинства других государств, к дестабилизации внутренней обстановки в крупнейших землях Чешской короны – Богемии и Моравии, изменениям структуры собственности и крупным политическим конфликтам, поскольку в данном случае отсутствовал основной материальный мотив – возможность секуляризации церковного имущества, уже проведенной в годы гуситской революции. Тем не менее, немецкая Реформация оказывала большое идеологическое влияние на чешских утраквистов, учение которых модернизировалось, в результате чего конфессиональный состав Чехии становился все более пестрым. Приверженцы учения Яна Гуса разделились на так называемых староутраквистов, довольствующихся сложившимся положением в религиозной сфере и тем самым наиболее лояльных к династии после католиков, и неоутраквистов, сблизившихся с немецкими лютеранами и воспринявших ряд положений их учения.
Неоутраквисты заняли лидирующее положение в панском и рыцарском сословиях в Чехии. В частности, в 1575 г. 69 панов (из 90) и 100 рыцарей (из 139) принадлежали к этому протестантскому течению. Неоутраквисты поддерживали контакты с влиятельными протестантскими имперскими князьями, особенно, с герцогами саксонскими, имеющими на них немалое влияние, что стало одним из главных факторов, оказывающих дестабилизирующее воздействие на отношения чешских сословий и австрийских Габсбургов, болезнено воспринимающих наличие прямых контактов своих чешских подданных с вассалами империи на территории Германии.
По мере того как все большее количество немецких княжеств принимало протестантизм, росло количество учебных заведений, в стенах которых можно было изучать учения Лютера, Кальвина и других деятелей Реформации. Это послужило прекрасным стимулом для чешских протестантов, которые уже не довольствовались Пражским университетом и во все большем количестве отправлялись на учебу в Германию. К примеру, если в 1502–1530 гг. в университете (тогда еще католическом) в Виттенберге обучалось всего три студента из Чехии, то в 1571 г. таких студентов в этом учебном заведении, ставшим идеологическим оплотом лютеранства, было уже тридцать семь человек22. В Лейпцигском университете с 1409 по 1675 гг. прошли обучение две тысячи четыреста восемь чешских студентов, причем больше половины из них учились тем в период после принятия лютеранства герцогом Фридрихом Мудрым23. Главным центром подготовки чешских протестантских священников был Цербст (Ангальт). В период с 1586 по 1609 гг. там обучались более сорока чехов, девять мораван и пять силезцев24. Большинство будущих руководителей восстания против австрийских Габсбургов проходили обучение в немецких университетах, некоторые довольно подолгу жили в протестантских городах Германии. В 1560-х гг в Виттенбергском университете стажировался один из лидеров протестантской оппозиции начала XVII в. Вацлав Будовец из Будова. В Йене проходил обучение граф Иоахим Ондржей Шлик, до того воспитывавшийся в Дрездене. Многие видные представители чешской протестантской шляхты – Ярослав Смиржицкий, Ян Габервешл из Габернфельда, Бартоломей Немчанский, Карл Старший из Жеротина – учились в Гейдельберге и Страсбурге. В Гейдельберге стажировался также всемирно известный чешский гуманист Ян Амос Коменский.
Другим важным результатом укрепления культурно-идеологических и хозяйственных связей с Германией стал приток в Чехию эмигрантов из соседних имперских княжеств. Заинтересованные в экономическом освоении чешских земель немецкие эмигранты стали активно селиться в Богемии и Моравии, не говоря о Силезии и Лужицах, где немецкоязычный элемент был традиционно силен25. Наиболее прочные позиции переселенцы из Германии заняли в горном деле. Чешские паны Рожмберги, в частности, способствовали тому, чтобы немецкие горняки принялись за разработки прибыльных рудников на юге страны, у Ческого Крумлова. Примерно с 40-х гг. XVI в. начался заметный рост числа немецких горняков-лютеран около Ческих Будеевиц. Много немцев, преимущественно, рудокопов и ремесленников, поселилось в Кутной Горе. Увеличилась доля выходцев из Германии в стекольной промышленности и ряде других ремесел.
Большинство жителей королевства по-прежнему исповедовало утраквизм. Самым большим число утраквистов было в землях c преобладанием чешскоязычного населения. По подсчетам чешских историков, в Богемии во второй половине XVI в. исповедующие утраквизм насчитывали примерно 85%, в Моравии – 75%26. В Силезии, Верхней и Нижней Лужицах, где значительную долю населения составляли немцы, большая часть жителей к этому времени восприняла лютеранство, что приводило к постоянным конфликтам с католической церковью, так как эти земли не были затронуты гуситской революцией, и Рим официально сохранил здесь лидирующие позиции и богатые земельные владения.
Одним из важнейших событий в религиозной и политической жизни Священной Римской империи в XVI в., оказавшим колоссальное влияние на дальнейшее развитие не только немецких княжеств, но и входящих в имперскую структуру чешских земель, стало заключение 25 сентября 1555 г. религиозного мира на имперском рейхстаге в Аугсбурге. В первую очередь, это соглашение законодательно признавало лютеранскую (евангелическую) конфессию в первоначальной, так называемой «неизменной» формуле Аугсбугского исповедания 1530 г. Те, кто придерживался измененной формулы Аугсбургского исповедания, написанной Меланхтоном в 1540 г., а также кальвинисты и цвинглиане выводились из договора. Это стало одной из важнейших причин эскалации напряжения в империи в будущем, по мере укрепления позиций кальвинистской (реформатской) церкви. Впрочем, в документе оговаривалось, что к евангелической конфессии относятся не только исповедующие Аугсбургскую формулу, но и «конфессионально родственные» ей протестанты. Данная формулировка из-за своей размытости давала возможность представителям других протестантских конфессий требовать признания на основании близости своих учений Аугсбургскому вероисповеданию.
