Как лично император (подпись под документом поставил Фердинанд I Габсбург, которому Карл V предоставил соответствующие полномочия как немецкому королю), так и все католики признавали право лютеран, исповедующих Аугсбургскую конфессию 1530 г., и конфессионально родственных ей членов, отправлять богослужения. Римско-католические священнослужители лишались права духовной юрисдикции над лютеранами, против последних прекращались все процессы по обвинению в ереси. Всем непосредственным подданным императора (светские и духовные князья, имперские города в лице городских советов) гарантировалось право свободного вероисповедания, вплоть до принятия другой религии. Также негласно имперские князья, прелаты и города могли определять религию своих подданных, что впоследствии было сформулировано в знаменитом тезисе «cujus regio, ejus religio» (чья страна, того и вера). Подданные обязаны были принять веру своего господина, не желающим этого делать давалось право на эмиграцию.
Пытаясь обезопасить себя от материальных потерь в будущем, католики настояли на том, чтобы согласно так называемой «духовной оговорке» прелаты, переходящие в протестантизм, сложив духовный сан, лишались и властных полномочий над своими подданными. За протестантами, относящимися к Аугсбугскому исповеданию 1530 г., признавалось право владеть теми землями, которые были секуляризованы у католического духовенства до 1552 г. Но потенциал Реформации в империи в целом еще не был исчерпан. Поэтому данное положение, ограничивающее возможности секуляризации, способствовало росту напряженности в отношениях между протестантами (опять-таки, в первую очередь, кальвинистами) и католиками.
Для протестантов Чешского королевства Аугсбургский мир имел свои как негативные, так и позитивные последствия. Поскольку свобода вероисповедания в империи провозглашалась только для имперских чинов, а в Чехии таковым являлся лишь король-курфюрст, отныне определение религии чехов находилось в его руках. Причем наиболее распространенная религия в Чешского королевстве – утраквизм – вообще официально не была признана в империи в качестве конфессионально родственной Аугсбургской конфессии 1530 г. Соответственно, теоретически чешские протестанты оказывались под угрозой рекатолизации, в противном случае эмиграции либо преследования как еретики, что позволило бы власти начать процесс перераспределения земельной собственности. Правда, эти очевидные выводы из содержания мирного договора входили в противоречие с чешскими земскими законами, которые Габсбурги обязывались подтверждать в условиях существования персональной унии. Однако положение полулегальной конфессии подталкивало чешских протестантов к повторению успешного опыта немецких лютеран. Кроме того, возможность признания религии «конфессионально родственной» Аугсбургскому вероисповеданию предоставляла шанс на легитимацию не только утраквистам, но и последователям других, более радикальных течений протестантизма, становившихся все более популярными в чешском обществе.
Без преувеличения можно утверждать, что Аугсбургский мир серьезно расширил перспективы модернизации протестантизма в Чешском королевстве, государстве с относительно слабой центральной властью. Нежелание королевской власти идти на легитимизацию всех протестантских течений в Чехии стало важнейшей предпосылкой того, что во главе оппозиции Габсбургам оказались представители именно протестантских конфессий, озабоченные сохранностью не только своих религиозных свобод, но и неразрывно связанных с ней политических привилегий и гарантий защиты собственности.
Реформация оказала большое влияние и на развитие Общины чешских братьев. На вторую половину XVI – начало XVII вв. пришелся расцвет этой организации. К началу XVII в. заметно выросло число братьев. По подсчетам чешских историков, в это время в Богемии члены Общины составляли примерно 4% населения, в Моравии – около 6%27. В 1575 г. «братьями» были 6 панов и 16 рыцарей в Богемии. По мере углубления противоречий между чешскими протестантскими сословиями и королевской властью довольно серьезным стало влияние братьев на внутриполитическую жизнь страны. В конце XVI —начале XVII вв. в составе Общины находилось много авторитетных представителей формирующейся сословной оппозиции. Будучи поставлены фактически вне закона, «братья» проявляли большую активность в вопросах, связанных с расширением религиозных привилегий протестантов. Необходимость добиться признания своего учения и избавиться от гонений способствовала тому, что Община предпринимала попытки в определенной степени солидаризоваться с остальными чешскими протестантами, в первую очередь, с неоутраквистами. На почве борьбы за легитимацию в последние десятилетия XVI в. «братья» сблизились с представителями наиболее радикального течения в немецком протестантизме – кальвинистами, восприняв идеи последних о возможности вооруженного сопротивления правителям (т. е. Габсбургам), проводящим политику, не соответствовавшую интересам истинно верующих, а также стремясь найти опору в борьбе против преследований со стороны королевской власти при дворе пфальцграфов в Гейдельберге, центре наиболее последовательных противников политики Контрреформации в империи.
Наряду с распространением идей немецкой Реформации с конца правления Фердинанда I можно говорить о первых попытках проведения в чешских землях Контрреформации. Это было обусловлено все более активным вмешательством в религиозную и политическую жизнь королевства папской курии. Активности Рима во многом способствовало то, что католической церкви, наконец, удалось оправиться от поражений первых десятилетий протестантской Реформации и выработать новый генеральный курс развития. После Тридентского собора 1545–1563 гг. и принятия нового катехизиса в 1566 г. политика Рима была направлена на реализацию программы Католической Реформы и Контрреформации. Наряду с составлявшими их основу мирными способами укрепления позиций католицизма в областях, подверженных влиянию реформационных учений – основанием школ, миссионерской деятельностью и т. д., папская курия прибегала и к репрессивным мерам. В 1568 г. папа Пий V издал новую буллу против еретиков. Была расширена сфера деятельности инквизиции, работа которой на территории империи активизировалась во многом благодаря поддержке Габсбургов. Также расширилась сфера деятельности основанного в 1534 Игнасием Лойолой иезуитского ордена, который стал главным орудием папства в борьбе за рекатолизацию частично утраченных областей.
Римские папы придавали огромное значение проведению Контрреформации в наследственных землях австрийских Габсбургов. Это касалось и Чешского королевства. При этом в Риме осознавали, что успешная рекатолизация, являвшаяся конечной целью политики папской курии, была невозможна без поддержки со стороны светской власти. Широкая внутренняя независимость протестантских сословий, выражавшаяся, в том числе, в многочисленных религиозных привилегиях, подкрепленных зависимостью монархов от сеймов в финансовых и военных вопросах, не позволяла вернуть подданных Австрийского дома в лоно католической церкви. Поэтому папы сблизились с испанскими и австрийскими Габсбургами, справедливо считая лишь их способными укрепить влияние католичества в Европе. В определенной степени сближению Испании, империи и Рима способствовало также общее неприятие кальвинизма. Папские посланники отныне постоянно находились при католических государях, выполняя роль советников, а также оказывая финансовую и дипломатическую поддержку проектам, выгодным Святому Престолу.
До конца XVI в. можно говорить о воздействии на чешские земли мягкой формы Контрреформации, сочетающейся с программой Католической Реформы28. Благодаря их мирному характеру папству и поддерживающим его австрийским Габсбургам удалось во второй половине XVI в. добиться определенных успехов, избегая резкого обострения межконфессиональных отношений в стране, что при подавляющем превосходстве протестантов поставило бы католическую церковь в сложное положение. Папская курия выделяла средства на строительство новых храмов и приходских школ. В чешских землях активизировалась работа церковных орденов. В частности, к 1556 г. относится начало деятельности иезуитов в Праге, когда была основана коллегия для первых 12 иезуитских монахов, прибывших с миссией в Чехию. Она разместилась в церкви Святого Климента на Старом Месте и с течением времени стала важнейшим инструментом для проведения Католической Реформации в Праге. В 1562 г. коллегия получила от императора статус академии, то есть, высшей школы. Блестяще образованные и подкованные для теологических споров иезуиты занимались не только преподаванием, но и активно проповедовали. В частности, последователи Игнасия Лойолы стали проповедовать среди живущих в пражских городах итальянских купцов и каменщиков. На первые проповеди приходило не более ста человек, впоследствии это число увеличилось29. По прошествии нескольких лет при содействии иезуитов для католиков была построена часовня, а в 1573 г. основана Влашская (влахами чехи называли итальянцев) конгрегация, в качестве основной цели которой декларировалась помощь больным и бедным. Помимо пражской во второй половине XVI в. было основано еще несколько иезуитских коллегий в Чехии (в Ческом Крумлове в 1589 г., в Хомутове в 1589г., в Индржихове Градце в 1594 г.) и в Моравии (в Оломоуце в 1566 г., в Брно в 1572 г., в Кладско в 1597 г.).
