После того как в битве при Мюльберге 24 апреля 1547 г. имперская армия разгромила войска унии и добилась временного перелома в борьбе с протестантами в Германии в свою пользу, Фердинанд I с успехом применил профессиональную армию против внутренних врагов. Одной угрозы наказания оказалось достаточно для того, чтобы сословное ополчение разбежалось. Большая часть шляхты покинула горожан. Оказавшиеся в одиночестве пражские мятежники по-прежнему находились в нерешительности. Вначале они предприняли безуспешную попытку получить прощение короля, затем, уже после входа в город королевских наемников, попытались организовать стихийное сопротивление, однако восстание было быстро подавлено превосходящими силами.
Незамедлительно последовали наказания виновных. Ряд наиболее активных деятелей восстания были осуждены на пожизненное заключение. Четырех зачинщиков выступления – двух земанов и двух мещан – король приговорил к смертной казни. В целом, учитывая масштаб выступления, физическую расправу над восставшими можно считать относительно мягкой. Это объясняется сохранявшейся неуверенностью Фердинанда I в стабильности своего положения, боязнью нового мятежа и, соответственно, нежеланием давать повод к очередному проявлению недовольства. Поэтому казнь имела в большей степени психологический эффект.
Наказания политического и экономического характера были гораздо более значительными. Особенно негативно поражение восстания сказалось на положении мещанства, лишившегося статуса равноправного сословия. Была издана новая редакция Земского Устройства, согласно которой отменялась внутренняя автономия королевских городов. В частности, в городах вводились должности королевских чиновников – гетманов и рихтаржей, под контролем которых отныне находилось городское управление и политическая жизнь. Одновременно наносился удар по автономии городской судебной системы. Были ликвидированы городские суды, вместо них в 1548 г. возник апелляционный королевский суд, который занимался судопроизводством по делам мещанского сословия. Также король отнял привилегии у городских цехов. Экономическая сила городов была ослаблена займами и конфискациями, у Праги и многих других городов были отобраны земельные владения, многие финансовые и торговые привилегии. Таможенные пошлины, торговые сборы, судебные штрафы и выплаты при наследовании имущества стали взиматься в пользу короля, ему же стало принадлежать выморочное имущество горожан. Прага и еще 25 городов изначально выдали королю грамоты со всеми правами и привилегиями. Постепенно Фердинанд I возвратил горожанам часть привилегий, нередко беря за это немалый выкуп. После 1547 г. мещанство стало отходить на второй план в общественной жизни страны.
Наказаниям были подвергнуты и участвующие в восстании представители шляхты. Фердинанд I прибегнул к масштабным конфискациям земельных владений, составлявшим до одной четверти всех земельных владений чешского дворянства. Впрочем, часть конфискованных владений вскоре была возвращена прежним владельцам, но уже как ленное держание. Эта действенная мера одновременно пополняла королевскую казну и подрывала экономическое могущество шляхты. Наряду с этим подобная мера способствовала повышению авторитета государя как милосердного и щедрого господина, прощающего виновных и жалующего им.
Был нанесен удар по Общине чешских братьев. В частности, был переиздан Святоякубский мандат Владислава Ягеллона, а следом за ним появились еще два мандата, запрещавшие деятельность общины. Члены Общины были подвергнуты преследованиям и репрессиям, а епископа братьев Яна Аугусту посадили в тюрьму. Специальные королевские комиссары занимались конфискацией имущества у местных организаций общины и закрывали их молитвенные дома.
Дистанцированность от восстания других земель Чешской короны привела к тому, что Моравия не ощутила на себе последствий габсбургской реакции и вплоть до начала XVII в. пользовалась большей внутренней свободой, чем Чехия, во всех сферах, в том числе, и в религиозной. Это предопределило, в частности, активное развитие на территории маркграфства во второй половине XVI в. Общины чешских братьев, получивших здесь наименование «моравских братьев». Из сословий других земель пострадали города Верхней Лужицы и столица Силезии г. Вроцлав, как и чешские города-участники восстания, подвергнутые конфискациям и лишенные земельной собственности, а также самоуправления и ряда других привилегий.
Поражение восстания 1547 г. позволило Фердинанду I серьезно сократить зависимость от сословно-представительных институтов. Был введен принцип, согласно которому лишь король мог собирать генеральный сейм. При этом монарх пользовался исключительным правом утверждения списков вопросов для обсуждения на заседаниях, для чего составлялись так называемые королевские «пропозиции». Также король получил исключительное право назначать состав земского суда и других земских учреждений без консультаций с сословиями. Сословные объединения отныне были запрещены как «незаконные объединения», и участие в них отныне расценивалось как преступление. Усилилось давление Фердинанда I на сословия в вопросе престолонаследия. В 1549 г. чешские сословия без выборов признали его наследником Максимилиана Габсбурга (впоследствии короля и императора Максимилиана II).
Фердинанду I удалось в определенной мере уменьшить зависимость от чешских сеймов и в финансовых вопросах. Земли Чешского королевства всегда с большим недовольством относились к масштабам своего финансового участия в обеспечении готовности австрийской державы к войне с Османской империей20. Заставить сеймы утверждать сбор «турецких денег» в требуемых королем размерах было нелегко. Тем не менее, к концу правления Фердинанда I удалось найти способ, гарантирующий заблаговременное получение необходимых средств, получив одобрение генеральным сеймом сбора налога на несколько лет вперед. Впоследствии подобная практика утверждения налогов на несколько лет применялась еще не один раз, приводя к реальному снижению зависимости династии от сословно-представительных институтов.
В последние годы жизни Фердинанда I наметилась тенденция к ограничению автономных прав утраквистской консистории21. Во время «обновления» консистории подобоев (при обновлении назначались новые администраторы и члены руководства) в 1562 г. Фердинанд I вынудил протестантские сословия согласиться на выдвинутые им кандидатуры администратора и его помощников. Для этого король выбрал из рядов протестантов наиболее умеренных людей, не представляющих угрозу усиления влияния подобоев на конфессиональную политику государства.
В 1556 году в Вене был организован придворный военный совет, образованием которого завершилось формирование основных наднациональных органов власти новой державы. Это был также совещательный орган, в который входило 5 человек, назначаемых монархом и преданных лично ему. Придворный военный совет занимался рассмотрением всех основных вопросов, связанных с набором, вооружением, содержанием и обучением войск, а также с содержанием крепостей и оружейных мастерских. Этот орган был особенно важен для государства, которое в любое время могло подвергнуться атакам со стороны турецких владений, а потому его заседания проходили очень часто, иногда почти каждый день. Представителей чешских сословий в составе придворного военного совета при первых Габсбургах на троне Святого Вацлава не было.
Успехи Фердинанда I в политике централизации были неразрывно связаны с определенной стабилизацией позиций Габсбургов на международной арене. В 1551 г. Карл V передал брату императорский титул, благодаря чему авторитет чешского и венгерского короля возрос. Аугсбургский мирный договор 1555 г., пусть и не решив всех проблем во взаимоотношениях протестантов и католиков, все же способствовал временному умиротворению империи и позволял Фердинанду I сосредоточиться на других важных проблемах, в первую очередь, противостоянии туркам. Новая война с Османской империей возобновившаяся в 1551 г., была особенно долгой и продолжалась вплоть до 1562 г. Хотя громких побед у австрийцев не было (если не считать героической обороны Эгера Иштваном Добо в 1552 г.), они сражались с переменным успехом, благодаря тому что Сулейман Великолепный одновременно был втянут в конфликт с Персией. В результате этой и следующей войны (1562–1568 гг.) границы в Венгрии впервые принципиально не изменились в пользу Порты, что подняло престиж власти Габсбургов как защитников христианского мира.