Литовская интеллигенция была главной силой, противостоящей правительству. В нем содержался призыв к LCP прекратить русификацию, сделать администрацию ЛССР более литовской и укрепить позиции литовского языка в общественной жизни. Национальные чувства и двусмысленные директивы Москвы стали одной из причин, по которой руководство LCP приняло во внимание национальные устремления общества, особенно в отношении использования литовского языка и национального состава административного аппарата. Поскольку большая часть населения была вынуждена адаптироваться к советской системе, LCP стремилась представить себя литовскому народу как защитника его интересов. Однако фактически такая деятельность LCP означала привлечение большего числа литовцев в Коммунистическую партию и советскую администрацию. Частично это удалось. С каждым годом число этнических литовцев в Коммунистической партии увеличивалось (было принято около 4000-5000 человек). В 1953 году членами LCP были 13 700 этнических литовцев (37%), в то время как в 1965 году — 55 000 (63,7%). Стать членом партии было не очень просто, особенно для интеллектуальных работников, хотя их процент был самым высоким. Им нужно было ждать год или больше, чтобы доказать не только свою лояльность, но и свою верность Коммунистической партии и ее идеологии. Хотя членство в Коммунистической партии для многих людей было не совсем респектабельным делом (многие коммунисты скрывали свое членство в партии от родственников и любимых), но условия жизни вынуждали их идти на компромиссы — для одних, например, представителей интеллигенции это создавало большую возможность участвовать в общественной жизни, для других — иметь руководящую работу, сделать карьеру, для третьих — получить доступ к материальным благам, жить лучше и так далее. Было также несколько идеологических коммунистов.
Стремясь расширить влияние ЛКП в обществе и принимая во внимание возникающие интересы новых литовских бюрократов, Снечкус в своих письмах в Москву подчеркивал необходимость нового подхода в национальной политике КПСС. 6 декабря 1956 года он написал, что «задержка в решении этих вопросов может ухудшить ситуацию в республике». Снечкус проинформировал Москву, что в ближайшем будущем литовское руководство примет меры «по нормализации использования литовского языка». Однако наиболее важным вопросом для него был национальный персонал. В его записке утверждалось, что важно продвинуть местных жителей в руководящие звенья правительства. Снечкус писал: «Ненормально, что в правительстве Литовской ССР местные товарищи составляют чуть больше 50 процентов, [...] Некоторые из прибывших товарищей, которые видят в этом проявление шовинизма и так далее, очень часто выступают против продвижения национальных кадров. Такое неприятие иногда высказывают и некоторые министерства СССР». Он воспользовался международной ситуацией. Осенью 1956 года закончилась венгерская драма, вызвавшая огромный интерес в мире. Снечкус написал в ЦК КПСС, что «увеличилось количество антисоветских мнений, например: «пришло время освободиться от советского гнета» и «нам нужно действовать так же, как венграм». У ЦК КПСС было два варианта: принять предложение Снечкуса или укрепить советский режим в Литве. В отчетах КГБ ЛССР в Москву прогнозируется новый всплеск антисоветских настроений и политических акций в начале 1957 года, особенно в феврале. 17 декабря 1956 года Снечкус, Палецкис и Сумаускас посетили Москву. Руководство СССР хотело замять проблему Венгрии и успокоить политические страсти в Литве (Кремль был хорошо информирован о событиях 1 и 2 ноября в Каунасе и Вильнюсе). Хотя Хрущев в принципе не поддерживал идею национальных кадров республик, он был вынужден согласиться со Снечкусом. Начался второй этап превращения республики в более литовскую.
После возвращения из Москвы Снечкус сказал членам бюро ЦК ЛКП: «На самом деле мы слишком мало продвигали национальные кадры. [...] Но мы должны делать это не сразу, а постепенно, разумно, но без промедления? Поскольку это была инициатива не Москвы, а Литвы, была предпринята попытка придать «чистке» российских кадров непубличный характер. Согласие Снечкуса и Сумаускаса обычно выражалось в личных беседах с их подчиненными в том, что бюро ЦК ЛКП не возражает против выдвижения литовцев на руководящие посты. Из-за незнания литовского языка, низкого уровня образования и некомпетентности в конце 1956 года чиновников, которые были направлены в Литву ЦК КПСС и другими ведомствами, начали увольнять или переводить на более низкие должности. Некоторые из них покинули Литву. Наиболее важные учреждения администрации ЛССР стали более литовскими — в 1959 году уже около 67-70 % их сотрудников были литовцами.
С точки зрения Москвы, литовский язык должен был выполнять второстепенные, вспомогательные функции. 2 ноября 1956 года прибывший в Вильнюс инструктор ЦК КПСС Щеголов объяснил руководству ЛКП, что для сотрудников, не владеющих литовским языком, официальные документы должны быть составлены на русском языке. Например, исполнительный комитет Вильнюса начал получать различные документы на литовском языке от Совета министров. «Это неправильно. Документы должны быть написаны на двух языках, а если это написано на одном языке, то это должно быть на русском, потому что там никто не может читать по-литовски», — пояснил он.
Тем не менее, с быстрым увеличением числа руководящих и других литовских служащих в структуре администрации ЛССР литовский язык стал более широко распространяться в общественной жизни. Существенные изменения произошли в системе культуры и образования. Например, в 1955 году в школе электромеханики в Вильнюсе не было группы студентов, которым преподавали на литовском языке, но в 1959 году планировалось преподавать там только на литовском. Фактически, все высшие учебные заведения начали преподавать только на литовском языке, даже марксизм-ленинизм. Институты Академии наук, университеты и средние школы стали очагами литовской идентичности. Вильнюсский университет и его ректор Булавас, почти открыто начавший делать университет более литовским, выделялись среди них.
Интеграция литовской экономики
Политические изменения между 1953 и 1964 годами произошли в результате административных реформ и управления. Не отказываясь от монопольной роли КПСС в обществе, кремлевские политики пытались стимулировать экономическую жизнь страны, пытались уменьшить чрезмерный централизм и бюрократию государственного управления. Было признано, что неуклюжий аппарат управления с его строгой регламентацией деятельности и беззаконием репрессивных структур препятствовали развитию экономики и общества в целом. Начатые реформы и реорганизации осуществлялись под лозунгами, провозглашающими необходимость «демократизации» жизни общества, поощрения инициативы местных работников и повышения «суверенитета» республик. После социального эгалитаризма, репрессий и многолетнего террора Сталина литовское общество казалось полностью обнищавшим.
После реформирования управления государственным аппаратом Москва в дальнейшем сохранила свои права и функции монопольного руководства. Однако он стремился к тому, чтобы местные органы власти республик проявляли больше инициативы в улучшении экономической и социальной ситуации. Руководство администрации ЛССР обратилось к Москве с просьбой предоставить Советам Министров республик право утверждать и, при необходимости, изменять производственные планы промышленных предприятий, подчиненных властям республики, и показатели сельскохозяйственного производства. Компетенция и функции Советов министров республик были несколько расширены. С 4 мая 1955 года Совет Министров ЛССР имел право утверждать производственные планы промышленных предприятий, подчиненных властям республики, и распределять их продукцию, утверждать плановые показатели в сферах здравоохранения, образования, культуры, социального обеспечения и коммунального хозяйства, распределять местные строительные материалы и решать другие вопросы местного значения.