В конце 1956 года советское правительство в Литве подготовилось к более серьезным событиям и позаботилось о собственной безопасности. Хотя 3 июля 1956 года Министерство внутренних дел СССР предложило прекратить выдачу личного оружия должностным лицам различных ведомств, Министерство внутренних дел ЛССР выдало 364 пистолета номенклатурным работникам прокуратуры, исполнительных комитетов, Министерств юстиции, сельского хозяйства и совхозов. В дополнение к этому оружию руководителям аппарата ЦК КПК, городских и районных комитетов партии, а также председателям колхозов и местных советов ранее было выдано 523 пистолета.
В декабре 1956 и январе 1957 года в Каунасе и Вильнюсе появились листовки, в которых было написано, что 16 февраля 1957 года перед зданием Каунасского горисполкома состоится демонстрация. Напуганный общественными акциями протеста, репрессивный партийный аппарат СССР и ЛССР предпринял некоторые превентивные меры. Решениями Совета Министров СССР от 17 декабря 1956 года и Министерства внутренних дел СССР от 14 января 1957 года в Каунасе был введен особый паспортный режим. Лицам, которые были заключены в тюрьму в соответствии со статьями 58, 193-24 («за контрреволюционные преступления») и 59-3 («за бандитизм») уголовного кодекса Советской России, было запрещено проживать там. До 1959 года 443 человека, прибывших после депортации, были насильно вывезены из Каунаса. 3 января 1957 года группы оперативных работников были направлены во все управления КГБ городов и районов Литвы. 14 января министр внутренних дел СССР Николай Дудоров приказал министру внутренних дел ЛССР Альфонсасу Гайлевичюсу удалить всех нежелательных людей из Каунаса. 24 января заместитель председателя КГБ СССР Петр Ивашутин потребовал, чтобы КГБ Литвы принял все меры, особенно разведывательные, против запланированной «националистами» антисоветской кампании на 16 февраля. 28 и 29 января состоялись собрания руководителей милиции. Оперативная рабочая группа из восьми человек во главе с заместителем председателя КГБ ЛССР Леонардасом Мартавичюсом прибыла в Каунас. 14 февраля Председатель КГБ ЛССР Казимерас Ляудис доложил Ивашутину, что были раскрыты пять подпольных организаций (24 человека).
Демонстрация, запланированная метрополитеном на 16 февраля, не состоялась. В городах были усилены патрули КГБ и милиции, проводились обыски в домах подозреваемых людей, армейские подразделения «особого назначения» охраняли важнейшие объекты города Каунас. До 20 февраля КГБ допросил 1035 человек, 278 из них были переданы в отделы милиции для депортации из Каунаса, в то время как вопрос о 167 лицах все еще находился на рассмотрении 17 февраля. Тем не менее, с 15 по 17 февраля в Литве состоялось 36 политических акций: в основном поднятие трехцветного флага, распространение листовок.
Усилия КГБ и ЛКП были напрасны, когда в День поминовения усопших 1957 года на Военном кладбище в Каунасе собралось около 2000 человек. Здесь горели свечи, пели гимны. Милиция напала на собравшихся, и трое чиновников были ранены. Толпу разогнали, но часть ее, к которой присоединились прохожие, собралась в демонстрацию почти в 2000 человек на Ленина (ныне Витовта). Проспект. Городская администрация Каунаса вызвала 150 курсантов милиции и армейское подразделение КГБ. Применив силу, демонстранты были разогнаны и 105 человек арестованы. В 1957 году КГБ арестовал 124 человека.
Трансляции западных радиостанций и незаконных организаций повлияли на эти открытые нападки на правительство. В 1955-1958 годах литовский КГБ выявил 61 незаконную организацию, в деятельности которой участвовали 303 человека, в основном молодежь. В 1956-1958 годах за антисоветскую деятельность было арестовано и осуждено 226 человек. В 1956-1957 годах КГБ ЛССР зарегистрировал 126 случаев распространения антисоветских листовок, 419 анонимных антисоветских писем и десятки тайных поднятий трехцветных флагов. В 1956 году в Каунасе КГБ раскрыл подпольную группу под названием «Железный волк», возглавляемую Альгирдасом Лио-рентасом. В 1957 году в Вильнюсе КГБ раскрыл антисоветскую группировку «Национальный народный фронт» (члены Витаутас Лаугалис, Антанас Терлецкас, Стасис Стунгурис и другие). Аналогичные группы действовали в высших и средних учебных заведениях («Борьба за свободу Литвы», «Дорога к свободе», «Колокол свободы», «Братья свободы» и другие). В 1954-1960 годах в Литве было сформировано и действовало 108 организаций и групп, насчитывающих около 700 членов. Такие молодежные организации создавали предпосылки для более широкого недовольства людей, формировали тот слой людей, который активно участвовал в сопротивлении в 1960-х и 1970-х годах.
В 1961 году КГБ раскрыл незаконную организацию «Свободная Литва» (основана в 1958 году и возглавляется Владасом Шакалисом), в которой было 14 членов, и несколько тайных организаций учащихся средних школ в Вильнюсе и Каунасе. У организаций была одна цель — добиваться освобождения Литвы всеми возможными средствами. В 1961 году во многих местах Литвы во время праздников были сорваны государственные флаги СССР и ЛССР, в общественных местах были написаны антисоветские лозунги. Позже количество антисоветских акций уменьшилось, хотя с 1966 года их количество снова увеличилось. По данным генерала КГБ Хенрикаса Вайгаускаса, «число лиц, осужденных за антисоветскую агитацию и пропаганду в 1960-1965 годах, было в три раза меньше по сравнению с предыдущим пятилетним периодом».
Принимая во внимание все просьбы лидеров ЛКП, руководство СССР в конце 1956 года разрешило КГБ ЛССР нанять больше людей (дополнительный штат включал 50 офицеров, 21 сержанта и 41 другого сотрудника). В 1961 году управления КГБ были созданы в 16 районах Литвы, в которых они были упразднены в 1953 году.
Интеллигенция Литвы, студенты (литовские писатели, преподаватели и студенты Вильнюсского университета, Каунасского политехнического и медицинского институтов), другие жители Литвы выразили свое глубокое недовольство политическим режимом, особенно состоянием национальных отношений. Было требование сделать государственные учреждения более литовскими, вернуть старые названия улиц (особенно тем улицам, которые назывались именем Сталина). В Вильнюсе был проведен сбор подписей за возвращение улице Гедиминаса названия и установку памятника Гедиминасу. Увеличилось количество бытовых национальных конфликтов, особенно в Вильнюсе. Русскоговорящий, которому задавали вопрос на литовском, довольно часто отвечал «Говорите на человеческом языке». Это было оскорблением национального достоинства Литвы. В целом, патриотические, антисоветские и антироссийские положения выражались многими способами. Враждебные настроения проявлялись во время спортивных мероприятий, песенных фестивалей и других массовых мероприятий. Например, 21 июля 1960 года на боксерском матче в «Жальгирисе» Стадион в Каунасе, на котором присутствовало около 10 000 человек, зрители столкнулись с милицией, в ходе конфликта автомобиль милиции был забросан камнями, перевернут и подожжен, трое сотрудников милиции получили ранения, а люди скандировали антироссийские лозунги. Милиция открыла огонь по толпе. Один человек был убит и четыре человека получили ранения. Это событие привлекло внимание КГБ ЛССР, агенты которого сообщили об антисоветских выступлениях. Например, один житель Каунаса сказал, что в следующий раз кирпичи будут бросать не только в милицию, но и в русских.
Подобные публичные проявления гражданского неповиновения и политического протеста в городах Литвы стали новой антисоветской формой борьбы, они повторялись до конца советской оккупации. Не сила оружия, а смелые заявления людей и гражданское неповиновение показали, что литовский народ не смирился с существующей ситуацией.
Придание аппарату Коммунистической партии и государственной администрации более литовского характера
Главной целью Москвы и руководства ЛКП было превратить Литву в коммунистическую и неотъемлемую часть СССР. Коммунистические идеи были чужды большинству литовцев, а насилие сталинской эпохи почти не дало результатов (люди, тем не менее, выступали против нынешнего режима), поэтому приходилось искать другие способы сделать хотя бы часть литовского общества лояльной Коммунистической партии. Такая возможность возникла в эпоху Никиты Хрущева, когда более мягкий режим пришел на смену жестоким политическим репрессиям, демагогической риторике, провозглашающей «социалистическую демократию» и расширение прав наций (республик). Слова Снечкуса во время встречи литовских писателей с руководством ЛССР в январе 1957 года: «Мы должны добиться того, чтобы Майронис также служил нам», — прозвучали цинично.
