17 ноября 1961 года после возвращения из Москвы Снечкус созвал собрание «партийного актива республики» (высших должностных лиц администрации ЛССР). По соображениям политической конъюнктуры он признал, что «в период культа личности в Коммунистической партии Литвы также возникли большие трудности» (он говорил только о довоенных репрессиях против коммунистов, в результате которых такие коммунисты, как Зигмас Ангариетис и другие погибли), но он вообще не упомянул о репрессиях против населения в период 1940-1941 годов и в 1944-1953 годах в партизанской войне. Эта тема была запрещена в Литве.
Хрущев планировал укрепить государственные экономические структуры, наделив их большими полномочиями, в то время как Коммунистическая партия должна была больше сосредоточиться на партийной работе. Районные партийные комитеты должны были быть преобразованы в политические отделы, которые, по словам Снечкуса, должны были заниматься «партийными организациями, агитацией, пропагандой, и это было все». Партийная номенклатура не могла согласиться с этим. Запланированное ограничение партийной власти стало одной из причин изменения политического курса в 1964 году.
Десталинизация также повлияла на отношения между лидерами СССР и республик. В начале 1960-х годов из-за различных экономических проблем и различных подходов к их решению между Москвой и Вильнюсом возникли определенные трения, имевшие политический подтекст. За короткий период существования КПЭ ЛССР (1957-1964) администрация ЛССР, получив небольшую реальную власть, начала осознавать свои возможности и интересы. Снечкус умел скрывать свое неодобрение некоторых решений Хрущева в Москве, но Шумаускас выразил свои мысли гораздо более открыто. Ближе к концу правления Хрущева Снечкус стал более открыто говорить о неправильных «рекомендациях сверху», то есть из Москвы, и сознательно саботировал требования Кремля по сокращению поголовья скота и площади пастбищ, принадлежащих сельскому населению, не стал отбирать у крестьян землю, выделенную им в личное пользование, не одобрял «кукурузоманию» и т.д.
Хотя у Москвы были возражения по поводу экономических и культурных проблем Литвы, однако с точки зрения политики Снечкус и все руководство ЛССР были лояльны Москве, запрещали любые, даже малейшие политические инициативы (например, вернуть проспекту Ленина в Вильнюсе прежнее название Гедиминас) и использовали методы репрессий (тюремное заключение) против любых общественных настроений, враждебных правящему режиму. Несмотря на то, что Литва создавала много политических проблем для Москвы, Кремль высоко ценил ее Снечкусу и его подданным за их усилия по укреплению коммунистического режима. Ни в эпоху Хрущева, ни позже в Литве не проводилось «чисток» партийных кадров, вдохновленных политическими мотивами — это была одна из самых высоких оценок заслуг литовских коммунистов перед Москвой.
Возвращение политических заключенных и депортированных
Провозглашая политику «мирного сосуществования» с «капиталистическим» миром, Никита Хрущев утверждал, что СССР отказался от политических репрессий. Одной из главных целей его политической реформы был отказ от рецидивов сталинизма, поэтому большинство политических заключенных и депортированных были освобождены из мест их заключения или депортации. В январе 1953 года во всем СССР насчитывалось 2,7 миллиона депортированных, в то время как в январе 1959 года из них оставалось только 50 000 человек. Однако этот политический процесс происходил медленно. Опасаясь распространения антикоммунистических настроений и вспышки ненависти к коммунистическому режиму, руководство СССР действовало очень осторожно.
Ожидающие поезда на промежуточной железнодорожной станции Усолье-Сибирское депортированные из Литвы на обратном пути в свою страну. Иркутская область, 1961 год.
Семьи депортированных провожают в Литву. Суетиха, Иркутская область. 1958.
Политические заключенные и депортированные относились к разным категориям, и поэтому процедуры их освобождения также отличались. Освобожденным политическим заключенным изначально не разрешалось покидать определенную территорию или они были отправлены в изгнание, а после отмены этих санкций многим из них было запрещено возвращаться в Литву. Те, кому удалось переселиться в Литву, подверглись преследованиям со стороны секретной службы и были вынуждены покинуть Литву. С 1954 года заключенные, которые были физически не способны работать, и те, чей срок заключения истек, были освобождены из лагерей ГУЛАГа. В том же году была создана специальная комиссия под председательством одного из организаторов геноцида литовского В ССР генерального прокурора Георгия Бахарова. Комиссия рассмотрела дела только 4990 человек (в 1944-1952 годах в общей сложности 142 579 человек были отправлены из Литвы в концентрационные лагеря или депортацию). Комиссия полностью «реабилитировала» только 338 человек и амнистировала 671 человека. 17 сентября 1955 года указ Президиума Верховного Совета СССР «Об амнистии граждан Советского Союза, сотрудничавших с оккупантами во время Великой Отечественной войны» был адаптирован для участников сопротивления, которые боролись за независимость Литвы и были заключены в тюрьму. Это была открытая насмешка над литовскими партизанами, как будто они сотрудничали с немцами, а не боролись за национальную свободу. В 1956-1957 годах из тюрем и трудовых лагерей было освобождено 17 000 человек, осужденных за так называемую контрреволюционную деятельность, из которых около тысячи были руководителями и активистами государственных и политических организаций Литвы. Среди них были известные литовцы: Леонас Бистрас, Доминикас Цезявичюс, Петрас Климас, Зигмас Толиушис, епископы Теофилиус Матулионис и Пранчишкус Раманаускас, и другие.
Коммунистическое руководство ЛССР приняло дополнительные меры против возвращающихся заключенных. 16 ноября и 6 декабря 1956 года Снечкус обратился в ЦК КПСС с просьбой запретить бывшим партизанам и подпольщикам селиться в Литве и на соседних территориях. Он выразил сожаление по поводу того, что 8000 человек уже «произвольно вернулись в Литву». Снечкус, председатель КГБ ЛССР Казимерас Ляудис и секретарь ЦК ЛКП.Владас Нюнка несколько раз говорил в Москве о «незаконном» возвращении амнистированных лиц, пытался напугать Кремль перспективой новых вооруженных действий подполья и просил усилить аппарат КГБ в Литве. Москва не возражала, и 21 января 1957 года председатель Президиума Верховного Совета ЛССР подписал указ, запрещающий бывшим главам литовского правительства и политических партий, а также партизанам, осужденным за сопротивление советскому правительству, возвращаться в Литву................... Для нарушителей было предусмотрено пять лет депортации. Указ лишь несколько замедлил возвращение бывших заключенных, но количество литовцев в Латвии и Калининградской области увеличилось. предложил перенести срок действия указа Палецкиса в прошлое и организовать новую депортацию вернувшихся бывших политзаключенных (он назвал это «административным выдворением»).,, Такая акция затронула бы десятки тысяч людей и могла бы спровоцировать новую волну сопротивления. Оно не было одобрено, и предложение Гайлевичюса было отклонено. Люди, пережившие советские тюрьмы и трудовые лагеря, были превращены у себя на родине в третьеразрядных людей.
Особенно пострадали те, кто не мог самостоятельно зарабатывать на жизнь. Бывшие полицейские, прокуроры, следователи, министры, официальные лица независимой Литвы и другие люди, которые верно служили своему государству, остались без пенсий. Не имея средств к существованию, собственности, работы или места жительства и постоянно подвергаясь преследованиям со стороны агентов службы безопасности, они часто были вынуждены покидать Литву.