Изменившиеся политические условия позволили лидерам ЛССР выразить свои взгляды в Москве по некоторым вопросам, имеющим отношение к Литве. В сталинский период этого не было. Политически они всегда верно служили своим кремлевским хозяевам и не видели ни своего собственного будущего, ни будущего Литвы без Советской империи. На протяжении всего периода советской оккупации Литва была политически наиболее проблемной республикой; поэтому Москва высоко ценила способность администрации ЛССР подавлять собственный народ. Руководству ЛССР удалось доказать Кремлю, что постоянное неповиновение литовцев Москве было не неспособностью руководства ЛССР управлять, а скорее возложенной на них миссией тяжелой работы, которую коммунисты будут самоотверженно выполнять до конца.
До 1953 года Литва, терроризируемая советскими вооруженными силами, была оккупированной страной, лишенной всех прав, народ которой открыто презирали, а вся страна подвергалась русификации. В годы правления Хрущева, а затем Литовской ССР постепенно получили больше прав в области экономики, управления и культуры. По просьбе Кремль разрешил Литве обучать собственный национальный персонал, уделять больше внимания культуре и образованию.,, Литовский язык все чаще становился центром общественной жизни (хотя русский оставался основным официальным языком в государственных учреждениях; большинство русскоязычных чиновников не говорили по-литовски и не хотели изучать его), администрация ЛССР становилась преимущественно литовской, а литовские школы становились сильнее. Конечно, культурное развитие столкнулось с цензурой коммунистической идеологии и политическим насилием, проявлениями русификации и проектом homo sovieticus. По сути, руководители СССР координировали и контролировали ход становления культуры. У ЛССР отсутствовал существенный атрибут государства — суверенитет, у нее не было и не могло быть исключительного права свободно принимать решения по вопросам правительства и администрации страны и формулировать и осуществлять свою собственную политику. Оно зависело от правительства СССР на политическом, организационном и других уровнях, подчинялось правительству СССР и проводило политику Коммунистической партии Советского Союза.
В послесталинский период экономика Литвы развивалась довольно быстрыми темпами, ориентируясь на СССР, уровень жизни ее жителей изменился в положительную сторону.
В репрессивных структурах произошли изменения. После казни Бена партийное руководство СССР призвало установить партийный контроль над Министерством внутренних дел. В 1953 году Казимерас Ляудис, старый член коммунистической партии и первый секретарь Комитета ЛКП Клайпедского региона, стал главой КГБ ЛССР.,,,. Номенклатура ЦК ЛКП включала 85 районных агентов КГБ, секретарей партийных организаций и т.д. С 1954 по 1956 год количество непубличных офицеров КГБ сократилось с 364 до 105 (и общее количество сотрудников с 367 до 209), а количество официально нанятых агентов КГБ с 962 до 732 (и общее количество сотрудников с 1569 до 1321). Произошла большая текучесть кадров КГБ: некоторые были на пенсии, другие переехали из Литвы.
Процесс принятия политических решений в Кремле изменился: воля одного человека больше не определяла все, как это было в сталинскую эпоху; роль Президиума ЦК КПСС и Совета Министров СССР стала намного важнее. 8 августа 1953 года председатель Совета Министров СССР Георгий Маленков объявил о новом экономическом курсе, который предполагал не укрепление военной мощи страны, а удовлетворение материальных и личных интересов населения. Этот курс был очень приветствован в Литве. Пока Хрущев и Маленков стремились к власти, в центральном правительстве в Москве наблюдалась тенденция к децентрализации. В сентябре 1953 года Хрущев был назначен первым секретарем ЦК КПСС, но в то время еще не был единоличным лидером. После неудачной попытки стать секретарем ЦК КПСС Маленков начал наращивать политическую власть в Совете Министров. Автоматически советы министров отдельных республик также начали приобретать более реальную власть, чего не было в сталинскую эпоху. Это вызвало определенные политические трения по поводу разделения властей между высшими структурами партии и исполнительной власти. Однако в условиях сильной централизации правительства независимость республиканских институтов практически не замечалась, и они были частью государственного механизма Советского Союза.
В этом контексте, председатель Совета Министров ЛССР Мечисловас Гедвилас стал действовать более независимо, он не всегда консультировался с Бюро ЦК ЛКП, начал игнорировать Снечкуса, и критиковал центральные ведомства СССР. В 1954 году Гедвиласа неоднократно обвиняли в плохой экономической ситуации в Литве, особенно в сельском хозяйстве, и невыполнении приказов партии. Еще в 1950 году он не соглашался по некоторым партийным вопросам со сталинистами во главе с Снечкусом и даже поддерживал Юстаса Палецкиса, который впал в немилость. Осенью 1955 года положение в сельском хозяйстве Литвы стало катастрофическим — в магазинах возникла нехватка продовольствия. Гедвилас пытался обратиться за помощью к члену Президиума ЦК КПСС Лазарю Кагановичу, но это не помогло. Без его ведома Снечкус согласовал в Кремле свое увольнение. Гедвилас был официально отстранен от своих обязанностей 16 января 1956 года, но на 9-м съезде ЛКП 24-27 января он выступил с критической речью о работе ЦК ЛКП под руководством Снечкуса. Снечкус назвал эту критику ложной и опасной. Это должно было стать уроком для других членов партии, занимающих высокие посты, что московских и местных партийных лидеров нельзя критиковать.
«Тогдашний второй секретарь ЦК ЛКП Мотиеюс Шумаускас, идейный коммунист, лояльный Снечкусу, стал новым председателем Совета Министров ЛССР. Он был прямым человеком с образованием всего лишь в начальной школе, но обладал упорством и хорошими организаторскими способностями. После смерти Сталина Шумаускас часто спорил с московскими чиновниками по поводу чрезмерной централизации в управлении экономикой.
Увольнение Гедвиласа было напрямую связано с уменьшением политического влияния Маленкова и возвышением Хрущева. В 1954 году Маленкова обвинили в плохом состоянии сельского хозяйства, а позже в игнорировании тяжелой промышленности. Наконец, в январе 1955 года на пленуме ЦК КПСС он был отстранен от должности председателя Совета Министров СССР.
Закрепление Хрущева у власти продолжалось до 1958 года. За это время его непосредственные коллеги и конкуренты были удалены из высших эшелонов власти. В своей борьбе за власть Хрущев проводил довольно гибкую политику, в основном опираясь не на старую московскую партийную бюрократию, а скорее на разногласия своих политических оппонентов и на партийных лидеров республик и регионов, которые на съездах и пленумах ЦК КПСС в целом поддерживали новый политический курс, децентрализацию правительства и тенденции укрепления экономической независимости республик. Партийная номенклатура уже устала от сталинского террора и репрессий и желала более спокойной жизни. В то время Хрущев пытался гарантировать это.
В феврале 1956 года в Москве состоялся 20-й съезд КПСС. 25 февраля Хрущев выступил с беспрецедентным в советской политической практике докладом перед новоизбранным Центральным комитетом КПСС о санкционированных Сталиным массовых репрессиях и жестоких пытках. Общество Литвы, за исключением высокопоставленных коммунистов, не было проинформировано о речи Хрущева. Однако люди почувствовали грядущие перемены. 6 июня 1956 года в 11-страничном письме в Кремль Снечкус изложил многие политические вопросы, поднятые жителями Литвы. Например, люди спрашивали, считались ли депортации также насилием со стороны Сталина. Снечкус объяснил лидерам СССР, что литовские коммунисты отвечали на подобные вопросы следующим образом: это была необходимая мера в борьбе с «кулаками и их пособниками». По сути, ЛКП лишь формально одобрила новый политический курс КПСС, и 13 июня 1956 года Бюро ЦК ЛКП одобрило резолюцию «О культе личности и его последствиях для Литовской ССР».
