Осенью 1944 года Высший совет по делам военнопленных и интернированных НКВД СССР учредил первый лагерь для военнопленных в Литве — Вильнюсский лагерь № 195 с филиалами в окрестностях города. После войны летом и осенью 1945 года в Каунасе, Клайпеде, Шяуляе и Шилуте были созданы лагеря принудительного труда для заключенных. В конце 1945 года в стране было пять трудовых лагерей, один оздоровительный лагерь № 184 в Шилуте (Мацикай) и две специальные больницы — в Шилуте (Мацикай) № 2652 и в Каунасе № 1245. Общее количество заключенных составляло 31 402. Трудовой лагерь состоял из лагерной канцелярии и лагерных отделений, расположенных недалеко от города или в небольших городках округа. В начале 1946 года насчитывалось в общей сложности 35 лагерных отделений, которые обслуживали большую часть Литвы от Паневежиса, Шяуляя, Клайпеды и Шилуте до Каунасского и Вильнюсского уездов. В северо-восточной и южной частях Литвы, то есть в части Аукштайтии и Дзукии, не было лагерей для военнопленных. В течение очень короткого времени (1945 и 1946) при советском НКВД Литвы существовало несколько отделений в восточной Пруссии. Всего в 1944-1949 годах в лагерях для военнопленных в Литве находилось 92 709 заключенных. Количество заключенных менялось каждый год: некоторые были вывезены в СССР (65,5 тысяч), другие были репатриированы (23 тысячи); около 4 тысяч погибло, а 722 сбежали.
Когда началась массовая репатриация военнопленных в Советском Союзе, последний лагерь в Литве, Вильнюсский лагерь, был закрыт в начале 1949 года.
Дипломатическая служба
Борьба за восстановление независимости
Деятельность дипломатической службы Литвы (LDS) по делу об освобождении Литвы с конца Второй мировой войны до середины 1950-х годов была тесно связана с деятельностью возникшего VLIK на Западе в 1944 году. Это был период политических разногласий между СПД и VLIK, а также поиска точек соприкосновения.
Первоначально в Берлине, позже, после возобновления своей деятельности в 1945 году в Вюрцбурге, VLIK был воссоздан в соответствии со старым партийным принципом. В него вошли представители христианских демократов, Социал-демократов, Крестьянского народного союза, Националистического союза, Федерации труда, Союза католических фермеров, Литовского фронта, националистов, Борцов за свободу, Движения единства и Либеральной партии фермеров. Представитель христианских демократов преподобный Миколас Крупавичюс, стал его председателем. Сам состав VLIK вызвал разногласия по поводу руководящих должностей, перевеса голосов при принятии новых членов, правительства в изгнании, Конституции и других вопросов. Благодаря хорошо известным декларациям и высказываниям, стремительно выходящим на политическую арену эмигрантов, VLIK столкнулся с дипломатами, проводящими умеренную политику. Провозгласив себя главной организацией сопротивления, VLIK добивался политической монополии среди литовской политической диаспоры, тем самым вызвав недовольство дипломатов, особенно Лозорайтиса, и взаимные трения, длившиеся несколько лет.
Возникшие принципиальные взаимные разногласия между LDS и VLIK были обусловлены несколькими факторами. Во-первых, VLIK, рассматривающий себя как орган, функционирующий как Сейм, а Исполнительный совет VLIK как действующее правительство, неоднократно заявлял, что «дипломатические представители Литвы, проживающие в различных странах, должны подчиняться VLIK». По словам дипломатов, подчинение VLIK может иметь негативные последствия для легального дипломатического представительства во все еще действующих миссиях, поскольку ни одна страна не признала VLIK. Второй, Лозорайтис понимал обязанности главы дипломатии не только как руководителя дипломатической службы, но и как руководителя иностранных дел, но это не отвечало интересам VLIK, поскольку он стремился охватить все политические сферы литовской диаспоры. В-третьих, Лозорайтис опирался на «Акты Кибартаи», подписанные президентом Сметоной, не только как на средство информирования международного сообщества о гарантии преемственности литовского правительства, но и как на инструмент защиты от монополизации всей политической власти VLIK.
19-20 сентября 1945 года Лозорайтис официально обратился к президенту США Гарри С. Трумэну, премьер-министру Великобритании Клементу Эттли и премьер-министру правительства Франции Шарлю де Голлю: Лозорайтис представился премьер-министром Литвы, тем самым публично заявив о «Кибартайских актах». К лидерам крупнейших государств мира с просьбой обратились Лозорайтис применить положения Атлантической хартии к Литве, разрешить законным представителям Литвы принимать участие в конференциях Организации Объединенных Наций, на которых будут обсуждаться вопросы, касающиеся Литвы, и помочь найти подходящий способ восстановления независимого Литовского государства. Однако лидеры Франции, Великобритании и США не ответили на письмо Лозорайтиса, и на «Действия Кибартаи» больше не ссылались на международном уровне.
Возникшие принципиальные разногласия между дипломатами и VLIK обсуждались на их многочисленных совместных встречах в Берне, Париже, Риме, Ницце и Ройтлингене до 1953 года. Политические дискуссии, длившиеся много лет, были вызваны опорой Лозорайтиса на «Акты Кибартаи» и мандаты, изложенные в телеграмме Юозаса Урбшиса, а также стремлением VLIK подчинить ему дипломатов и его более поздними претензиями на функции Сейма, а также правительства. Возникла необходимость в проведении совместной встречи дипломатов и VLIK, который помог бы найти точки соприкосновения и рассеять запутанные разногласия. С другой стороны, встреча дипломатов и VLIK была важна для решения одного из важнейших вопросов формирования правительства в изгнании.
21-26 июля 1946 года в Берне состоялась первая конференция дипломатов и VLIK. Одним из наиболее важных вопросов было формирование совместного руководства — прототипа правительства в изгнании. Участники конференции договорились создать политический орган, который будет функционировать как правительство, в соответствии с Конституцией Литвы от 1922 года. Лозорайтис был приглашен присоединиться к организации в качестве ее руководителя по внешней политике. VLIK описал свои собственные функции следующим образом: он выполняет функции парламента, контролирует работу исполнительного органа и определяет его политическую линию. VLIK окончательно учредил этот политический орган 12 ноября 1946 года и назвал его Исполнительным советом. Председателем совета стал Вацловас Сидзикаускас (Лозорайтис не доверял ему).
В период политических потрясений после того, как VLIK создал Исполнительный совет, литовским политическим активистам в изгнании не удалось стабилизировать ситуацию. Это был последний раз, когда дипломаты, которые до этого также хотели создать учреждение, ведущее дело освобождения Литвы, присоединились к организационной структуре, сформированной политической диаспорой. Таким образом, первая конференция LDS-VL1K не смогла сбалансировать стратегию политической деятельности и не устранила возникшие трения между двумя политическими центрами литовской диаспоры в Европе — дипломатической службой, особенно Лозорайтисом, и многопартийной организацией formed — VLIK. Хотя VLIK рассматривал Исполнительный совет как правительство в изгнании и искал различные способы добиться его признания, официально об этом никогда не объявлялось «извне». VLIK знал, что дипломаты, опасаясь, что это негативно скажется на их дипломатическом статусе, будут выступать против официального объявления правительства в изгнании. С другой стороны, комитет, тем не менее, осознал, что нет такого государства, которое, признав правительство, взяло бы на себя политическое бремя и из-за политической акции небольшого стратегического значения рискнуло бы ухудшить свои отношения с Советским Союзом.
Литовские политические активисты в изгнании имели мало информации о продолжающемся вооруженном сопротивлении в Литве, едва «понимали масштаб и природу сопротивления. Как дипломаты, так и VLIK были заинтересованы в установлении каких-либо связей с движением вооруженного сопротивления в Литве. В 1947 году Лозорайтис впервые встретился с представителями литовского сопротивления за границей Йонасом Декснисом и доктором Альгирдасом Вокетайтисом. Во время их тайной встречи Лозорайтис получил секретное письмо от специальных представителей Верховного штаба Вооруженных сил литовских партизан Юргиса Крикщюнаса (псевдоним Витаутас) и Юозаса Лукши (псевдоним Кестутис). Во время встречи Лозорайтис был проинформирован о литовском движении сопротивления и документах VLAK и БДПС. Декснис, Вокетайтис и Витаутас Станявичюс-Станейка были представлены как представители литовского сопротивления за границей. Они изложили точку зрения руководства литовского вооруженного сопротивления на политическую деятельность диаспоры. Было подчеркнуто, что «политическое руководство страны придерживается мнения, что ни одна организация литовской диаспоры и изгнанников или объединение организаций не имеет права претендовать на суверенитет Литвы и национальное представительство или на руководство нацией, не говоря уже о том, чтобы брать на себя такую роль».
