Летом 1948 года в Баден-Бадене состоялась встреча VLIK, его Исполнительного совета и представителей сопротивления страны, на которую по указанию VLIK дипломаты приглашены не были. Во время встречи в Баден-Бадене ее участники подписали соглашение, по которому VLIK и его Исполнительный совет были признаны органом, ведущим борьбу за освобождение Литвы за рубежом, имеющим право создавать правительство в изгнании без одобрения Литвы. Позже руководство сопротивления страны также одобрило Баден-Баденское соглашение. Это соглашение и встреча в Баден-Бадене показали, что руководство литовского движения сопротивления, тем не менее, предпочло отдать приоритет VLIK. Этот выбор был обусловлен тем фактом, что литовские дипломаты, проживающие в странах, которые не признали оккупацию Литвы, имели ограниченные возможности действовать свободно, поэтому характер их деятельности больше соответствовал представительской, символической роли.
Осенью 1948 года в Лугано (Швейцария) председатель Исполнительного совета VLIK Сидзикаускас на встрече с главой дипломатической службы Лозорайтисом и доктором Юргисом Шаулисом представил им проект реорганизации Исполнительного совета в «Совет министров в spe». Согласно проекту, Лозорайтис (или, если он не сможет, — Шаулис) будет представлять дипломатов, а «государственный министр по делам, которого предложит орган, объединяющий сопротивление государства», будет представлять сопротивление государства. После подписания Баден-Баденского соглашения, признавшего VLIK как высшая организация сопротивления за рубежом, комитет немедленно начал поднимать вопрос о создании правительства в изгнании. Однако дипломаты, зная, что литовское правительство в изгнании нигде не будет признано, выступили против этой идеи VLIK.
Летом 1950 года был создан заговорщический иностранный совет литовского сопротивления под названием «Дубиса», одним из инициаторов создания которого был глава дипломатической службы Лозорайтис. «Дубиса» находилась под контролем английской разведывательной службы, которая контролировала и финансировала ее. Эта секретная организация была создана из-за взаимных интересов: целью западных разведывательных служб был сбор различных данных о ситуации по ту сторону «Железного занавеса», развитие информационной сети и отправка своих агентов за ее пределы, в то время как сотрудничающие с ними лица, вероятно, надеялись, что поддержка Запада поможет усилить движение сопротивления в Литве. В качестве прикрытия для конспиративной деятельности «Дубисы» в том же году Lietuvos rezistencinė santarvė, LRS (Литовский союз сопротивления) был создан. Большинство членов LRS также были членами «Dubysa». LRS была политическим и психологическим прикрытием «Дубисы», как бы защитным щитом Лозорайтиса от VLIK. «LRS сохранила свои отношения с Литвой через Дексниса, который вернулся в Литву в 1949 году. Он был немедленно арестован Советами и завербован в качестве двойного агента. В течение нескольких лет МГБ поставляло через Дексниса вводящую в заблуждение информацию LRS, английской разведке и Лозорайтису. Не все члены LDS полностью доверяли информации, предоставленной Deksnys. Дипломатический представитель Литвы во Франции доктор Стасис Антанас Бачкис, вдохновленный большими сомнениями представителя литовского сопротивления Лукши, предупредил LRS, что Декснис попал под контроль МГБ, но, был уверен, что такая информация фальсифицирована. В то время VLIK, имевший связи с американской разведкой, считал, что каналы связи LRS с Литвой контролируются Советами.
Члены СПД, особенно ее руководитель Лозорайтис, который поддерживал связи с английской разведкой, изначально верили в возможную пользу западной помощи вооруженному сопротивлению Литвы. Однако несколько лет поддерживавшиеся связи с английской разведкой не принесли ожидаемых результатов, потому что МГБ посредством дезинформации, поставляемой через Декснис, контролировало отношения LRS, шефа LDS и английской разведки с Литвой. В начале 1950-х годов, после существования СетьМГБ была раскрыта, связи, существовавшие до этого между СПД и британской разведкой, разорвались.
После Второй мировой войны направление деятельности I DS было связано с важной политической директивой литовской диаспоры — создать правительство Литвы в изгнании. Однако, из-за ограниченных возможностей деятельности СПД и стремления VLIK занять монопольное положение в деятельности изгнанников, ни правительство в изгнании, ни какой-либо совместный политический центр в изгнании не были созданы. Надежда на восстановление независимости Литвы в ближайшем будущем исчезла. Лозорайтис утратил веру в немедленную помощь со стороны западных стран и заявил: «Вопрос о создании правительства не является ни срочным, ни реалистичным».
Демографические потери в результате войны и оккупации
Во время Второй мировой войны и в послевоенный период Литва понесла огромные демографические потери, количественный и качественный состав ее населения существенно изменился.
Отсутствие источников значительно затрудняет демографический анализ этого периода, поскольку между 1923 годом (в Клайпедском регионе — в 1925 году и в Вильнюсском регионе — в 1931 году) и 1959 годом переписей населения не проводилось, поэтому приходится полагаться на различные, не особенно точные статистические источники. Согласно информации Центрального статистического комитета Литвы, в начале 1940 года в стране (Большая Литва и восстановленный Вильнюсский регион) насчитывалось 2,9 миллиона постоянных жителей. Добавляем к этому числу более 150 000 жителей Клайпедский регион и 82 000 жителей земель Белорусской ССР, переданных Литве в 1940 году, и за вычетом почти 100 000 жителей Литвы, эмигрировавших в период с 1923 по 1940 год, получаем, что в начале 1941 года на нынешней территории Литвы проживало около 3 миллионов человек, из которых около 750 000 (25%) — в городах.
10 января 1941 года в Москве было подписано соглашение СССР и Германии о переселении граждан Германии и лиц немецкой национальности из Литовской ССР в Германию, а граждан Литвы и лиц литовской, русской и белорусской национальностей — из Германии в Литву. Используя это соглашение, в феврале-марте 1941 года 54 000 человек выехали из Литвы в Германию, хотя число тех, кто считал себя немцами, составляло всего 30 000. Это означает, что среди тех, кто покинул Литву, были литовцы, которые зарегистрировались как немцы или вступили в браки по расчету и таким образом спаслись от советского террора. В свою очередь, 20 900 человек прибыли из Германии, в основном из оккупированного Сувалкского района, в Литву (11 900 литовцев, 8900 русских и 100 белорусов). Около 22 000 жителей Литвы были депортированы в Россию в 1940-1941 годах в качестве депортированных и заключенных. Учитывая естественный прирост населения, который в 1940 году достиг 29 300 человек, общая численность населения Литвы во время первой советской оккупации сократилась на 20 000-30 000 человек.
Литва потеряла очень много людей во время нацистской оккупации. Почти все евреи, в общей сложности 200 000 человек, были уничтожены. Более точных данных о количестве людей, погибших на фронтах, и мирных жителей-неевреев, убитых в Литве, нет, однако можно разумно предположить, что это число могло составлять 50 000-100 000 человек.
В начале 1945 года с приближением Красной Армии около 140 000 человек покинули Клайпедский регион. В конце войны многие литовцы оказались в Западной Германии. Некоторые из них были привлечены к работе и не вернулись домой после войны, другие бежали, отступая с фронта или опасаясь советского террора. После войны около 64 000 литовцев проживали в американской, английской и французской зонах Германии и некоторые в Австрии. Нет данных о людях других национальностей, особенно поляках, которые покинули Литву. Советское правительство Литвы пыталось вернуть беглецов. 9 июня 1947 г. LCPĮB) ЦК принял резолюцию «О пропаганде среди граждан Литовской ССР в несоветских зонах Германии и Австрии, а также в других странах», которая специально уполномочила комитет, сформированный из представителей LCPĮB] ЦК, МГБ и МВД призвать общественных деятелей, известных интеллектуалов и репатриантов написать письма с приглашением литовцев на Западе вернуться на родину. 7 февраля 1948 года газета «Tėvynės Balsas», специально ориентированный на литовцев за рубежом, анонсировал «Обращение литовских интеллектуалов к соотечественникам, рассеянным войной», в котором их снова призвали вернуться в Литву, но обманутых оказалось немного.