Священники, осужденные в 1944-1953 годах
Год 1944 1945 1946 1947 1948 1949 1950 1951 1952 1953 Всего.
Приговоренные священники 5 58 57 41 22 91 60 17 6 7 364.
Большинство репрессированных священников состояли из тех, кто не хотел мириться с ограничениями, налагаемыми режимом на церковную деятельность, или отказывался работать на советские спецслужбы. Изначально, в основном с помощью агентов, был собран «компрометирующий» материал, который позже использовался для шантажа духовенства. В январе 1949 года в отделе «О» МГБ ЛССР, отвечавшем за контроль за деятельностью религиозных организаций, было 145 агентов и осведомителей, которые следили за деятельностью 201 человека. Особенно радикальными были представители местных властей, предлагавшие внести всех священников в списки кулаков и депортировать. Этого сделано не было, но студенты священнических семинарий, семьи которых были депортированы, часто включались в списки депортированных. В 1950-1953 годах были репрессированы профессора Каунасской духовной семинарии, которые учили своих студентов быть верными Церкви и осмеливались критиковать антицерковную политику советского правительства: ректор семинарии Августинас Вайтиекайтис (занимал эти должности с 1947 года), а также профессора Юозас Грубляускас, Антанас Круша, и известный католический философ периода между мировыми войнами и активист католической молодежной организации Атейтининкай прелат Пранас Курайтис. Священнослужители других конфессий также не избежали репрессий. В 1948 году был арестован председатель Высшего совета старообрядцев Иван Романов, а в 1949 году — президент консистории Лютеранской церкви Литвы Эрикас Лейерис.
Количество священников в Литве сократилось не только из-за репрессий, но и из-за препятствий правительства в подготовке новых священников. После принятия весной 1941 года решения о закрытии всех священнических семинарий в Литве, правительство ЛССР, тем не менее, решило в 1945 году разрешить Каунасской священнической семинарии функционировать. Количество семинаристов было сокращено с 350 (в 1946 году) до 150 (в 1949 году). Однако весной 1949 года руководство ЛССР, было решительно настроено закрыть эту семинарию.,, Представитель CARC, по сути, одобрил это, но предложил, чтобы это было сделано не сразу, а в несколько этапов. Изначально было решено вдвое сократить количество семинаристов, то есть оставить только 75 студентов.
С лета 1948 года экономическое давление на Церковь также значительно возросло. Дома священников, дома престарелых и другие жилые здания, которые до тех пор еще не были национализированы, были конфискованы. Более того, священники должны были платить прогрессивные налоги за выполняемые религиозные услуги. Окружные налоговые службы, не доверяя декларациям о доходах, представляемым священниками, обычно в одностороннем порядке взимали неоправданно большие налоги. Тариф на электроэнергию, используемую в молитвенных домах, был установлен в несколько раз выше.
В 1948-1949 годах антицерковная кампания, проводимая советским правительством в Литве, сопровождалась массированной атеистической пропагандой; было заявлено, что с момента введения христианства в Литве деятельность Церкви была враждебна интересам нации. Наиболее ярким примером такой пропаганды стала книга «Реакция каталику двасишки» — amžinas lietuvių tautos priešas («Реакционное католическое духовенство» — вечный враг литовской нации») Юозаса Жюгжды. Многие статьи, появлявшиеся в периодической печати в 1948-1953 годах, также были направлены против Папы Римского и Ватикана. Отстранение от священства учителя семинарии Йонаса Рагаускаса широко использовалось в целях антирелигиозной пропаганды.
Стремясь ослабить Церковь, в 1948-1949 годах советские власти пытались разрушить ее иерархическую структуру. Поощрялось неповиновение простых священников администраторам епархий и предпринималась попытка организовать независимую от Ватикана, так называемую национальную Церковь. Хотя советскому режиму не удалось создать национальную церковь, духовенство Литвы официально не могло иметь никаких контактов с центром Вселенской Церкви. связаться со Святым Престолом без ведома правительства были расценены как «шпионаж в пользу Ватикана», и связные были безжалостно наказаны. Например, попытки преподобного Пранаса Рачюнаса как «агент Ватикана» был приговорен к 25 годам исправительно-трудовых лагерей в Сибири за встречу в Москве весной 1947 года с капелланом посольства США и пастором единственной действующей католической церкви в Москве Джорджем Антонио Лабержем, которому он рассказал о трудностях, с которыми сталкивается Церковь в оккупированной Советским Союзом Литве, и попросил его стать посредником, чтобы получить одобрение Папы на хиротонию новых епископов в Литве.
Советское правительство также побудил отказаться от планов создания национальной церкви в Литве тот факт, что в конце 1949 года духовенство, которое имело тенденцию приспосабливаться к навязанным условиям режима, уже управляло всеми епархиями в Литве. В 1949 году после арестов администраторов епархий Вилкавишкиса и Кайшядориса, капитулы этих епархий были вынуждены избрать каноника Юозапаса Станкявичюса своим главой. В том же году был арестован администратор Тельшяйской епархии каноник Юстинас Юодайтис и был заменен контролируемым каноником Петрасом Мажелисом, в то время как епископ Палтарокас подчинился требованию правительства переехать в Вильнюс и управлять вместе с Паневежисской епархией частью Вильнюсской архиепархии, которая находилась на территории ЛССР.
CARC, который в первую очередь заботился об эффективном контроле за деятельностью религиозных учреждений, а не об их быстром разрушении, поскольку, по его мнению, это вызвало бы ненужное недовольство верующих, но сама вера осталась бы живой, в любом случае не всегда одобрял слишком радикальные действия антицерковной политики, проводимой в Литве в 1948-1949 годах. Более того, в конце 1940-х годов, когда международное положение Советского Союза ухудшилось, было предусмотрено включение в пропагандистскую кампанию за мир, которая должна была замаскировать агрессивную внешнюю политику СССР, священнослужителей всех конфессий, включая католическую церковь. Выступления за мир также должны были деморализовать оставшихся в лесах партизан. По всем указанным причинам антицерковная политика в Литве была смягчена в начале 1950-х годов, положение Церкви стало более стабильным: репрессии против священнослужителей ослабли; закрытие церквей было прекращено; представителю CARC пришлось отказаться от планов по подрыву иерархии.
Военнопленные Германии и его союзники в Литве в 1944-1949 годах
В конце войны между СССР и Германией в Литве были созданы лагеря для военнопленных Германии и ее союзников. Они предназначались для охраны заключенных и использования их для принудительного труда при восстановлении разрушенных городов или других объектов. По мнению Кремля, использование заключенных для принудительного труда в Советском Союзе было равно немецким экономическим репарациям — компенсации за потери, понесенные во время войны. Запад не одобрял эту политическую позицию, но и не пытался выразить более сильное несогласие со Сталиным. Военнопленные, хотя им и не был вынесен приговор, остались обреченными на забвение и долгие годы в плену. С точки зрения международного гуманитарного права руководители репрессивных органов Советского Союза, вообще говоря, придерживались Женевской конвенции 1929 года об обращении с военнопленными. Однако в 1944-1946 годах из-за очень тяжелых экономических и природных условий заключенные испытали много лишений: многие из них заболели, около трех тысяч умерли, большинство из них голодали; администрация лагеря и начальники хозяйственных подразделений использовали плохо оплачиваемую рабочую силу в своих целях. Коррупция, растраты и воровство были безудержными; советские власти постоянно нарушали права и свободы военнопленных.