Литовская католическая церковь имела достаточно сильную институциональную структуру и огромное влияние в обществе: в начале 1945 года насчитывалось 711 действующих церквей и 1232 священника. В 1944-1947 годах режим не слишком старался навязать модель советского религиозного культа, надеясь использовать свой авторитет для подавления сопротивления общества. С лета 1945 года власти оказывали давление на епископов и священников, заставляя их делать публичные заявления против вооруженного подполья и призывать людей подчиняться новому порядку. Однако ординарии (главы епархий), руководствуясь принципом невмешательства Церкви в политику, однозначно отказались поддержать одну из воюющих сторон. Более того, некоторые из них активно протестовали против ограничений свободы вероисповедания и попыток правительства вмешаться во внутреннюю жизнь Церкви. По этим причинам в 1946-1947 годах большинство епископов были безжалостно репрессированы: епископ Тельшяй Винцентас Борисявичюс был приговорен к расстрелу, его помощник епископ Пранчишкус Раманаускас был приговорен к десяти годам заключения в трудовых лагерях; епископ Кайшядориса Теофилиус Матулионис и вильнюсский архиепископ Мечисловас Рейнис получили семь лет заключения в специальной Владимирской тюрьме. После этой волны репрессий против иерархов Церкви среди руководителей епархий доминирующим стало стремление приспособиться к условиям, установленным режимом. Они согласились публично выступить против вооруженного подполья, избегали открыто выступать против ограничений религиозной жизни, введенных советским правительством, надеясь таким образом защитить Церковь от больших бедствий. Необходимость соблюдения такого положения в отношении правительства особенно активно отстаивал каноник Юозапас Станкявичюс который был избран администратором Каунасской архиепархии после смерти прелата Станиславаса Йокубаускиса в феврале 1947 года. Епископ Паневежиса Казимерас Палтарокас, единственный епископ, который не подвергся репрессиям, и каноник Юстинас Юодайтис, который управлял Тельшяйской епархией с начала 1947 года, по сути, поддерживали эту линию поведения.
Реагируя на доктрину сдерживания коммунизма, объявленную 12 марта 1947 года президентом США Гарри Трумэном, и План Маршалла по оказанию экономической помощи Европе, руководство Советского Союза ускорило процесс консолидации автократии в Центральной и Восточной Европе. В то же время было решено решительно завершить советизацию территорий, оккупированных в 1939-1940 годах. Именно весной 1948 года в Литве были предприняты радикальные действия по советизации: началась принудительная коллективизация, первые: произошли послевоенные массовые депортации. С этими событиями явно связано также изменение антицерковной политики советского правительства. 9 июля 1948 года LCPĮB] бюро ЦК принял специальное решение «задачи партийной организации разоблачением враждебной деятельности реакционных католических священников», по которой деятельность Церкви были определены оппозиции к режиму. Соответствующие государственные учреждения были обязаны как можно быстрее создать реестр религиозных общин и священников; прекратить организованную катехизацию детей, антисоветскую деятельность священников, усилить идеологическую обработку. Назначение нового представителя CARC стало признаком стремительного изменения антирелигиозной политики: в 1948 году сотрудника секретной службы и сторонника идеи использования Церкви для подавления вооруженного антисоветского сопротивления Альфонсаса Гайлевичюса сменил идеолог радикальных взглядов и старый коммунист Бронюс Пушинис.
Сразу после принятия решения от 9 июля 1948 года советские власти решительными действиями сломили сопротивление курий и духовенства епархий при регистрации. Согласно планам советского правительства, староста прихода должен был стать исполнительным органом из двадцати выборных членов, которых должны были утвердить исполнительные комитеты районов. Стремясь создать условия для разрушения Церкви изнутри, 14 марта 1947 года МГБ ЛССР разослало районным управлениям директиву, в которой указывалось внедрить агентов в приходские комитеты. Все священнослужители могли работать только после получения свидетельства о регистрации в конкретном приходе от представителя CARC. Таким образом, советское правительство могло эффективно контролировать плотность приходской сети и распределение священников. После того, как 19 июня 1948 года Президиум Верховного Совета ЛССР принял свое постановление «О национализации молитвенных домов, монастырей и жилых домов религиозных общин», больше не было формальных препятствий для закрытия церквей, поскольку служащее им духовенство избегало регистрации приходов. Администраторы епархий, видя твердую позицию правительства, решили не обострять конфликт и призвали священников не бойкотировать регистрацию. Они были заранее подготовлены к наихудшему варианту: пасторам были даны указания отобрать надежных людей в приходские комитеты, заставить их поклясться, что они будут защищать интересы Церкви. Таким образом, приходские комитеты не стали эффективным инструментом контроля за внутренней жизнью прихода.
До 31 декабря 1948 года в Литве было зарегистрировано 677 церквей и 34 церкви были официально закрыты. Большинство церквей, закрытых до 1949 года, располагались в крупных городах и принадлежали монастырям: 21 в Вильнюсе и 10 в Каунасе. После этой кампании по закрытию церквей в Вильнюсе осталось восемь католических церквей, а в Каунасе — 10.
В то же время число священников, живущих в крупных городах, значительно сократилось. В феврале 1949 года представитель CARC после согласования с МГБ направил в исполнительные комитеты Вильнюса и Каунаса утвержденные списки священников (в первом списке были фамилии 21 священника, а во втором — 19 священников), которые до 1 марта должны были потерять регистрацию, чтобы жить в городах. Позже также были проведены «Чистки» в Вильнюсе и Каунасе с целью изгнания наиболее активных священников и тех, кто отказался сотрудничать с правительством. Инструкции представителя CARC запретили священникам некоторых небольших приходов в провинции совершать религиозные обряды, хотя формально эти церкви не были закрыты. Была надежда, что приходские комитеты, не желая платить налоги, попросят расторгнуть договор на пользование церковью. Одно время в 129 таких церквях не было священников. Запрет на религиозные службы в них был отменен только в 1952 году. Молитвенные дома других конфессий также были закрыты. Особенно пострадали лютеране Литвы. Их приходы не были зарегистрированы в крупных городах, а в местах, где приходы были зарегистрированы, у верующих обычно отбирали старые церкви, и поэтому они были вынуждены искать другие здания для установки своих молитвенных домов.
С 1950 года в статистических сводках действующих молитвенных домов и священников, подготовленных Б. Пушинисом, количество зарегистрированных католических церквей стабилизировалось на уровне 670, и это означало, что официально были закрыты только 42 церкви. Однако до этого времени реальная цифра закрытых церквей и часовен была в два раза больше (позже Антанас Снечкус проинформировал ЦК КПСС, что в 1945-1960 годах было закрыто 136 действующих церквей). В 1948 году 42 все еще действующих католических монастыря в Литве также не получили регистрационных документов. Согласно советской пропаганде, религиозные ордена были «паразитическими очагами, распространяющими реакционные мировоззрения», а монахи-священники были еще большими «религиозными фанатиками», чем обычные священники, и поэтому более опасны для режима. Монахам-священникам не разрешалось работать в приходских церквях, преподавать в духовной семинарии, поэтому большинство из них подписали заявления о том, что покидают монастыри. Более того, власти начали требовать с монастырей огромные налоги за жилые помещения, отнимать у них источники существования, в результате чего оставшиеся монахи и монахини (около 1400 человек) были вынуждены распуститься.
Избыток священников, образовавшийся после того, как некоторые из них были изгнаны из крупных городов и фактического закрытия около 100 церквей, был быстро поглощен машиной сталинских репрессий, работавшей на максимальную мощность в 1948-1949 годах. Это подтверждается данными, представленными в таблице. Четко выделялись две волны репрессий против священников: 1) с конца 1944 по начало 1946 года (в том году было осуждено 118 священников); 2) с середины 1948 по 1950 год (в 1948-1950 годах было осуждено 173 священника).
