Преследование евреев в Литве усилилось в период 1949-1950 годов. МГБ в основном преследовало евреев, которые во времена независимой Литвы принимали участие в легальной на тот момент деятельности общественных организаций, учились или выезжали за границу, имели там родственников или друзей, развивали свой бизнес, были бывшими солдатами, сражавшимися за независимость Литвы, и т.д. В июне 1950 года был арестован Леонас Йофе, начальник отдела планирования фабрики «Лайма», потому что в период с 1921 по 1940 год он писал антисоветские статьи, принадлежал к Союзу еврейских солдат и т.д. МГБ ЛССР арестовало и заключило в тюрьму поэтов Хиршу Ошеровичюса и Иехошуа Лакмана, директора Вильнюсского завода железобетонных изделий Самуэля Любецки и даже бывшего советского партизана и главу Союза еврейских солдат независимой Литвы Переса Падисона. В 1951 году, некоторые евреи были уволены из ЛССР Радио информации Комитета, различных медицинских учреждений, в Каунасе, и в 1952 году от различных организаций в Паневежисе и других местах.
Даже Антанас Снечкус, который регулярно общался с евреями, начал искать «зионистов-масонов» или «еврейских националистов». В 1952 и 1953 годах на заседаниях ЦК LCPĮB] он обвинил евреев и литовских националистов в хищении государственной собственности и финансировании антисоветских групп и сказал: «Сионисты всегда были самыми злостными врагами народа, агентами империализма и американскими шпионами».
В послевоенной Литве евреям запрещалось иметь собственные школы или прессу, они подвергались преследованиям из-за своей религии, улицы, названные в честь евреев, были переименованы, а кладбища разрушены. В 1949 году Еврейский музей был закрыт. 26 января 1949 года в своем письме Снечкусу министр МГБ ЛССР Дмитрий Ефимов утверждал, что памятник, построенный в 1948 году в Панериае на месте массового убийства евреев, выполнен в чисто религиозном стиле и «не отражает ничего советского». В 1952 году памятник был снесен, и жертвы Холокоста официально упоминались во всех случаях как погибшие советские граждане. В ответ на антисемитскую политику AUCPJB], МГБ ЛССР стремилось придать этой проблеме в Литве политическую значимость. МГБ ЛССР направило много информации о недовольстве «советского народа» «злонамеренной еврейской деятельностью» Снечкусу и Василию Аронову, второму секретарю ЦК LCPJB]. В основном это были выдержки из писем, изъятых органами государственной безопасности, и антисемитских разговоров людей, записанных агентами.
В начале 1953 года в Москве начался судебный процесс против «злонамеренных действий врачей» (врачи были в основном евреями), который вскоре распространился на Литву. Чтобы придать этому делу дополнительную огласку, руководство МГБ ЛССР вновь направило Снечкусу и Аронову выдержки из секретно просмотренных писем. Выбранные выдержки из писем должны были показать, что литовский народ ненавидит евреев и поддерживает антиеврейскую кампанию Кремля.
27 февраля 1953 года Снечкус получил специальную справку о продуктах питания и лекарствах, которые предположительно были отравлены евреями. В результате врач Леонас Коганас был арестован (в 1940 году он был министром здравоохранения). Его обвинили в поддержании контактов с известными профессорами медицины Плетневым и Шерешевским, арестованными в Москве за «пагубное обращение» с партийными и советскими работниками. В феврале 1953 года Викторас Мицеломашерис, заместитель министра Министерства здравоохранения, был уволен из-за своих связей с Западом и антисоветских выступлений. Аналогичные обвинения были выдвинуты против других врачей-евреев, таких как Абраомас Аршас, Георгиюс Ивантерас и Казимирас Люксембургас; против литовцев, таких как Пранас Лазутка, заместитель министра здравоохранения Литовской ССР, Витаутас Гирдзияускас, бывший народный комиссар ЛССР (1940-1945) и другие. Константинас Лопата, врач караимской национальности, подозревался в детоубийстве, «потому что с 1949 по 1952 год уровень детской смертности был очень высоким». Тайное МГБ подозревало, что в 1947 году врачи способствовали ранней смерти писателя Петраса Цвирки (сотрудники службы безопасности связали смерть Цвиркаса с ранней смертью Андрея Жданова в 1948 году); врачей также обвиняли в высокой детской смертности в Каунасской республиканской больнице.
Памятник в Панериае в память о жертвах массового убийства евреев. 1949 г.
Дело врачей имело серьезные моральные и психологические последствия для литовских евреев. Однако антисемитизм в советской Литве был не таким сильным, как в Москве и Ленинграде. После смерти Сталина евреи больше не подвергались преследованиям, хотя позже, из-за увеличения еврейской эмиграции, евреи были лишены возможности карьерного роста и занятия определенных должностей, их культурная деятельность была ограничена и т.д.
Положение религиозных общин
Во время войны с Германией приоритеты политики советского режима в отношении религиозных организаций изменились. Когда стало ясно, что, несмотря на радикальные ограничения религиозной деятельности, религиозные организации сохранили свой огромный социальный статус, планы открытого преследования религии и ликвидации религии за короткий период времени были оставлены. Основное внимание было сосредоточено на обеспечении контроля за деятельностью религиозных учреждений, недопущении выхода за границы богослужебных практик, и их поддержке внутренней и внешней политики, проводимой правительством. С этой целью в 1943-1944 годах при Совете народных комиссаров СССР были созданы новые институты контроля за религиозной жизнью: Совет по делам Русской православной церкви (CAROC) и Совет по делам религиозных культов (CARC). После того, как советская армия повторно оккупировала Литву, в Литве были назначены представители CAROC и CARC, которые должны были координировать на месте политику советского правительства в отношении религиозных организаций. Появление этих учреждений показало не только прагматическую цель режима, контролирующего религиозные учреждения, использовать их как средство укрепления режима, но и продемонстрировало исключительное положение Православной Церкви среди других религиозных конфессий.
Предполагалось использовать абсолютно лояльную режиму Русскую Православную Церковь, как один из рычагов для укрепления советского режима на вновь оккупированных территориях и государствах-сателлитах Центральной и Восточной Европы, поскольку католическая церковь, к которой советское правительство испытывало особую враждебность по ряду причин, имела наибольшее влияние в регионе. Прежде всего, духовный и административный центр Католической церкви находился за пределами сферы влияния Кремля, и поэтому было гораздо сложнее заставить его полностью подчиниться контролю правительства. Во-вторых, католическая вера была известна своим гораздо большим обращением в свою веру (горячей преданностью католицизму), чем другие религии. В-третьих, католическая церковь открыто выступала против коммунистической идеологии и ее практики. В тех странах, которые пострадали от агрессии советских режимов в 1939-1941 годах, в годы немецкой оккупации иерархи и рядовые священники Церкви в публичных заявлениях неоднократно призывали сделать все, чтобы советский режим не вернулся. Ватикан, особенно ближе к концу войны, неоднократно выражал свою озабоченность по поводу угрозы коммунизма христианской цивилизации. Надеясь, что при содействии правительства Русская Православная Церковь сможет успешно конкурировать с католицизмом, в 1944 году на вновь оккупированной территории для его деятельности были созданы гораздо более благоприятные условия, чем для других конфессий. В 1949 году в Литве были закрыты все католические монастыри, но в Вильнюсе продолжали функционировать монастырь Русской православной церкви. Хотя православных верующих было в несколько раз меньше, чем католиков, с 1949 года в Вильнюсе действовало одинаковое количество католических и православных церквей.
