Согласно нацистским планам, литовское самоуправление должно было помогать захватчикам управлять страной и эксплуатировать ее. Однако действия литовского самоуправления не всегда соответствовали возложенным на него функциям совместной администрации. В тех случаях, когда нацистская политика явно наносила ущерб интересам Литвы (например создание литовского легиона СС, поставка сельскохозяйственной продукции, отправка литовцев в Германию на принудительные работы, а также ограничения и германизация учебных заведений), литовским чиновникам местных органов власти удалось провести массовый саботаж и довольно успешно сорвать кампании, организованные нацистами. Дело о Холокосте, однако, было исключением. Здесь нацистам удалось вовлечь аппарат местного самоуправления Литвы (в частности, полицию и батальоны самообороны) в преследование и убийство евреев. Можно сказать, что самым очевидным фактом сотрудничества местных властей Литвы с нацистскими захватчиками было их участие в геноциде литовских евреев.
Колонизация и германизация Литвы
Колонизация литовских деревень и поселков
Нацистская Германия не довольствовалась планами завоевания стран Восточной Европы, но также готовила планы по овладению завоеванными государствами — их колонизации и германизации. Генриху Гиммлеру было поручено «создать новые районы для немецкой колонизации» и присоединить их к рейху. В 1941 году он хотел присоединить западную часть Литвы к Восточной Пруссии, но, желая избежать враждебности литовского народа на столь ранней стадии и из-за упреков Розенберга (вмешательство в сферу компетенции его министерства), отказался от этого намерения. Было решено согласиться на частичную колонизацию Литвы на ее существующей территории.
Хотя Гиммлер был против репатриации этнических немцев (Rücksiedlung) в места их прежнего поселения, для литовских немцев было сделано исключение. Около 50 000 литовских немцев уехали в Германию во время так называемой репатриации (3 февраля-23 марта 1941 года). Репатриированные из Литвы поселились в лагерях в районах Мекленбурга (4032 человека), Померании (3415), Данцига-Западной Пруссии (4501), Верхней Силезии (488) и Варты (23 264). В октябре 1941 года должностные лица Главного управления СС по расе и расселению (Rasse-und Siedlungshauptamt) осмотрели литовских немцев в лагерях с антропологической, лингвистической и политической точек зрения. Из 50 000 литовских немцев только 28 000 были признаны подходящими для колонизации.
7 октября 1941 года генеральный комиссар по делам Литвы фон Рентайн и Гиммлер обсудили вопрос колонизации. Фон Рентайн запросил разрешения возглавить колонизацию Литвы, и не только ее западной части, но и распространить колонизацию на всю Литву. Письмо имперского министерства по делам оккупированных восточных стран от января 1942 года, адресованное Рейхскомиссар Остланда Лозе заявил, что по соглашению с рейхскомиссаром по укреплению немецкой государственности Гиммлером было решено без промедления вернуть литовских немцев, пригодных для колонизации, на их родину. Их передача не должна была привести к выселению литовцев. Штаб колонизации СС в Каунасе, возглавляемый штурмбаннфюрером СС Дакартом и его заместителем оберштурмбаннфюрером СС Хинрихом Абелем, был обвинен в организации колонизации.
Штаб начал действовать в начале марта 1942 года. 19 ноября 1942 года начальник главного управления штаба СС У. Грайфельт подготовил руководящие принципы частичной колонизации Литвы. Он предложил Гиммлеру создать единый район поселений, состоящий из Каунасского, Вилкавишкисского, Мариямпольского, Сакяйского, Расейняйского, Таураге, и частей Лаздияйского и Алитусского районов. Таким образом, немцы были бы расселены в районах, расположенных недалеко от Германии, и имели бы прямую связь с рейхом. Гиммлер поддержал предложение Грайфельта. Von Rentein insisted that the Kėdainiai, Šiauliai, Panevėžys районыи Биржай будут включены в схему, и, следовательно, схема немецкой колонизации станет мостом между Рейхом и «старыми землями Ордена» — Латвией и Эстонией. Предложения фон Рентэльна были учтены в инструкции по колонизации, подготовленной совместно ведомствами Розенберга и Гиммлера в марте 1942 года. Согласно им, сначала должны были быть заселены части Алитусского района, Мариямполе, Каунаса, районов Шакяй, Расейняй и Таураге. Кроме того, меньше немецких поселенцев планировалось поселить в Кедайняйском, Шяуляйском, Паневежисском и Биржайском районах. Районы, предназначенные для колонизации, имели плодородную почву, и через них проходили важные железные и шоссейные дороги, соединяющие Восточную Пруссию с Ригой. Планировалось переселить около 30 000 немцев, проживающих в лагерях. Штаб-квартира СС по колонизации в Каунасе начала регистрировать фермы, выделенные поселенцам.
Оккупационные власти решили, что немцы вернут себе литовские земли, которые они потеряли во время земельной реформы 1922 года; более того, будут восстановлены крупные немецкие поместья. Эта земля должна была быть возвращена чиновникам, занимающим важные государственные и военные должности, и многодетным семьям. Максимальный размер земельного владения, определенный Гиммлером, составлял 750 га. Эти большие посылки были доступны только для особо достойных нацистских деятелей. Согласно нацистской идеологии, помещики (юнкеры) и фермеры считались в расовом отношении наиболее ценной частью немецкой нации, которая могла бы связать «хорошую кровь с хорошей почвой». В результате СС уделили особое внимание сельскохозяйственной колонизации.
Компактные поселения немцев планировались в юго-западных районах Литвы и в районе, который должен был стать колонизационным мостом между Восточной Пруссией и Латвией. Поскольку не хватало государственных и общественных земельных участков без владельцев, местных жителей пришлось выселять не только с бывших немецких ферм, но и с земель, находящихся в законной собственности. Чтобы избежать ненависти и враждебности литовского населения, захватчики решили привлечь литовские местные правительственные учреждения к осуществлению колонизации. В конце 1941 года оккупационные власти приказали литовским властям зарегистрировать все польские и русские фермы. 9 июня 1942 года генеральный советник по внутренним делам Наракас приказал руководителям районов подготовить места для возвращающихся немцев и зарегистрировать всех лиц, прибывших из Германии (людей из Клайпеды а также литовцы и русские из Сувалок, в общей сложности около 21 000 человек), которым пришлось бы сменить место жительства. Была подготовлена инструкция по «Осуществлению переселения граждан Литвы», в которой оговаривалось, что в связи с репатриацией немцев в Литву фермеры, среди которых много литовцев, должны быть выселены с ферм, которые будут переданы репатриируемым из Германии. Литовцы, управлявшие немецкими фермами, должны были вернуться на свои собственные фермы при условии, что они не были реквизированы для военных или других государственных нужд. Если выселенные литовцы не могли вернуться на свои фермы, им должны были быть выделены фермы в другом месте. Литовским рабочим, работавшим на фермах репатриированных из Германии, также пришлось покинуть фермы, получить оплату за выполненную ими работу и жилье в соседнем регионе. Согласно упомянутой инструкции, литовцы из региона Сувайки и Клайпеды имели право на ферму эквивалентного размера и инвентарь в генеральном округе Литвы. Литовцы, выселенные с ферм репатриантов из Германии, могли взять с собой 15 кг продуктов питания на каждого члена семьи, корову, свинью, пять цыплят на семью и все свои предметы домашнего обихода. Все остальное имущество должно было оставаться на фермах, передаваемых репатриирующимся. Генеральный советник по внутренним делам Наракас руководил переселением граждан через специально созданную Центральную комиссию по расселению граждан Территории (под председательством Юргис Бобелис) и окружные комиссии по гражданскому урегулированию. Фермы, выделенные литовцам на новых местах, должны были иметь не меньшую ценность, чем те, которыми они владели ранее, и не менее 10 га.
