Генеральный комиссар Литвы Теодор Адриан фон Рентайн, рейхсминистр по делам оккупированных восточных территорий Альфред Розенберг и представитель литовского самоуправления — первый генерал и главный советник по внутренним делам Петрас Кубилюнас. Каунас, 1942.
Награда убитым немецким солдатам. Впереди стоят генеральный комиссар Литвы Теодор Адриан фон Рентайн и начальник защитных полей Литвы генерал-майор Эмиль Юст. Каунас, 9 ноября 1941 года.
Окружной комиссар Каунаса Арнольд Ленцен. Окружной комиссар города Вильнюс Ханс Хингст. Окружной комиссар Вильнюса Хорст Вульф. РейхскомиссарОстланда Хинрих Лозе.
В начале войны руководство рейха еще не приняло четкого решения о будущем местных органов власти в странах Балтии. Это подтверждается доводами, высказанными Петером Кляйстом, главой отдела Остланд Министерства рейха по делам оккупированных восточных стран, 24 октября 1941 года. Он написал, что в настоящее время (т. е. в октябре 1941 г.) существует два варианта решения Рейхскомиссариат Остланд: 1) создание немецких надзорных органов над независимыми органами местного самоуправления, 2) введение немецкой власти после упразднения местной администрации. Клейст был сторонником первого метода, потому что отмена местной администрации не принесла бы пользы немцам: прибалтийские народы перестали бы добровольно сотрудничать с немцами, и позже их было бы труднее германизировать. Для создания немецкой администрации на всех уровнях потребовалось бы очень много чиновников и около 120 000 полицейских. Немцам было бы невыгодно брать на себя полную ответственность за управление оккупированными странами Балтии. Часть ответственности за проведение неадекватной политики ляжет на местную администрацию, и, следовательно, немцам будет легче поддерживать престиж своего правительства. Кляйст подчеркнул, что все ограничения военного времени и непопулярные решения должны приниматься через местную администрацию, чтобы ненависть местного населения была направлена против местного правительства, а не против правительства Германии. Он пришел к выводу, что местная администрация будет способствовать реализации политических целей Германии на территориях Прибалтики.
Руководство рейха терпимо относилось к местному самоуправлению в странах Балтии, хотя долгое время его присутствие не было официально узаконено. Принципом управления министерством Розенберга было «безоговорочное руководство Германии и местное самоуправление». Розенберг учредил местное самоуправление в странах Балтии 7 марта 1942 года указами Литве, Латвии и Эстонии (местное самоуправление не было узаконено в Беларуси). Суть указов заключалась в следующем: немецкая администрация будет осуществлять надзор и контроль, в то время как практическое управление в соответствии с немецкими инструкциями будет осуществляться местной администрацией. Причинами введения самоуправления были заявлены дружба стран Балтии и их сотрудничество с немцами, а также убежденность в том, что независимая работа местной администрации будет работать лучше всего и принесет больше пользы немцам. Упомянутые указы определили сферы компетенции немецких и местных администраций. Приказом от 1 января 1942 года генеральный комиссар поручил отдельным подразделениям Генерального комиссариата отдавать приказы и контролировать работу местных органов власти. Права генеральных советников были очень ограничены. Они подчинялись соответствующим департаментам Генерального комиссариата, и начальник надзорного отдела Генерального комиссариата мог изменить любое распоряжение генерального советника.
Генеральные советники были вынуждены постоянно лавировать между требованиями Германии, предъявляемыми к литовцам, и литовским общественным мнением. Генеральный комиссар стремился работать с каждым советником индивидуально, чтобы они не образовывали единую команду и не имели общей позиции. Немцы не разрешали советникам формировать коллегию, поскольку она могла выполнять функции, аналогичные функциям Кабинета министров. С другой стороны, советники провели совместные совещания и уполномочили первого генерального советника представить свое совместное мнение генеральному комиссару. Советники подготовили коллективные меморандумы по важным вопросам. Первое заседание совета генеральных советников состоялось 22 августа 1941 года. General advisors Kazys Germanas, Pranas Germantas-Meškauskas, Petras Kubiliūnas, Mečislovas Mackevičius, Jonas Matulionis, Jonas Paukštys and Balys Vitkus attended it. Генеральный советник по сельскому хозяйству Виткус выступал на собрании с особой прямотой. Он раскритиковал постановление генерального комиссара о земельной реформе. Виткус сказал, что это постановление было принято без его ведома, и он расценил это как недостаток доверия к генеральным советникам. В постановлении ничего не говорилось о праве собственности. По его мнению, постановление генерального комиссара было даже хуже большевистского закона о земельной реформе. Виткус усомнился в том, что право собственности когда-либо будет восстановлено, и утверждал, что это может привести к большому недовольству среди сельского населения.
Из-за постоянных трений по вопросам экономической политики с Генеральным комиссариатом подали в отставку генеральные советники Владас Юргутис, Юозас Петронис и Балис Виткус. В 1943 году четверо генеральных советников (Пранас Германтас, Мечисловас Мацкявичюс, Юозас Наракас и Стасис Пуоджюс) были арестованы за игнорирование приказов оккупационного правительства и проявление неповиновения другими способами и депортированы в концентрационный лагерь Штуттгоф.
Мэры городов (районных центров), главы районов, наместники волостей (валчяус виршайтис), вспомогательная полиция и суды составляли нижний уровень местного самоуправления. Эти учреждения подчинялись как генеральным советникам, так и немецким комиссарам соответствующего округа, а также департаментам Генерального комиссариата. Главы районов играли наиболее важную роль на нижнем уровне самоуправления. «Они считались представителями немецких окружных комиссаров. Губернаторы волостей, мэры (за исключением мэров Вильнюса и Каунаса, которые напрямую подчинялись генеральному советнику по внутренним делам) и начальники полицейских подразделений находились под контролем районных глав. Губернаторы округов должны были обеспечивать порядок и спокойствие во всех вверенных им областях, организовывать распределение сельскохозяйственных повинностей и сбор сельскохозяйственной продукции, осуществлять набор рабочих, мобилизацию молодежи, регистрировать промышленное производство и т.д. Согласно приказу фон Рентайна от 5 августа 1941 года, наиболее важные вопросы, которыми занимались губернаторы округов, должны были передаваться через советников окружных комиссаров на немецком языке, а затем через генеральных советников генерального комиссара, также на немецком языке. Должностные лица литовского самоуправления могли связываться с высшими должностными лицами правительства Германии только через немецких чиновников более низкого уровня (например, глава района мог обратиться к генеральному комиссару только через окружного комиссара).
Полностью взяв под контроль литовские институты самоуправления, немцы по-прежнему не доверяли литовским чиновникам и искали способы либо уволить чиновников местной администрации, либо сократить их число. 28 марта 1942 года рейхскомиссар Лозе направил верховному командованию и полиции, а также руководителю немецкой полиции безопасности и СД директивы относительно увольнения должностных лиц местных органов власти. Их увольнение было мотивировано необходимостью экономии средств и устранения ненадежных элементов из местных государственных учреждений. Система самоуправления Литвы была очень широкой. На 1 апреля 1943 года только в Департаменте внутренних дел насчитывалось с десяток учреждений. В государственном аппарате Литвы работало около 300 губернаторов районов и сельских округов, около 900 сотрудников литовской службы безопасности и уголовной полиции, около 8000 литовцев служили в полицейских батальонах и около 6000 — в полиции общественного порядка.