В Литве нацистское военное правительство не предпринимало никаких решительных действий против Временного правительства. Гражданское управление Литвой литовскими учреждениями не беспокоило военных, но было даже полезно, потому что армия не была склонна брать в свои руки эти функции, изначально ей чуждые. Однако военные власти контролировали деятельность Временного правительства, провозгласили верховенство немецких законов, и для переходного периода этого было достаточно. С другой стороны, законы и решения, принятые правительством, практически не применялись на практике. Законы о разгосударствлении были, по сути, декларативными. Тем не менее, принятие законов, дискриминирующих евреев, создание концентрационных лагерей для евреев, безразличие к уничтожению евреев (не было принято публичных заявлений, осуждающих такое отношение, бесконтрольное вовлечение подчиненных воинских частей в действия, проводимые немецкой полицией безопасности) поддерживали антисемитские настроения в литовском обществе того времени. Временное правительство не контролировало ситуацию в Вильнюсе. К его решениям прислушивались в Каунасе и сельской местности, если они не противоречили интересам немецких военных (позже гражданских) властей. Большинство решений и законов, принятых Временным правительством, остались только на бумаге. Восстановленная литовская администрация, Временное правительство очень быстро утратило реальные возможности контролировать ситуацию в Литве. Независимость была провозглашена, но не была реализована в реальности.
Судьба Временного правительства, Комитета была определена во второй половине июля 1941 года, когда в Литве была введена гражданская администрация немцев. Назначенный Генеральным комиссаром Литвы Адриан Теодор фон Рентайн объявил, что деятельность Временного правительства прекращена и введен институт генеральных советников. Lieut.-Gen. Первым генеральным юрисконсультом был назначен Петрас Кубилюнас.
У правительства не было другого выбора, кроме как прекратить свою деятельность 5 августа. Однако возможность продемонстрировать решимость и противодействие предлагаемой реорганизации правительства была использована. 9 августа Амбразявичюс написал письмо фон Рентайну, в котором подчеркнул необходимость независимости Литвы, хотя и не без уступок немцам. Большинство министров, которые не согласились оставаться генеральными советниками, подали в отставку; министерства были упразднены. 13 августа фон Рентайн подписал приказ о роспуске Временного правительства. Комитет граждан города Вильнюса и области просуществовал дольше, прежде всего потому, что не проявлял никаких стремлений к политической власти: приказом генерального комиссара фон Рентайна его деятельность была прекращена 15 сентября того же года.
В то время, когда Временное правительство было освобождено, группы повстанцев и активистов были разоружены и реорганизованы, а нацисты взяли на себя их руководство, организация LAF почувствовала необходимость выступить и выступила против гражданского правительства Германии: она критиковала прекращение деятельности Временного правительства, ограничения на работу высших школ, выразила свое недовольство тем, что не разрешалось исполнять государственный гимн Литвы, что национальный флаг был приспущен на холме Гедиминаса в Вильнюсе и так далее. Долго ждать реакции на эти жалобы не пришлось: приказом Генерального комиссара 26 сентября LAF был закрыт, а его имущество конфисковано. Только одной литовской организации, пронацистской Литовской националистической партии (LNP), все еще было разрешено функционировать. Однако даже она была активна короткое время. В декабре 1941 года Генеральный комиссар Литвы издал приказ о роспуске всех партий. После запрета LNP деятельность легальных организаций в Литве прекратилась.
Нацистский оккупационный режим
Планы Третьего рейха в отношении Литвы
Нацистская Германия не создала прочной и подробной концепции управления оккупированными странами Восточной Европы, но речи лидеров Третьего рейха и нацистская политика на оккупированных землях, по сути, позволяют реконструировать планы нацистов и судьбу восточноевропейских народов после победы Германии в войне. Исследователи нацистской оккупационной политики отмечают, что нацистская экспансия развивалась не столько в соответствии с единым планом ведения войны, сколько в соответствии с соответствующими условиями и требованиями ситуации. По мнению Гитлера, важнее было выиграть войну против Советского Союза и Великобритании, и только потом принимать решение о судьбе завоеванных земель и народов. Нацистской прессе было даже запрещено обсуждать вопросы послевоенного политического устройства и управления Европой, потому что это могло ухудшить ситуацию на оккупированных нацистами территориях и усложнить управление и эксплуатацию оккупированных земель.
В глобальных планах Третьего рейха Литва не играла самостоятельной роли. В целом, для Гитлера Литва была слишком скудным объектом для дискуссий, и он не говорил более широко о судьбе Литвы или литовской нации. Он не видел и не хотел видеть никаких этнических, культурных или экономических различий и разнородности в Советском Союзе. Создание оккупационных административных единиц по национальному признаку для Гитлера означало не признание самобытности оккупированных земель, а скорее средство для облегчения управления этими странами. Национальные и этнические различия должны были помочь в достижении самой важной цели — превосходства Германии. По мнению Гитлера, германизация завоеванных народов была неправильной политикой, потому что это привело бы к смешению рас и вырождению. Требовалась германизация земли, а не народа, то есть заселение новых территорий людьми немецкой крови и устранение «инородных элементов из уважения к расе».
Военная комендатура в Вильнюсе, ул. Гедиминаса, 1944 год.
В 1940 году Высшее управление безопасности рейха (Reichssicherheitshauptamt, RSSH) приступило к разработке генерального плана для Востока (Ost) — программы господства Германии в Восточной Европе. Согласно авторам (должностным лицам RSSH) первого плана «Ост», за 30-летний период 80-85% поляков из Польши и европейской части Советского Союза, 65% жителей Западной Украины, 75% жителей Беларуси и большинство населения стран Балтии должны были быть переселены. В общей сложности планировалось депортировать в Западную Сибирь 31 миллион человек, оставив население в 14-15 миллионов. Планировалось германизировать часть оставшегося населения, остальные должны были стать дешевой рабочей силой. Миллионы немцев должны были быть поселены на месте депортированного местного населения. Первый план «Ост» предусматривал колонизацию стран Балтии, Крыма, Западной Украины, части Польши, Приднестровья, а также Ленинградской, Псковской и Новгородской областей.
8 мая 1941 года Альфред Розенберг, представитель централизованного руководящего совета по космическим вопросам Восточной Европы, подготовил специальные инструкции для рейхскомиссара по Остланду. Они сказали, что в течение 700 лет районы между Нарвой и Тильзитом поддерживали тесные отношения с немецкой нацией, и, несмотря на всевозможные угрозы со стороны русских, эти районы сформировали немецкое жизненное пространство (Lebensraum). Задачей рейхскомиссара по Остланду, следовательно, было стремиться превратить эту территорию в часть Великого Германского рейха (Großdeutsches Reich). «Балтийское море должно стать внутренним озером Германии, находящимся под защитой Великой Германии». Розенберг считал эстонский народ, сильно онемеченный датской, немецкой и шведской кровью, родственником немцев и ценной нацией в расовом отношении. Латышский и литовский народы были менее пригодны для ассимиляции, поэтому планировалось переселить больше неподходящих людей из Латвии и Литвы. Как и поляки из региона Варта, они должны были быть депортированы в Смоленскую область и образовать защитный слой от русских.
