Восстание было направлено против отступающей Красной Армии и в то же время также против интересов немцев, потому что было объявлено о восстановлении независимости и создано Временное правительство. До установления новой оккупации была предпринята попытка взять управление Литвой в свои руки, создать органы местного самоуправления. Но время восстания совпало с началом убийств некоторых граждан Литвы и тотального уничтожения евреев, проводимого нацистскими спецгруппами и местными жителями, которые им помогали.
Создание и деятельность Временного правительства и местной администрации
Штаб LAF в Берлине подготовил проекты формирования временного правительства, литовское подполье было проинформировано об этом. Однако начавшаяся война внесла коррективы в ситуацию. В первый день войны между Германией и СССР созданное в Берлине правительство во главе с Казисом Шкирпой, созданное в Берлине, не могло функционировать: утром 23 июня 1941 года было объявлено о создании правительства повстанцев. Только четыре министра — Юозас Амбразявичюс, Адольфас Дарнусис, Витаутас Ландсбергис-Жемкальнис, и Пранас Вайнаускас — собрались на первое заседание 24 июня. Однако встреча состоялась. Обязанности председателя легли на Амбразявичюса. Он оставался фактическим главой правительства до конца его существования, потому что немцы не позволили Шкирпе покинуть Берлин.
Формирование правительства заняло немного времени. Вместо депортированных или труднодоступных лиц было решено привлечь «лиц, с которыми можно связаться по телефону или которых вызвали другими способами»: Мечисловаса Мацкявичюса, Йонаса Шлепетиса, Антанаса Новицкиса, и других. Правительство формировалось в спешке, стремясь представить немцам факт восстановления суверенной власти Литвы до появления их армии.
Временное правительство было коалиционным, поскольку в его состав входили люди различных идеологических и политических взглядов. Тем не менее, христианские демократы и члены «Атейтис» (католическая молодежная ассоциация) составляли большинство. Временное правительство объявило о своем существовании общественности в самом первом номере газеты «J laisvę» («Навстречу свободе») (такое название было выбрано символически, понимая, что настоящая свобода еще впереди) 24 июня.
Встреча председателя Временного правительства Литвы проф. Juozas Ambrazevičius-Brazaitis. On the left: Jonas Matulionis, Juozas Senkus, Balys Vitkus, Pranas Vainauskas, Vytautas Landsbergis-Žemkalnis, Ksaveras Vencius, Vladas Grudzinskas; on the right: Jonas Šlepetys, Stasys Raštikis, Adolfas Damušis, Juozas Pajaujis, Antanas Novickis, Leonas Prapuolenis, Mečislovas Mackevičius.
В первых решениях временного кабинета министров Литвы было возобновлено действие закона о местных муниципалитетах, установлено рабочее время в офисах и компаниях, реорганизована структура административного управления, возвращены министерства, упраздненные советскими властями. Было обращение к немецкому военному руководству с просьбой «восстановить функционирование используемой в Литве валюты — литов». Временное правительство также хотело как можно быстрее решить вопрос о собственности на землю, восстановив права собственности на землю тем, кто владел ею до 15 июня 1940 года. Был установлен максимальный размер земли на семью — 60 гектаров. Другие законы также были подготовлены быстро — законы о разгосударствлении, решения о восстановлении акционерных обществ, существовавших в годы существования Литовской Республики, и т.д. За шестинедельный период своего существования Временное правительство приняло 100 различных законов, постановлений и декретов. Он активно участвовал в восстановлении административной структуры Литвы (районы, сельские округа и городские самоуправления), которая существовала до 15 июня 1940 года, организовал полицию. Однако нацистская военная администрация, а позже и гражданская администрация, очень сильно препятствовали этой деятельности.

Проф. Юозас Амбразявичюс-Бразайтис, министр образования во Временном правительстве Литвы, исполнявший обязанности премьер-министра.
Временное правительство, восстанавливая прежнюю ситуацию до оккупации, пыталось маневрировать: восстановить историческую справедливость путем возвращения частной собственности, а также проводить эффективную и социально ориентированную политику. Однако также легко было заметить еще два сопутствующих принципа — декларируемый антисемитизм и антисоветизм: все законы о лишении гражданства не распространялись на евреев, неграждан Литвы и лиц, которые «принимали активное участие в действиях, направленных против интересов литовской нации».
Вильнюс оказался в зоне операции под контролем другой немецкой армии и в период существования нацистской военной администрации в Литве юрисдикция Временного правительства на него не распространялась. Здесь был создан Комитет граждан города Вильнюса и области (позже — Комитет). Доцент Вильнюсского университета Стасис Жакявичюс был избран его председателем. Комитет назначил временных администраторов и начал выпуск газеты «Naujoji Lietuva» («Новая Литва»). Одной из первых задач Комитета было предотвратить «разграбление государственной собственности и другие беспорядки». 24 июня Жакявичюс и военный комендант города Вильнюса Карл фон Остман подписали указ о введении военного положения с 25 июня. В то же время было сделано заявление о сотрудничестве между военным руководством Германии и Комитетом в издании приказов и декретов. Администратору внутренних дел Костасу Календре было поручено организовать местные органы власти и полицию в Вильнюсском регионе — районах Вильнюс, Швенчионис и Тракай.
Немецкие военные власти тесно сотрудничали с Комитетом. Хотя функции последнего были очень ограниченными, ему было разрешено заниматься некоторыми социальными и экономическими вопросами. Уже в первую неделю войны коллеги по Комитету были вынуждены подписать обязательство «помогать немецкой нации в ее борьбе со смертельным врагом Европы — большевизмом», пока длилась война, не поднимать никаких политических вопросов и не принимать и не выполнять никаких инструкций, не согласованных с «соответствующими учреждениями немецкой армии». Работа Комитета осложнялась тем фактом, что его контакты с Временным правительством были очень слабыми. Дж. Амбразявичюс также подчеркивается следующее: «Находясь в зоне действий другой армии и получая четкие инструкции от коменданта Вильнюса не выполнять приказы Временного правительства Литвы, проживающий в Каунасе, Вильнюсский временный комитет не смог установить прочных связей с правительством».
Во время восстания в районах постепенно восстанавливались институты местной администрации. Всем бывшим чиновникам времен Литовской Республики пришлось вернуться на свои прежние рабочие места. Бывшие чиновники и повстанцы, не дожидаясь указаний из некоторых вышестоящих инстанций, учредили различные комитеты, сформировали органы местной администрации и создали полицию. Например, в Лаздиджае 23 июня собрание «местной интеллигенции города» избрало Временный комитет. 28 июня активисты в Йонишкисе учредили Комитет по поддержанию обороны и порядка в городе. Эти активисты создали органы местного самоуправления города и сельского округа, а также городскую полицию, участвовали в боях против Красной Армии и собирали военное имущество и многое другое. Позже, после получения информации от каунасского LAF, они создали различные комиссии: по персоналу, управлению делами евреев, допросам, экономической пропаганде, порядку и безопасности. Аналогичные события произошли в других местах Литвы. Спонтанно восстановленные институты де-факто, во многих случаях без внесения каких-либо изменений, позже стали институтами де-юре.
Существование Временного правительства было событием, беспрецедентным во всем бывшем Советском Союзе. В этом контексте можно упомянуть только акт восстановления украинского государства, провозглашенный 30 июня 1941 года Степаном Бандерой от имени Организации украинских националистов (Organizacya ukrainskich nacionalistov, ОУН) и правительство под руководством Ярослава Стецько, созданное в украинском городе Львове 30 июня 1941 года. Однако организаторы были арестованы 9 июля, Бандера и Стекко вместе с другими членами правительства были депортированы в Германию.