Избрание Бориса стало первым крупным политическим событием, в котором Пожарский принял участие.

Предметный урок, полученный Годуновым в дни избирательной борьбы, не пропал даром. Борис уяснил, что от знати зависит будущее династии, и старался склонить на свою сторону князей. Впервые после многих лет унижений в Думу вернулись с высшим боярским чином князья Ростовские, с чином окольничих – знатные Стародубские. Наступили лучшие времена и для Пожарских. Не позднее августа 1600 года царь Борис пожаловал Дмитрию поместье на 80 четвертей в Подмосковье. Из стряпчих Пожарского перевели в стольники. Годунов оказал князю Дмитрию большую честь. В стольниках служили преимущественно сыновья бояр, окольничих и знатных дворян. Тут были князья Одоевские, Сицкие и Лыковы, дворяне Романовы, Годуновы, Сабуровы. Дмитрий Пожарский нежданно-негаданно попал в круг лиц, составлявших цвет столичной знати.

Своим повышением Дмитрий был обязан, скорее всего, матери – Марии Пожарской. Взойдя на трон, Борис учредил придворный штат для своей жены Марии и для дочери Ксении. Издавна к детям из царской семьи приставляли честных боярынь, старых вдов, мамок, нянек и прочих служительниц. Годуновы искали боярынь для Ксении среди достойных и уважаемых дворянок. Вдова Мария Пожарская имела безупречную репутацию, и Борис пригласил ее стать «верховой боярыней» при любимой дочери.

Ксения к тому времени уже достигла брачного возраста, и в Москву явился принц датский Ганс, добивавшийся ее руки. Пожарская находилась в свите Ксении во время торжественного выезда по случаю встречи датских гостей. Повозку Годуновой окружала целая кавалькада всадниц, одетых в красные платья и белые шляпы с широкими полями, сидевших в седлах по-мужски. В виде особой привилегии Пожарская ехала за Ксенией в возке, запряженном четырьмя лошадьми серой масти.

Приготовления к свадьбе принесли Пожарской много хлопот. Но свадьба так и не состоялась. Жених занемог и скоропостижно умер. Близкие боярыни и служительницы лили слезы вместе с несчастной невестой. Однажды княгиня Скопина-Шуйская и княгиня Лыкова в ее присутствии стали рассуждать «про царевну Аксинью злыми словами». Пожарская не только оборвала их, но и поведала обо всем царице Марии Годуновой.

Когда князь Дмитрий Пожарский был пожалован из стряпчих в стольники, круг его обязанностей расширился. Обычно стольников посылали с небольшими посольскими поручениями за рубеж, назначали товарищами к воеводам, отправляли в полки с наградами или в приказы. Стольники присутствовали на посольских приемах, а на пирах держали в руках блюда и потчевали яствами знатных гостей.

Борис Годунов был первым царем, избранным на трон «всей землей». Его противники не смирились со своим поражением и готовы были возобновить борьбу при первом благоприятном случае. Как и прежде, Богдан Бельский, бывший опричный правитель страны, внушал Годуновым наибольшие опасения. Борис постарался выпроводить его из столицы, воспользовавшись первым подходящим случаем.

Летом 1599 года Бельский возглавил военную экспедицию на Северский Донец. Государь поручил ему основать новую крепость, получившую претенциозное название Царев-Борисов.

Воевода отправился в поход в сопровождении многочисленного «двора» и с огромным обозом продовольствия, собранного в собственных вотчинах. В подчинении Богдана находилось три тысячи дворян, стрельцов и казаков. Всю эту армию воевода щедро жаловал деньгами и платьем, поил и кормил из своих запасов. Он добивался популярности и достиг цели: слухи о его щедрости распространились по Москве, и ратные люди повсюду хвалили его.

Забыв об осторожности, Бельский без всякого уважения отзывался о Борисе. «Пусть Борис Федорович царствует на Москве, – заявлял он, – а я теперь царь в Цареве-Борисове». Служивые иноземцы поспешили донести о крамольных речах в столицу. Правительство переполошилось, отозвало Бельского из армии и отдало его под суд. После допроса свидетелей суд признал его виновным. Бельский избежал тюремного заточения и казни. Но для него изобрели наказание особого рода. «Мятежника» выставили к позорному столбу и лишили чести, выщипав волосок за волоском всю его длинную бороду. Богдан Бельский лишился думного чина и отправился в ссылку в Нижний Новгород. Знать со злорадством наблюдала за унижением бывшего опричного временщика.

Еще до коронации Бориса за рубеж стали поступать сведения о его тяжелой болезни. Один современник Бориса метко заметил, что тот царствовал шесть лет, «не царствуя, но всегда болезнуя». Врачи оказались бессильны поправить его здоровье, и царь искал спасения в молитвах и богомольях. В конце 1599 года он не смог своевременно выехать на богомолье в Троицу, и его сын собственноручным письмом известил монахов, что батюшка его «недомогает». К осени 1600 года здоровье Бориса резко ухудшилось. Один из членов польского посольства, находившегося в Москве в то время, замечает, что властям не удалось утаить от всех болезнь царя и в городе по этому поводу поднялась большая тревога. После обсуждения создавшейся ситуации в Боярской думе Бориса по его собственному распоряжению отнесли на носилках из дворца в церковь, чтобы показать народу, что он еще жив.

Ожидая близкой кончины Бориса, Романовы стали открыто готовиться к возобновлению борьбы за трон. Они собрали на своем подворье вооруженные отряды из всех своих укрепленных городков и вотчин. Их холопы распространяли в столице и за рубежом слухи о болезненности и слабоумии Федора Годунова. При таких условиях у малолетнего наследника Бориса не оставалось почти никаких шансов на то, чтобы удержать трон после смерти отца.

Бояре Романовы готовы были пустить в ход любые средства, чтобы ускорить падение Годуновых. Вполне подверженные суевериям своего времени, они втайне подумывали «извести» царскую семью с помощью колдовских чар. Среди слуг Романовых нашелся человек, который предупредил Бориса о грозившей ему опасности. То был дворянин Бартенев, служивший казначеем у Александра Романова. Дворянин сообщил, что Романов велел ему хранить в казне волшебные коренья, предназначенные для «порчи» царской семьи. Для расследования измены Боярская дума составила особую комиссию во главе с окольничим Михаилом Салтыковым. После того как стрельцы заняли романовское подворье, Салтыков произвел там обыск и обнаружил некие корешки. Донос полностью подтвердился. Найденные улики были доставлены на патриарший двор, где собрались Боярская дума и высшее духовенство. В присутствии их царь велел Салтыкову раскрыть принесенные мешки и «корение из мешков выкласти на стол».

В Боярской думе у Романовых нашлось много противников. Во время разбора дела бояре, по словам близких к Романовым людей, «аки зверие пытаху и кричаху». Будучи в ссылке, Федор Романов с горечью говорил: «Бояре-де мне великие недруги, искали-де голов наших, а ныне-де научили на нас говорити людей наших, а я-де сам видел то не одиножды».

Братьев Романовых обвинили в тягчайшем государственном преступлении – покушении на жизнь царя. Наказанием за такое преступление могла быть только смертная казнь. Но Борис избегал проливать кровь. Старшего из Никитичей, Федора, который был главным претендентом на трон, заточили в монастырь. Вышло так, что монашеский куколь спас жизнь Федору Романову, но отнял у него шансы на обладание троном.

Четверо младших братьев Федора были отправлены в ссылку в Поморье и Сибирь. Осужденных везли за тысячи верст в тяжких цепях, нередко в морозы, кормили скудной пищей. При таких условиях из младших Романовых уцелел лишь один Иван Никитич.

Когда Романовым удалось впоследствии основать новую династию, преданные им летописцы не пожалели красок, чтобы расписать злодейства Годунова и представить членов опальной семьи в ореоле мученичества. Из летописей драматические эпизоды перекочевали на страницы исторических и литературных произведений. Один из героев трагедии А. С. Пушкина «Борис Годунов» осудил весь режим и образ правления Годунова словами: