Los ajusticiados son conducidos a las hogueras entre murallas de soldados para evitar que la gente en tropel los empuje y escupa. Junto a los reos marchan frailes de todas las órdenes religiosas para predicarles hasta último momento. Entre los jefes militares que controlan el fúnebre desplazamiento se destaca el contrito capitán Lorenzo Valdés.

Tomé Cuaresma dice que no necesita la misericordia del Santo Oficio y muere impenitente.

Manuel Bautista Pérez mira con desprecio al verdugo y le manda que cumpla bien su oficio.

Francisco Maldonado da Silva no habla, ni llora, ni gime. En torno a su cuello han atado los libros que escribió esforzadamente en prisión. Varios testigos registran el instante en que las llamas azules prenden las hojas y un torbellino de letras empiezan a girar insistentemente en torno a sus cabellos como una corona de zafiros.

Los funcionarios presentes -alguacil mayor de justicia, notario y secretario del Santo Oficio- soportan la humareda y el olor de carne humana hasta dar fe que los relajados se han convertido en cenizas.

El cronista Fernando de Montesinos cumple a satisfacción la solicitud inquisitorial de escribir un relato completo sobre el grandioso Auto de Fe, que se imprime de inmediato por orden del inquisidor general.

El Consejo Central de España, no obstante, se alarma por la magnitud del Auto de Fe y ordena a los tres inquisidores que transmitan «por separado», y «en conciencia», sus sentimientos respecto de lo actuado.

Gaitán contesta que las sentencias «fueron justificadas». Castro del Castillo contesta que antes de dar su voto decía misa y se encomendaba «muy de veras a Dios y con mucha humildad». Mañozca no contesta; ese mismo año se dan por concluidos sus servicios en el Tribunal de Lima.

El Auto de Fe de 1639 sacude a las comunidades judías de Europa, que hacen circular los informes sobre el martirologio ocurrido en América. En 1650 aparece la famosa obra Esperanza de Israel de Menashé ben Israel, que narra el tremebundo suceso y dedica párrafos emotivos al mártir Francisco Maldonado da Silva. En Venecia el doctor Isaac Cardoso publica otro libro que amplía la pavorosa historia y exalta el heroísmo de «Eli Nazareo». El poeta sefaradí Miguel de Barrios escribe en Amsterdamun poema sobre el heroico americano.

En 1813 es abolido el Santo Oficio de Lima y una multitud saquea el palacio inquisitorial para borrar ominosas pruebas. Dos años más tarde se lo reinstala. Pero en 1820, por mandato del último virrey, queda eliminado definitivamente.

En 1822 le es asestada a la Inquisición en América el golpe de gracia más significativo: el Libertador José de San Martín ordena transferir todos sus bienes y propiedades a la Biblioteca de la Nación, porque allí, en los libros, se acumulan las ideas -fueron sus palabras«luctuosas a los tiranos y valiosas para los amantes de la libertad».