В декабре 1448 года епископ св. Иона был поставлен в Митрополиты всея Руси, и в окружном послании по этому событию он призывает всех людей быть верными Великому князю, напоминать о клятвонарушениях князя Дмитрия Шемяки и говорит, что если он вооружится опять на Великого князя, то не будет на нем милости Божией, Пречистой Богородицы и святых чудотворцев, ни святительского благословения ни в сей век, ни в будущий; народ же, который станет на его сторону, Митрополит отлучает от Церкви, причем священнодействие среди того народа им прекратится и все храмы им затворятся. Шемяка пытался еще бороться с Великим князем, но был побежден и умер в 1453 году в Новгороде, будучи отравлен.

Так закончилась борьба за Великое княжение, продлившаяся почти тридцать лет. Началась она ввиду стремления князя Юрия сесть на Великокняжеский престол по прежнему порядку – старшинства в роде; продолжена была Василием Косым, хотевшим по новому порядку наследовать престол, которым удалось было овладеть его отцу, закончилась попыткой Дмитрия Шемяки, воспользовавшись плодами деятельности отца и брата, утвердиться на Великом княжении. Но новый порядок престолонаследия был одним из главных устоев Московского княжества, собиравшего воедино разрозненную Русь. Народ всех сословий видел в нем залог спокойствия и мира и объединялся вокруг того, кого признавал законным носителем Великокняжеской власти, даже тогда, когда эта власть фактически переходила в другие руки. Духовенство видело в нем Богом указанного главу Руси и, почитая недействительными клятвы об отречении от Великокняжеского достоинства, вынуждаемые у него его соперниками, разрешило его от этих клятв. Наоборот, восстание против законного Государя и нарушение данной ему присяги почиталось тяжким грехом, отпадением от Христианства (грамоты св. митрополита Ионы – о поставлении своем и к Новгородскому архиепископу – о неукрывательстве Шемяки).

После смерти Шемяки Василий Васильевич продолжал дело Московских князей – укреплял Московское княжество и, присоединяя к нему другие уделы, объединял Русскую землю. Главным советником его был св. митрополит Иона. Старшего сына своего, Иоанна, Василий Темный сделал своим правителем с титулом Великого князя, так что грамоты писались от имени обоих Великих князей. Разделяя перед смертью уделы своим сыновьям, Василий оставил Великому князю Иоанну удел, превосходящий уделы четырех младших сыновей, взятых вместе, и, вступив беспрепятственно после смерти отца (1462 г,) на Московский престол, Иоанн легко смог продолжить и почти завершить дело строения единого Русского Государства. Осторожными, но верными шагами шел Иоанн к этой цели. Он не ломал сложившихся порядков, где не было особой необходимости, не ломал уклада русской жизни, но не останавливался и перед крутыми мерами, где было нужно. Подчеркивая везде свое самодержавие и неограниченность своей власти, Иоанн в то же время руководился в своих поступках «стариной» и часто, даже вводя какие-нибудь необходимые новшества, старался, чтобы инициатива этого исходила как бы не от него. Постепенно и не сразу накладывал Иоанн свою руку на все, что противоречило идее едино- и самодержавия, но плоды его деятельности были обильны. В 1480 году без кровопролития было окончательно свержено татарское иго. Уничтожена была Новгородская вольность, и Великий Новгород сделался одним из городов Московского Великого княжества. Присоединено было к Москве большинство удельных княжеств.

Рязанское удельное княжество сохранило лишь тень самостоятельности, так как распоряжался в нем Иоанн Васильевич через свою сестру – вдовствующую Великую княгиню Рязанскую Агриппину, бывшую опекуншей своего малолетнего внука. Тверской Великий князь сначала слушал Иоанна, но потом завел было сношения с Литвой; Иоанн двинулся на него с войском; не имея возможности сопротивляться, Тверской Великий князь бежал в Литву и, оставшиеся без Государя, тверичане послали бить челом Иоанну Васильевичу.

Выехав в Тверь, Московский Государь отдал Тверское Великое княжество своему старшему сыну Иоанну Иоанновичу, так как его мать, первая супруга Иоанна Васильевича, Мария Борисовна, была родной сестрой последнего Тверского Великого князя и, таким образом, Иоанн со стороны матери являлся потомком Тверских князей, Великий князь Иоанн старался и внутри Московского княжества сократить уделы. Два его брата умерли бездетными, и он большую часть их уделов присоединил к Великокняжеской области, дав остальным двум братьям лишь по несколько городов; братья должны были оказывать полную покорность, и когда один из них, Андрей, был заподозрен во властолюбивых стремлениях, то был с сыновьями своими посажен под стражу до смерти, и на все хлопоты об освобождении Иоанн, опасаясь смуты за наследство, отвечал: «Жаль мне брата, но освободить его не могу». Собрав в одно государство почти всю северо-восточную Русь, Иоанн простер свои взоры и на Русь, подпавшую польскому и литовскому владычеству, откуда стремились к нему бывшие удельные князья и народонаселение, предпочитая служить Православному Русскому Государю, чем чужеземному и иноверному. Литва принуждена была признать за Иоанном титул «Государя всея Руси».

По смерти первой своей супруги Иоанн Васильевич в 1472 году женился на племяннице последнего Византийского Императора Софии Фоминишне Палеолог и, как единственный православный Государь, возглавлявший громадное православное государство, сделался вместе с этим преемником Византийских Царей, защитником и покровителем всего православного мира. Как внешний знак этого, он принял Византийский герб, соединив его с Московским – св. Георгием Победоносцем, и в сношениях с иностранными государями стал именоваться Царем всея Руси и Императором, продолжая называться в актах внутреннего управления, по большей части, по-прежнему Великим князем. Наследником Иоанна Ш Васильевича считался его старший сын, Иоанн Молодой, рожденный от первого брака. Во избежание споров о престолонаследии, Иоанн III, по примеру своего отца, назвал и наследника Великим князем, и государственные дела решались от имени обоих Великих князей. В 1490 году Иоанн Молодой скончался. Возник вопрос, кто будет теперь наследником? После Иоанна Молодого остался сын Димитрий. Кроме того, у Иоанна Васильевича было 5 сыновей от брака с Софией, среди коих старшим был Василий. Со времени установления нового порядка престолонаследия подобного случая не было на Руси, и в данном случае нельзя было поступить «по старине». В то же время порядок престолонаследия не был установлен и регламентирован каким-нибудь законом, и Великому князю предстояло решить, внук ли Димитрий или сын Василий является его преемником по теперешнему порядку. Приближенные Иоанна разделились на сторонников того и другого, стремясь доставить престол наиболее желательному для себя кандидату. Верхи московского боярства не любили Софии, так как именно с ее приездом в Москву Русский Великий князь превратился в Самодержавного Государя, единолично решавшего все дела, и бояре потеряли свое прежнее влияние и приглашались на совет, лишь когда Великий князь того пожелает. Опасаясь влияния Софии и в случае воцарения сына ее Василия, они усердно поддерживали Димитрия. София Фоминишна убеждала своего мужа передать престол Василию. Великий князь Иоанн Васильевич, понимая, что, по принципу права первородства, после Иоанна Младшего наследником должен быть Димитрий, не поддавался на увещевания супруги и склонился на сторону прав внука.

Сторонники Софии стали убеждать Василия поднять восстание и погубить Димитрия, самому сделаться наследником. Заговор был открыт в декабре 1497 года. Главные заговорщики были казнены, а Василия Великий князь посадил под стражу; София тоже была в опале. В начале 1498 года Великий князь торжественно венчал внука на Царство. Это было первое венчание на Царство на Руси после Владимира Мономаха. Посредине Успенского собора было поставлено три седалища – для Митрополита, Великого князя и его внука. Сначала был отслужен молебен Богородице и святителю Петру, после чего Митрополит и Великий князь сели на свои места, а Димитрий стал перед ними. Великий князь сказал: «Отец Митрополит, Божиим изволением, от наших прародителей Великих князей старина наша оттоле и до сих мест; отцы наши Великие князья сыновьям своим старшим давали Великое княжение; и я было сына своего первого Ивана при себе благословил Великим княжением; но волею Божией сын мой Иоанн умер, у него остался сын первый Димитрий, и я его теперь благословляю при себе и после себя Великим княжением Владимирским, Московским и Новгородским; и ты бы его, отец, на Великое княжение благословил». Митрополит приказал Димитрию стать на свое место и, возложивши на него руку, прочитал молитву о даровании ему Царства; потом, взяв приготовленные на аналое бармы и шапку Мономаха, передавал их Великому князю, а Великий князь возлагал их на внука. После многолетий, приветствий и поучений Митрополита и Великого князя, была отслужена Литургия. При выходе Димитрия в шапке и бармах из церкви старший после Василия, его дядя Юрий, трижды осыпал его золотыми и серебряными деньгами.