США и их союзники считали М. Аббаса толерантным по отношению к Израилю по сравнению с руководством ХАМАС. Поэтому США, их союзники и контролируемые ими финансовые организации направляли всю свою материальную помощь в обход палестинского правительства. В ноябре 2006 года координатор военной помощи США генерал-лейтенант Дейтон выдвинул план по увеличению президентской гвардии до 6000, предлагая её реорганизовать в подобие итальянских карабинеров. Для этого он запросил дополнительное финансирование в 35 миллионов долларов. Программа также предусматривала размещение двух постов президентской гвардии в Газе на переходах Рафах и Карги под контролем международных наблюдателей. Эти действия мотивировались произволом израильских военных властей, блокировавших их долгие месяцы. Они всячески провоцировали конфликты между претендентами на власть, утверждая, что ХАМАС считает президента Аббас помехой на своём пути к контролю над Палестинской автономией, и планирует убить его. Рассчитывая на помощь США и их союзников, президент Аббас попытался включить „Исполнительные Силы”, достигшие численности 6000 человек, в состав гражданской полиции и издал соответствующий приказ. Абу Самхадан оказался его исполнять, вследствие чего был убит израильтянами во время их рейда в июне 2006 года.

Министр внутренних дел Саид Сайям 6 июля 2006 года от имени нового палестинского правительства призвал палестинцев к оружию: „Сражайтесь со своими врагами, которые пришли насмерть. Хватайте винтовки и сопротивляйтесь”. Он приказал силы безопасности Сектора Газа выполнить свой „религиозный и моральный долг и противостоять этой агрессии и трусливому сионистскому вторжению”. Однако, большинство сил безопасности Сектора были лояльны ФАТХ и не последовали его призыву. Его приказ выполнили только „Исполнительные Силы”, командир которых Абу Самхадан был убит израильтянами во время операции „Летние дожди”.

Подобные атаки Израиля на Сектор Газа получили названия „доктрины Дахья” по имени пригорода Бейрута, который подвергся разрушительной бомбардировке летом того же 2006 года. Её жертвой

стала единственная электростанция Газы, у которой были разбомблены все шесть трансформаторов. Палестинские официальные лица сообщили, что её восстановление потребует шесть месяцев и около 15 миллионов долларов. Из-за израильских бомбардировок возникли угрозы „для здоровья и безопасности населения, а также для окружающей среды. Проблемы, возникающие в результате ущерба, нанесенного инфраструктуре в результате этой военной операции, включают нехватку воды, загрязненную оставшуюся питьевую воду, неконтролируемые сбросы и неочищенные сточные воды, стекающие по улицам. Это приводит к в загрязнении подземных вод, загрязнении сельскохозяйственных земель, которые жители Газы теперь не смогут обрабатывать для сбора урожая, что отрицательно скажется на их доходах”.

На фоне гуманитарной катастрофы М. Аббас, опираясь на ФАТХ, прилагал титанические усилия, чтобы отстранить ХАМАС от власти. Противостояние между палестинскими группировками к октябрю уже вышло за пределы Газы, и насилие распространилось на Западный берег: в Рамаллу, Наблус, Иерихон и Хеврон. В декабре 2006 г. ХАМАС обвинил ФАТХ в попытке убийства премьер-министра И. Хании в ходе нападения на КПП Рафах в Газе, указав, что за нападением стоял лидер ФАТХ в Газе М. Дахлан. В результате начался новый виток насилия. В связи с тем, что каждая организация вкладывала ресурсы для обеспечения собственного военного потенциала. Внутренние службы безопасности оказались расколоты. Чтобы объединить своих сторонников, ХАМАС и ПИД пошли на координацию сил и сформировали Объединённый штаб группировок палестинского сопротивления. Однако, в силу определённых разногласий он оказался дисфункциональной структурой.

В условиях международных санкций правительство И. Хании отчаянно нуждалось в доставке наличных денег для финансирования своей деятельности. Министры правительства по очереди осуществляли их ввоз на территорию автономии, используя свои полномочия. На пограничном переходе Рафах, где находились европейские наблюдатели, израильские солдаты и гвардейцы Аббаса, 14 декабря 2006 года был остановлен премьер-министр И. Хания с десятками миллионов пожертвований. В ответ бойцы ХАМАС атаковали пост. И. Хания был вынужден пересечь границу без денег, и в пути подвергся нападению боевиков ФАТХ. В тот же день волнения вспыхнули на Западном Берегу после того, как палестинские силы национальной безопасности обстреляли митинг ХАМАС в Рамалле. Подразделения безопасности в защитном снаряжении использовали дубинки и винтовки, чтобы отбить демонстрантов до того, как началась стрельба. По меньшей мере, 20 человек получили ранения в ходе столкновений. ХАМАС обвинил ФАТХ в попытке убийства премьер-министра И. Хании, заявив, что его организовал лидер ФАТХ в Газе М. Дахлана. В результате начался новый виток насилия. В связи с тем, что каждая организация вкладывала ресурсы для обеспечения собственного военного потенциала. Внутренние службы безопасности оказались расколоты. К январю 2007 г. в Палестине воцарилось полное беззаконие, когда обе группировки совершали нападения друг на друга. Активисты ХАМАС совершили несколько нападений на дома политических конкурентов, похищая или убивая их.

Пользуя случаем, 16 декабря Аббас объявил о немедленном проведении внеочередных выборов, как парламента, так и президента. Его предложение вызвало возражения в его окружении и ожесточённое противодействие со стороны ХАМАС. Политические противники обвинили Аббаса в попытке государственного переворота. Спор о досрочных выборах спровоцировал высокую напряженность и перестрелки между сторонниками ХАМАС и ФАТХ. На следующий день произошёл настоящие бои рядом с резиденцией Аббаса и других местах. Хотя в конце дня ФАТХ и ХАМАС договорились о прекращении огня, интенсивные столкновения в Секторе Газа продолжались больше месяца и стоили жизни 33 палестинцам. Перестрелки продолжались до 30 января, когда было заключено соглашение о прекращении огня. Однако, уже через день после этого ХАМАС перехватил конвой с оружием, предназначенной для президентской гвардии, размещённых в Секторе Газа.

Усиление Президентской гвардии породило у лидеров ХАМАС подозрение, что она готовится взять под контроль Сектор Газа. Планы генерала Дейтона превратили его в твёрдое убеждение, вследствие чего ХАМАС официально объявил о планах удвоить численность „Исполнительных Сил” и стал обучать его офицеров пользоваться гранатомётами „Ясин”. Не добившись успеха, 6 января 2007 г. Аббас распорядился распустить „Исполнительные силы” вне закона. Единственным средством выполнения президентского указа были силы президентской безопасности, которых было явно недостаточно. По этой причины в Сектор Газа стали направляться подкрепления, которые по официальной версии были призваны противодействовать контрабанде оружия для "Исполнительной силы". По мнению руководства ХАМАС, эти военные конвои, наряду с задержкой поставок гуманитарной помощи и финансовых средств, предназначались для подстрекательства жителей Газы к мятежу.

8 февраля 2007 года в Мекке при посредничестве саудитов было достигнуто соглашение между ФАТХ и ХАМАС. Их представляли М. Аббас и М. Дахлан, И. Хания и Х. Машааль, соответственно. Оно предусматривало соблюдение принципов Каирской декларации, прекращение конфронтации и создание коалиционного правительства национального единства. Одним из условий стало согласие М. Аббаса на существование Исполнительных сил при условии, что они будут иметь вспомогательные функции. Министр внутренних дел С. Сайям резко выступил против соглашения между ФАТХ и ХАМАС о создании правительства национального единства. Он заявил о том, что подчинённые ему отряды продолжат борьбу^[. Следуя достигнутым договорённостям, 17 марта И. Хания обновил состав нового кабинета без Сайяма , включив в него представителей ФАТХ.

Несмотря на все договорённости, напряжённые отношения между ФАТХ и ХАМАС сохранялись. Инциденты с применением насилия, в которых погибло около 90 человек, продолжались в марте и апреле. В мае отряды "Исполнительной силы", достигшие численности 6800 человек, стали разоружать полицейских, отказавшихся не подчиняющихся министру внутренних дел гражданских полицейских – сторонников ФАТХ. Они сначала отказывались подчиняться правительству Хании, а потом уходить с государственной службы. Исключение составила морская полиция, офицеры которых приняли сторону ХАМАС. С середины месяца на улицах Газы вспыхнули столкновения, которые продлились 18 дней. В них было убито более 50 палестинцев. Лидеры обеих сторон пытались остановить боевые действия, заключая десятки перемирий, но ни одно из них не продержалось дольше нескольких дней. ФАТХ и ХАМАС, имея разные и схожие идеологические черты, после парламентских выборов 2006 г. оказались ведущими силами в арабской Палестине. Их противостояние раскололо ее не только территориально, но и политически. Этот раскол негативно отразился на жизни мирных граждан и значительно уменьшил перспективы мирного урегулирования ближневосточного конфликта.