Выступил в поход, и сам царь Василий IV. Он во главе армии направился в Алексин. После освобождения города от мятежников армия царя подошла к Туле.
Обороной города руководил Иван Болотников. Следует отметить, он оборонял Тулу весьма искусно, не оставляя шансов правительственным войскам на быструю победу.
Дело в том, что русская военная наука в то время была не на высоте. Оборонять города русские воеводы умели, но брать их, нет.
Василий Шуйский нервничал и торопил своих военачальников. Воеводы освободили от мятежников Дедилов, Кропивну, Епифань и не пускали никого в осаждённую Тулу. Однако осада затягивалась.
Выход из положения был предложен муромским сыном боярским Кротковым.
«Того же лета под Тулою же назвался царю Василью город Тулу потопить муромец сын боярской Сумин сын Кротков. И збирали со всех людей датошных и делали заплоту и Тулу потопили».
10 августа 1607 года в Стародубе-Северском появился новый претендент на русский престол Лжедмитрий II, прозванный в народе «Вором» в отличие от своего предшественника Лжедмитрия I, именовавшегося «Расстригой».
При самозванце находились многие польские военные, искавшие для себя приключений и лёгкой наживы.
20 декабря самозванец был уже в Брянске. Местные жители встречали нового самозванца с хлебом и солью. Царские воеводы не в силах удержать Брянск подожгли город.
Армия Лжедмитрия II продвигалась к Москве, почти, не встречая сопротивления. Многие города встречали самозванца как истинного царевича, с почестями.
В начале мая 1608 года армия самозванца встретилась с правительственными войсками, под командованием родных братьев царя — Дмитрия и Ивана Шуйских. После трехдневного ожесточённого сражения царские войска были разбиты.
11 сентября самозванец был уже в Козельске, а 16 сентября в Белёве. Он намеревался идти к Туле, чтобы помочь осаждённым в городе своим сторонникам.
Тем временем под Тулой царь Василий IV принялся реализовывать план потопления города. Со всей округи собрали огромное количество мужиков, для строительства плотины на реке Упе, ниже города.
Царь торопился взять город до прихода самозванца, более опасаясь не его армии, а восстания, согнанных на строительство плотины крестьян, которых в царском лагере стало больше чем служилых людей. Василий Шуйский чувствовал себя в военном лагере, как на бочке с порохом. Этому было подтверждение отъезд к самозванцу некоторых вельмож. В частности, царский лагерь покинул служилый татарин князь Петр (Урак) Арсланович Урусов, женатый на вдове князя Александра Ивановича Шуйского, царского брата.
К тому же военные неудачи подрывали авторитет царя и веру в его могущество. Для поддержания престижа нового монарха, военные победы были просто необходимы.
В июне месяце 1608 года армия самозванца подошла к Москве, но взять город наскоком было не возможно, поэтому было принято решение приступить к осаде.
Самозванец разбил лагерь в Тушино. Однако окружить столицу полностью тушинцам не удалось. Верность царю сохраняли жители Коломны, через которую в столицу поступали редкие обозы с продовольствием.
Силы самозванца росли с каждым днём. Народ обезумил и чурался законной власти. Свою покорность «Вору», изменив царю, выказали жители Пскова, Суздаля, Углича, Ростова, Ярославля, Владимира.
В это же время на помощь самозванцу с войском подошёл польский гетман Сапега. Он намеревался идти на русскую столицу, но застрял у Троице-Сергиевой лавры. Москва была спасена.
Тем временем, царь продолжал руководить осадой Тулы. Плотина была построена. Вода хлынула в окружённый город и затопила улицы и дворы, так что осаждённые ездили от дома к дому на лодках. Лишь некоторые, высокие места в городе остались не залитыми водой, превратившись в маленькие острова.
Голод и потоп смирили мятежников, горожане не имели больше сил к сопротивлению. Да и «Вор» не спешил в Тулу, он рвался к столице, чтобы занять престол.
Руководители мятежников Болотников, князья Телятевский и Шаховский, начали переговоры. Тула сдалась, выторговав для себя полное царское прощение.
10 октября царские войска вошли в город.
После победы над мятежниками в Туле, царь возвращался в Москву с триумфатором. Он ехал впереди войска, один на красной колеснице, запряжённой четырьмя белыми лошадьми. Его встречали бояре, с которыми царь Василий IV далее следовал пешком.
Николай Карамзин, сравнил победу царя под Тулой с завоеванием Казанского ханства.
«Взятие Тулы праздновали как завоевание Казанского Царства или Смоленского Княжества; и желая, чтобы сия радость была еще искреннее для войска утомленного, Царь дал ему отдых: уволили Дворян и Детей Боярских в их поместья, сведав, что Лжедимитрий, испуганный судьбою Лжепетра, ушел назад к Трубчевску», — писал историк.
Действительно, в тушинском лагере известие о возвращение в столицу царя вызвало настоящую панику. При этом отряд князя Мезецкого разбил мятежников под Крапивнами, на подступах к Туле.
Взятие Тулы стало переломным моментов в войне с самозванцем.
«Тушинский вор» опасаясь за свою жизнь и не доверяя своим сторонникам, тайно бежал из Тушина и несколько дней скрывался в Комарицкой волости.
Тушинский лагерь едва не распался. От полного развала армию самозванца спасло подошедшее новое подкрепление. В Тушино прибыл ещё один самозваный царевич Фёдор Фёдорович, выдававший себя за несуществующего сына царя Фёдора Ивановича, с 3000 воинов, а также атаман Юрий Беззубцев с казаками.
Отпраздновав взятие Тулы, царь Василий IV стал готовиться к дальнейшему противостоянию с мятежниками.
Прежде всего, 25 июля 1608 года был заключён мирный договор с Польшей. Вот положения договора: «В течении 3 лет и 11 месяцев не быть войне между Россией и Польшей. В сие время условиться о вечном мире и 20 летнем перемирии. Обоим государствам владеть чем владеют. Царю не помогать врагам Королевским, Королю врагам Царя, ни людьми, ни деньгами. Воеводу Сендомирского с дочерью и всех ляхов освободить и дать им нужное для путешествия до границы. Князьям Рожинскому, Вишневецкому и другим ляхам, без ведома Королевского вступившим в службу к злодею, второму Лжедмитрию, немедленно оставить его, и впредь не приставать к бродягам, которые вздумают именовать себя Царевичами Российскими. Воеводе Сендомирскому не называть сего нового обманщика своим зятем и не выдавать за него дочери.
Марине не именоваться и не писаться Московской Царицей»
Это был несомненный дипломатический успех. Хотя наличие мирного договора не остановило многочисленных польских наёмников от участия в войне с русским государством на стороне Лжедмитрия II. В Варшаве за действия таких поляков отвечать не хотели, мотивируя тем, что они не состоят на королевской службе, но благодаря мирному договору, открытая польская интервенция стала невозможной.
В Новгород, единственный город на всём севере, силою митрополита Исидора, оставшийся верным царю, был направлен князь Михаил Скопин-Шуйский, для ведения переговоров со Швецией о предоставление военной помощи.
В целях пополнения казны, для ведения войны, царь Василий IV взял деньги у монастырей. Только Троице-Сергиева лавра предоставила в распоряжение правительства 18 355 рублей. Огромные по тем временам деньги. Специальным оброком было обложено купечество.
За верную службу и участие в обороне Москвы от мятежников, «осадное сидение», дворянам было позволено 1/5 своих поместий, которыми они владели на условиях службы, считать наследственными и передавать своим потомкам.
Зиму 1609 года «Вор» провёл в Орле. К нему продолжали стекаться представители различных сословий, уповая на щедрые посулы самозванца. Он без разбора раздавал чины и поместья. Число мятежников продолжало расти. К ним присоединились польские отряды князей Рожинского и Вишневецкого. Многие знатные вельможи, тайно покидали Москву и присоединялись к самозванцу.
Ещё 1 августа 1608 года «Вор» захватил Марину Мнишек, жену первого самозванца, и она признала в нём чудом спасшегося мужа.