Став царём Василий Шуйский первым делом попытался завязать контакты с соседними странами. «И послал царь Василей в Литву князя Григорья Волконского да в дьячье место посольского подьячева Ондрея Иванова. А в Крым послал царь Василей думнаго дворянина Ондрея Матвеевича Воейкова».

Николай Карамзин повествует: «Еще Василий имел время возобновить дружественные сношения с Императором, с Королями Английским и Датским. Гонец Рудольфов и Посланник Шведский находились в Москве. Непримиримый враг врага нашего, Сигизмунда, Карл IX ревностно искал союза России, и Василий действительно не спешил заключить его, в надежде обойтись без войны с Сигизмундом. Хан Казы-Гирей уверял Царя в братстве, Ногайский Князь Иштерек в повиновении. Воевода Князь Ромодановский отправился к Шаху Аббасу для важных переговоров о Турции и Христианских землях Востока. Еще Двор Московский занимался делами Европы и Азии, политикою Австрии и Персии; но скоро опасности ближайшие, внутренние, многочисленные и грозные скрыли от нас внешность, и Россия, терзая свои недра, забыла Европу и Азию!».

Новому монарху необходимо было получить поддержку соседних самодержцев, поскольку в своей стране его положение оставалось довольно шатким. Летописец сообщает: «А как после Ростриги сел на государство царь Василей, и в польских, и в украиных, и в северских городех люди смутились и заворовали, креста царю Василью не целовали, воевод почали и ратных людей побивать, и животы их грабить, и затеели, будто тот вор Рострига с Москвы ушол, а в ево место будто убит иной человек. В Борисове городе убили Михаила Богдановича Сабурова. В Белегороде убили князя Петра Ивановича Буйносова. А с Ливен Михайло Борисович Шеин утек душею да телом, а животы ево и дворянские пограбили».

На периферии, особенно в южных уездах, распространяется слух о спасении царя Дмитрия, будто бы избежавшего смерти и бежавшего из Москвы. Многие в это верят, поскольку о событиях в Москве мало что знают.

Чтобы пресечь опасные слухи и успокоить народ царь Василий IV переносит из Углича в Москву тело царевича Дмитрия. Царевича торжественно, при большом скоплении народа, перезахоранивают в Михайловском соборе.

В это самое время на юге страны появляется Иван Болотников, называющий себя воеводой чудом спасшегося законного царя Дмитрия.

Болотников, ранее бывший боевым холопом князя Андрея Телятевского, попал в плен к татарам и был продан в Турцию. Был выкуплен немцами. Одно время жил в Венеции, но после, услышав, что в Польше якобы находится царевич Дмитрий, предложил ему свои услуги и явился с письмом от него в Путивль к воеводе князю Григорию Петровичу Шаховскому, который изменил законному царю и поднял мятеж.

К Ивану Болотникову отовсюду стекаются служилые люди и простолюдины. У него уже целая армия, угрожающая новому царю.

Правительство снаряжает и отправляет против мятежников три полка, во главе с князем Юрием Никитовичем Трубецким и Михаилом Александровичем Нагим. «В передовом полку боярин князь Борис Михайлович Лыков да князь Яков Петрович Борятинской. В сторожевом полку околничей князь Григорей Петрович Рамодановской да князь Раман княж Иванов сын Гагарин».

«И под Крамами у воевод с воровскими людми был бой. И ис Путивля пришол Ивашко Болотников да Юшка Безаубцов со многими северскими людми и с казаки пришли на проход в Кромы. И после бою в полкех ратные люди далных городов ноугородцы и псковичи, и лучаня, и торопчане, из замосковных городов под осень в полкех быть не похотели, видя то, что во всех украиных городех учинилась измена и учали ис полков розъезжатца по дамом».

Как видно, со слов летописца, состоявший на царской службе служилый люд воевать не хотел. Командование действовало крайне осторожно и неумело, с большой медлительностью, что не способствовало военным успехам. Царские воеводы всё время опаздывали с принятием решений, поэтому терпели поражения.

Армия Болотникова, наоборот была агрессивной и мобильной, регулярно пополнялась свежими силами. Мятежники в октябре 1606 года подошли к Москве и стали непосредственно угрожать столице.

Войска Василия Шуйского терпят одно поражение за другим. «А воры Болотников да Пашков с резанцы и всех городов со многими людми пришли под Москву, стали в Коломенском да в Заборье, во многих местех».

Данная военная ситуация в точности повторяла время борьбы Бориса Годунова с первым самозванцем. Это отчётливо понимал Василий Шуйский и делал всё, чтобы удержать власть.

Правительственным войскам удалось в декабре 1606 года принудить Болотникова отступить от Москвы. Мятежники отошли к Серпухову, намереваясь вступить в город, но горожане дали им отпор. Тогда Болотников с войсками укрылся в Калуге, чтобы там встретить правительственные войска. Он укрепил город и собрал из беглых крестьян огромное войско.

Не желая затягивать с мятежом, в следующем 1607 году царь намеревался покончить с Болотниковым. Во главе войск были поставлены самые надёжные воеводы. Главным воеводой был назначен младший из братьев Шуйских князь Иван Иванович. Его помощниками стали боярин князь Борис Петрович Татев, связанный с Шуйскими родством, и окольничий Михаил Игнатьевич Татищев, немало способствовавший воцарению Василия Шуйского.

Князь Иван Шуйский подошёл к Калуге. Взять город с ходу не удалось. Царские полки приготовились к долгой осаде.

В это время в Путивле появляется новый самозванец, назвавшийся сыном покойного царя Фёдора Ивановича — царевичем Петром. О его жестокостях летописец писал: «И тот вор Петрушка боярина князя Василья Кордануковича Черкаского и воевод и дворян, которых приводили, и Ондрея Воейкова, что шол ис Крыму всех побил до смерти розными казнеми, иных метали з башен и сожал по колью, и по суставом резал».

В Москву поступаю тревожные новости. Мятежники захватили Тулу и Алатырск, где был убит воевода Михаил Богданович Сабуров. К восставшим присоединился Астраханский воевода окольничий князь Иван Дмитриевич Хворостин (умер 1613).

Мятежники осадили Нижний Новгород. Вышедшие из повиновения холопы и крестьяне грабили царские обозы, убивали правительственных чиновников, разоряли дворянские поместья.

В жестокой битве с мятежниками на Пчелне погибли царские воеводы князья Татев и Черкасский и множество правительственных воинов. «И сошлися воеводы с воровскими людьми на Пчелне. И воровские люди воевод тогды побили и боярина князя Бориса Петровича Татева убили. И после того бояре и воеводы князь Федор Иванович Мстисловской с товарищи от Колуги отошли».

Болотников стойко держал оборону в Калуге, проводя удачные вылазки. Он смог потеснить правительственные войска, вырваться из осажденного города и в мае 1607 года ушёл в Тулу.

Положение царя стало очень шатким, но Василий Шуйский был твёрд и, не поддаваясь панике, готовился к решительной борьбе, не желая отдавать власть без боя. «Он созвал Духовенство, Бояр, людей чиновных; предложил им меры спасения, дал строгие указы, требовал немедленного исполнения и грозил казнию ослушникам: все Россияне, годные для службы, должны были спешить к нему с оружием, монастыри запасти столицу хлебом на случай осады, и самые Иноки готовиться к ратным подвигам за Веру».

Чтобы привлечь на свою сторону служилых людей, правительство Василия Шуйского принимает новые законы о холопах, которые закрепили крестьян на дворянских землях.

Указ от 9 марта 1608 года продлил срок сыска беглых холопов с 5 до 15 лет.

В 1607 году был принят новый «устав ратных, пушкарских и других дел», на основании перевода на русский язык ряда военных уставов европейских стран.

В этом году царь приобщает к ратному делу своего дальнего родственника князя Михаила Скопина-Шуйского. Он ходил в поход против мятежников под Серпухов, после действовал «за Москвою рекою против воров».

Михаил Скопин-Шуйский возглавил армию в походе на Тулу. «Того же году (1607 год) послал царь Василей под Тулу бояр и воевод на три полки: В большом полку боярин князь Михайло Васильевич Шуйской».