Стремясь оправдать своё предательство, современники Шуйских стали обвинять их в корыстолюбии и других тяжких преступлениях. Особенно усилился поток клеветы после утверждения в России новой династии Романовых, представители которой желали выглядеть на фоне угасшей династии Рюриковичей, настоящими спасителями отечества.
Заступиться за Шуйских было не кому, ведь княжеский род угас. Искажённые данные о представителях этого рода, и особенно о правлении царя Василия Шуйского, попали в учебники. Шуйских стали считать главными представителями боярской реакции, противниками царской власти.
Все это не соответствует истине, хотя никто не собирается идеализировать князей Шуйских. Принадлежа к высшей знати, потомки Суздальско-Нижегородских князей, обладали всеми пороками боярской среды, так как сами формировали идеологию боярства. В тоже время они являлись надёжной опорой центральной государственной власти, способствуя укреплению Русского государства.
Род Суздальско-Нижегородских князей, несмотря на то, что к середине XVII века уже угас, попал в «Государев родословец», в котором были указаны все ветви этой фамилии.
После многие известные генеалоги, в своих работах, показывали росписи всех ветвей рода князей Шуйских. Это князь Пётр Владимирович Долгоруков (1816–1868), князь Алексей Борисович Лобанов-Ростовский (1824–1896), Пётр Николаевич Петров (1827–1891).
В «Родословной книге князей и дворян российских и выезжих», более известной под названием «Бархатной книги», родоначальником Суздальско-Нижегородских князей показан князь Андрей Ярославич Суздальский.
В «Российской родословной книге» князя П. В. Долгорукова, родоначальником рода Суздальско-Нижегородских князей указан князь Андрей Александрович, сын князя Александра Невского. Такого же мнения придерживался известный русский историк Сергей Михайлович Соловьёв (1820–1879), автор многотомной «Истории России с древнейших времён».
Свою версию происхождения Суздальских князей Пётр Владимирович Долгоруков, знакомый с некоторыми родословными книгами, в которых родоначальником считается младший брат Александра Невского — Андрей, аргументирован тем, что в грамоте избрания на царство Василия Шуйского сказано, что царь происходит от Святого князя Александра Невского. «Кому же лучше знать своё происхождение как не князьям Шуйским»: — писал Пётр Долгоруков.
На ошибку князя П. В. Долгорукова указал генеалог Пётр Петров, который помимо русской ветви князей Шуйских, в своём труде, указал разрозненных представителей польских Шуйских, при этом считая польскую ветвь самостоятельным родом.
Подобную путаницу в определении родоначальника рода, исследователи не распутали до сих пор.
Доподлинно известно лишь одно, что они Рюриковичи и потомки великого князя Ярослава Всеволодовича, ставшего старейшим князем в Северо-Восточной Руси после монголо-татарского нашествия. От него происходят князья Ростовские и Белозерские, Московские, Тверские и Суздальские. Его старшим сыном был Святой Александр Невский предок Московской великокняжеской и царской династии.
От Александра Невского выводили свой род и князья Шуйские, потомки Суздальско-Нижегородских удельных князей. По крайней мере, об этом заявлял царь Василий IV Шуйский.
Однако, исследователям эта попытка приписать свой род в Александру Невскому кажется особым политическим ходом царя Василия IV, пытавшимся обосновать свои особые права на русский престол. Угасшая Московская династия, так же выводила свой род от князя Александра Невского, от его младшего сына Святого князя Даниила.
Василий IV называл своим родоначальником среднего сына Александра Невского — удельного князя Андрея Городецкого. Тем самым Шуйские ставили свой род выше Московских царей.
На самом деле, по мнению многих историков, род Суздальских князей произошёл от младшего брата Александра Невского — князя Андрея Ярославича.
Такой точки зрения придерживались историки Н. М. Карамзин, П. Н. Петров, авторитетный исследователей генеалогии русских князей А. В. Экземплярский.
Их оппонентами выступили князь Пётр Долгоруков, С. М. Соловьёв предложившие выводить род Суздальских князей от Андрея Александровича Городецкого.
На сегодняшний день единого мнение историков по вопросу происхождения Суздальских князей нет. Одни называют родоначальником князя Андрея Ярославича, другие — князя Андрея Александровича.
Сторонники версии происхождения Шуйских от Андрея Александровича основывают свои выводы на летописных данных и сведениях синодиков.
Известно, что у князя Александра Ярославича Невского в браке с княжной Александрой Брячиславной Полоцкой было 4-ро сыновей и дочь Евдокия, ставшая супругой князя Константина Ростиславича Смоленского.
Сыновья Александра Невского — Василий (умер 1271), Дмитрий (1250–1294), наследовал Переславль-Залесское княжество и занимал великокняжеский престол во Владимире, Андрей (умер 1304), получивший Кострому, Городец и Даниил (1261–1303), ставший Московским удельным князем.
Старший из сыновей Александра Невского — Василий княжил в Новгороде и не оставил потомства.
Второй сын — Дмитрий был старшим князем в Северо-Восточной Руси, его дети, не имея наследников, передали свои владения дяди Даниилу Московскому.
Третий из сыновей Александра Невского — Андрей получил в удел Городец. Впоследствии он долго боролся со старшим братом и племянниками за великокняжеский титул и дважды добивался Владимира, где княжил в 1281–1284 и 1293–1304 годах.
В 1294 году, утвердившись на великокняжеском престоле во Владимире, Андрей Александрович женился на Ростовской княжне Василисе Дмитриевне, дочери Ростовского, Белозерского и Угличского князя Дмитрия Борисовича (1253–1294). Очевидно, это был его второй брак. Видимо, первый раз князь Андрей женился в 1271 году, но имя его первой супруги в летописях неизвестно. Он умер 27 июля 1304 года, пережив всех своих братье, и был захоронен в Городце.
О его семье сохранилось мало сведений. Известен его сын Борис, княживший в Костроме, умер 25 февраля 1303 года, по другим данным 26 февраля 1303 года. Очевидно, Борис был сыном князя Андрея от первого брака, так как на момент смерти был самостоятельным князем.
Вторым сыном Андрея Городецкого был Михаил, так же, видимо, рождённый в первом браке. Он упоминается в летописях в 1303 году.
Ростовский соборный синодик называет женой Андрея Городецкого некую Евдокию и их сыновей Бориса и Михаила и не упоминает о сыне Василии Андреевиче, реальном родоначальнике Суздальских князей.
Князь Михаил Андреевич княжил в Городце и, очевидно, умер к 1311 году, не имея потомства. После чего в Городецком уделе смог закрепиться брат князя Юрия Московского (умер 1325) — Борис, перенесший столицу удела в Нижний Новгород.
Несомненно, Суздальско-Нижегородские князья являлись потомками князя Андрея Ярославовича Суздальского. Об этом хорошо знали князья Шуйские, это зафиксировано в документах XIII–XV веков. Однако вступив в борьбе за трон и стремясь ещё более возвысить свой род, князья Шуйских, объявили своим родоначальником второго сына Александра Невского, князя Андрея Городецкого, что делало их старшей ветвью по отношению к Московским князьям, происходившим от младшего сына Александра Невского — князя Даниила.
Объяснение такому поступку дал в своём исследовании о роде Шуйских — Глеб Владимирович Абрамович. Он отметил, что в период неограниченного господства на Руси татар при получении ярлыка на великое княжение генеалогия князей не имела особого значения. Так Андрей Ярославич Суздальский по воле хана стал великим князем в обход своего старшего брата Александра Невского. Но после поражения в борьбе с князьями Московскими, за главенство на Руси, и потерей суверенных прав, положение князей Шуйских изменилось. Они, используя своё высокое положение, изменяют свою генеалогию. С тех пор ложная родословная попадает во многие издания. Хотя и без приукрашивания своей генеалогии князья Шуйские после пресечения династии Московских князей являлись единственными законными претендентами на русский трон. Северо-Восточная Русь, это удел потомков великого князя Всеволода Юрьевича Большое Гнездо, прозванного так из-за большой семьи. У великого князя было 12 детей, в том числе 8 сыновей. Трое из них оставили значительное потомство. Старший — князь Константин Всеволодович (1185–1218), носивший титул великого князя и умерший ещё до монголо-татарского нашествия, стал родоначальником Ростовских и Белозерских князей. От младшего — князя Ивана Всеволодовича (1198–1247), пошли Стародубские князья. Средний — князь Ярослав Всеволодович (1190–1246), стал родоначальником Московских, Суздальских, Тверских и Галич-Мерских князей.
