Исключение для Шуйских, несомненно, было сделано в виду их знатного происхождения, близкого родства с правящей династией. На протяжении прошедших лет Шуйские возглавляли московское правительство и являлись воспитателями Ивана IV Грозного. И ещё Шуйские были тесно связаны с опричной средой.

В 1575 году князья Василий и Андрей Ивановичи Шуйские были пожалованы богатыми вотчинами, ранее принадлежавшими родственникам царицы Анны Алексеевны Колтовской, четвёртой супруги Ивана IV, отправленной им в монастырь, в новгородской Шелонской пятине.

Это обстоятельство, двойственного положения, нахождения в земщине и связь с опричниной, проведение гибкой политики позволило Шуйским избежать опалы и сохранить не только свои жизни, имущество, но и свои позиции во власти. Хотя царь продолжал начатою еще в 1570–1571 годах, казнями князей Михаила Темрюковича Черкасского, родного брата своей второй жены, и князя Афанасия Ивановича Долгова-Вяземского, одного из организаторов опричного войска, политику расправы над опричными лидерами.

В 1575 году были казнены другие видные опричники: Дмитрий Андреевич Бутурлин, Никита Васильевич Борисов-Бороздин, князь Даниил Андреевич Друцкой, Протасий Васильевич Юрьев, дьяк Осип Ильин, дети убитого Шуйскими дьяка Фёдора Мишурина — Семён и Иван.

В 1575 году Иван IV Грозный задумал новую политическую игру, возвёл на царство татарского царевича Симеона Бекбулатовича, а для себя выделил особый удел.

Страна была разделена на три части. Великое княжество Симеона Бекбулатовича, царство Ивана IV и удел «Иванца Московского».

Себе в «удел» Иван IV включил: Старицу, Псков, Порховский уезд, Дмитров, Ржев, Зубцов, Двинский уезд и Шелонскую пятину.

На службу в удел сразу же перешли князья Шуйские. Прежде всего, князь Василий Иванович Шуйский, будущий царь, со своими младшими братьями. Они находились в царской свите, а князь Иван Петрович Шуйский, получивший должность удельного воеводы, фактически возглавил удельную Думу.

Шуйские продолжали цепко держаться за власть, находясь в числе ближайшего царского окружения. Более того царь, в преддверии новых военных действий в Ливонии, стремился добиться поддержки знати, и в первую очередь князей Шуйских.

В 1577 году князь Василий Фёдорович Скопин-Шуйский был пожаловал боярским чином. Это было последнее пожалование боярством. В 1578–1579 годах состав Боярской думы не пополнялся.

В последующих военных действиях в Ливонии Шуйские приняли самое непосредственное участие, став настоящими героями этой войны. Достаточно вспомнить героическую оборону Пскова от польско-литовского войска, способствовавшую заключению спасительного для России мира.

Осенью 1580 года царь женится в седьмой и последний раз. Его избранница Мария Фёдоровна Нагая (умерла 20.07.1612), представительница древнего боярского рода, перешедшего на московскую службу из Твери. На царской свадьбе присутствовали все князья Шуйские.

Однако незадолго перед кончиной Ивана IV Шуйские всё же подверглись опале.

В 1582/83 году Василий Иванович Шуйский был выдан на поруки своим братьям, а герой обороны Пскова, князь Иван Петрович Шуйский был отослан наместником в Псков. Точных данных о причинах опалы нет.

Историк Руслан Григорьевич Скрынников предположил, что опала могла быть вызвана тем, что молодой, честолюбивый князь Василий Шуйский, отличающийся своей изворотливостью и умом, обратил на себя внимание царя. Словом, попался под горячую руку.

Однако опала не была суровой и продолжительной. Шуйских возвратили ко двору. Причиной тому могла быть только верная служба всех ветвей рода Суздальских князей, преуспевших в годы опричнины и Ливонской войны.

С 18 на 19 марта 1584 года умирает царь Иван IV Васильевич.

Шуйские в годы опричнины

В середине 60-х годов XVI века в стране была учреждена опричнина, особое политическое течение в государственном управлении. Считается, что опричнина была следствие обострившейся борьбы между монархом и знатью. Сюда, следует, добавить личных амбиций царя, маниакально боявшегося измены.

3 декабря 1564 года царь с семьёй выехал из Москвы в село Коломенское, якобы на богомолье, но при этом прихватил с собой казну. К тому же государь не уполномочил кого-либо из бояр «ведать» столицей в его отсутствии, как было ранее. Своей новой резиденцией царь избрал Александровскую слободу.

3 января следующего года Иван IV Грозный объявил, что слагает с себя монаршие полномочия в пользу старшего сына царевича Ивана Ивановича, по причине «гнева» на бояр и иных царских слуг. Царь прямо обвинил бояр в измене и посягательстве на свою жизнь.

Решение государя вызвало вспышку народного гнева в отношении бояр. Думцам, оказавшимся между двух огней, пришлось отправить в Александровскую слободу делегацию просить царя вернуться на царство.

Иван IV только этого и ждал. Он заставил себя умолять.

Царь, приняв решение не оставлять престола, потребовал от бояр и духовенства выполнить его условия. Церковь должна была отказаться «печаловаться» за опальных, а монарх иметь возможность судить и карать неугодных слуг и бояр, своей единоличной власть.

Ещё царь потребовал для себя «опричь» государственных земель особый удел, которым бы ведал единолично без влияния Боярской думы.

Таким образом, государство оказалось разделённым на «земщину», управляемую по старине и «опричнину», контролируемую лично царём.

Когда все царские условия были приняты, Иван IV Грозный отпустил делегатов в Москву с наказом управлять своими приказами «по прежнему обычаю». В опричных же землях царь создал «Опричный двор».

Царь в Александровской слободе окружил себя верными людьми, как правило, происходившими из низшего слоя служилых людей. Они своим возвышением были обязаны лично монарху, поэтому можно было рассчитывать на их верную службу.

Для Русского государства XVI века было характерно наличие могущественной и сплочённой военно-политической элиты, небольшого клана княжеско-боярских родов на протяжении века, контролировавших все стороны государственного управления.

Пробиться в эту замкнутую касту потомков удельных князей и старомосковского боярства кому-либо было невозможно. В элиту не входили ни провинциальное, ни даже, московское дворянство. Даже большая часть старинных боярских и княжеских фамилий не попала в состав высшей знати.

В среде аристократии утвердилась система местничества, что закрепило за наиболее знатными фамилиями исключительное право потомственно занимать высокие военные и административные должности. При этом знать ревностно следило за соблюдением своих привилегий, не допуская ни каких посягательств на свою власть.

Это никак не устраивало Ивана IV Грозного. В его опричных владениях всё было по-другому.

Среди приближённых царя появились совсем незнатные люди, которых он противопоставил родовой аристократии, предоставив право расправы над боярством. Схватка между ними была жестокой. Многие родовитые люди были казнены, а их имущество конфисковано. Угасло несколько старинных фамилий, в том числе князья Горбатые-Шуйские. Был нанесён мощный удар по другим знатным родам. Знать лишилась большей части родовых вотчинных земель, отобранных царём к себе в опричнину получив в виде компенсации скудные владения в других частях страны, с которыми аристократия не была связана.

Огромная опасность нависла над многими боярами. Ни какая слава предков, ни личные заслуги не гарантировали безопасность.

Царь «перебирал людишек», натравливая на бояр неродовитое «отребье». Чтобы ещё более унизить родовое боярство монарх стал раздавать думские чины своим приближённым и назначать их на ответственные посты. Так думным дворянином стал царский любимец Малюта Скуратов.

Первыми жертвами опричнины стали князь Александр Горбатый-Шуйский и его сын Пётр, окольничий Пётр Петрович Головин и другие.

Однако в целом клану Шуйских князей удалось относительно благополучно пережить эти грозные годы. Кроме рода князей Горбатых более никто из потомков Суздальских князей не пострадал.