Как повествует Николай Карамзин: «… истинные виновники бунта, подстрекатели черни, Князь Скопин-Шуйский с клевретами обманулись, если имели надежду, свергнув Глинских, овладеть Царем».

С этим утверждением можно не согласиться. Заговорщики через народное возмущение добились главного, ликвидировали власть князей Глинских, которые больше не имели никакого влияния в Думе и были удалены от царского двора.

Как известно Юрий Глинский был убит, а его брат Михаил вскоре был лишён царём звания конюшенного боярина, дававшего ему право считаться первым в Боярской думе и возглавлять царское правительство.

Опасаясь за свою жизнь, князь Михаил Васильевич Глинский предпринял попытку бежать в Литву, но был задержан посланным в погоню князем Петром Шуйским. Этот необдуманный поступок ещё больше отдалил Глинского от Двора, сделав его в Думе второстепенной фигурой.

Начальный период правления Иван IV характеризуется историками, как время преобразований и мирного государственного строительства, когда молодой царь управлял страной, опираясь на круг верных и образованных царедворцев, названных позднее князем Андреем Курбским «избранной радой».

В состав Боярской думы царём вводятся, помимо родственников молодой царицы Юрьевых-Романовых, новые, наделённые монаршим доверием люди: Иван Иванович Хабар, Фёдор Адашев, князь Михаил Иванович Кубенский, князь Дмитрий Иванович Курлятев, ставшие активными членами царского кружка, «избранной рады».

Шуйских среди приближённых царя нет, за исключением, может быть, князя Александра Борисовича Горбатого, активно сотрудничавшего с кружком царских любимцев.

В июле 1550 года в состав Боярской думы был включён князь Пётр Иванович Шуйский, будущий герой обороны Пскова. Значительной политической роли князь Пётр Иванович не играл. Он был опытным воеводой и часто находился с войсками на окраинах государства.

И если в проводимых Иваном IV административных реформах потомки Суздальских князей не принимали большого участия, то в проведение успешной военной политики, они внесли ощутимый вклад.

Так в покорении Казанского ханства особо отличился князь Александр Горбатый. Князь Пётр Шуйский в Казанском походе был первым из пяти воевод Свияжска, русского форпоста в казанской земле.

Политическая активность Шуйских проявилась в тревожное для страны время. В момент тяжёлой болезни царя.

Неожиданно Иван IV «занемог сильною горячкою» и впал в беспамятство. Положение стало настолько критическим, что все ожидали скорой смерти царя.

Наследником престола являлся старший царский сын — Дмитрий Иванович, поэтому ввиду болезни царя, часть бояр решила «великодушно устроить судьбу Государства».

Было предложено, не дожидаясь смерти Ивана IV, привести высших сановников к присяге царевичу Дмитрию. Часть бояр выступила против такого политического демарша.

Этому особенно воспротивились князь Владимир Андреевич Старицкий, князь Иван Михайлович Плетень Шуйский и окольничий Фёдор Адашев.

После свою позицию они изложили в объяснении царю. «Тебе, Государю, и сыну твоему мы усердствуем повиноваться, но не Захарьиным-Юрьевым, которые без сомнения будут властвовать в России именем младенца бессловесного. Вот что страшит нас!».

Предвидя узурпацию власти родственниками малолетнего царевича, князья Шуйские не побоялись открыто выступить против такого политического хода худородных Юрьевых-Захарьиных, рвавшихся во власть, и уже сколотивших в Думе большой блок своих сторонников.

Не для того Шуйские боролись с царскими родственниками князьями Глинскими, чтобы безропотно отдать власть в руки другой царской родни.

С началом Ливонской войны значение Шуйских как опытных воевод возрастает.

Начальный этап Ливонской войны был удачным для России. Русской армии удалось разгромить Ливонский орден и занять значительные территории в Прибалтике.

Князья Шуйские отличились в завоевании Дерпта и во многих других сражениях в Прибалтике.

Положение изменилось к 1563 году. Новое царское опричное окружение: боярин Алексей Басманов, сын его, кравчий Фёдор, князь Афанасий Вяземский, Василий Грязной, Малюта Скуратов-Бельский, теряя доверие Ивана IV, поскольку оказалось не способным противостоять внешним врагам, для упрочения своего положения, стало искать врагов внутри государства.

В этом году в результате доноса, по обвинению в заговоре против царя, подвергся опале князь Владимир Андреевич Старицкий. Начались гонения на бояр, сторонников Старицких.

«Ужас, наведенный жестокостями Царя на всех Россиян, произвел бегство многих из них в чужие земли».

Первыми бежали в Литву князь Дмитрий Вишневецкий, «два брата, знатные сановники, Алексей и Гаврило Черкасские», воевода в Дерпте князь Андрей Курбский. Сие без сомнения великое зло произвело еще ужаснейшее. Развратники, указывая Царю на печальные лица важных Бояр, шептали: «Вот твои недоброхоты! Вопреки данной ими присяге, они живут Адашевским обычаем, сеют вредные слухи, волнуют умы, хотят прежнего своевольства».

Был нанесён удар и по Суздальским князьям. В феврале 1563 года были казнены, герой покорения Казани, князь Александр Борисович Горбатый с малолетним сыном Петром, братья Пётр и Михаил Петровичи Головины, родные братья супруги князя Горбатого.

Остальные представители рода Суздальских князей избежали опалы, во многом потому, что Шуйские были врагами князя Старицкого, и в заговоре не участвовали. Это спасло их от опалы. Однако полностью им не доверяли. Царь не забывал обвинять князей Шуйских в прошлых преступлениях, ставя им в вину убийство князя Телепнёва-Оболенского и участие в перевороте 1542 года.

Более того Иван IV Грозный намеривался отдалить Шуйских от двора. Царь в середине 60-х годов составил первое завещание, в котором своим наследником объявлял своего старшего сына царевича Ивана Ивановича, а младшему — Фёдору Ивановичу выделял удел с городами Суздалем и Ярославлем. Основные владения Шуйских располагались именно в Суздальском уезде, поэтому они должны были перейти на службу в удел царевича Фёдора Ивановича и, следовательно, оставить царский двор.

Таким не сложным политическим решением Иван IV, мог лишить власти и могущества весь клан Шуйских.

1565 год ознаменовался введением в стране «опричнины». Волею царя страна фактически делилась на две части на «опричнину» и «земщину». Создавалось, для борьбы с врагами царя, опричное войско.

В годы опричнины, в отличие от многих знатных боярских и княжеских родов, Шуйские не пострадали. В этот период на политическую сцену выходит новое поколение князей Шуйских, умеющих приспосабливаться к трудным условиям жизни. Они были менее принципиальны, чем их предки и поэтому более успешны. Чтобы обезопасить себя, князья Шуйские начинают тесно сотрудничать с опричниками и не считают для себя зазорным вступать в состав царских опричников, при этом сохраняя тесную связь с земщиной.

В опричнину входит князь Василий Иванович Барбашин-Шуйский. Возможно, был в опричнине, сын казнённого Иваном IV Грозным боярина князя Андрея Михайловича Частокола Шуйского — князь Иван Андреевич, получивший боярство в апреле 1566 года. Он упоминается среди бояр из опричнины в смешанном земско-опричном походе на шведов в 1572 году. Его сын Дмитрий женится на дочери видного опричника Григория Малюты Скуратова.

В 1572 году царь отменил опричнину, но методы управления, практиковавшиеся в прошлые годы, сохранились. Террор в отношении царских слуг был неотъемлемой частью управления страной. По-прежнему Иван IV окружал себя доверенными людьми их простых, предпочитая не допускать к царскому двору родовитых бояр.

Исключение составляли лишь потомки Суздальских князей. Это хорошо было видно во время свадьбы наследника престола, царевича Ивана Ивановича, женившегося на дворянской дочери Феодосии Михайловне Петрово-Солового.

Свадьба состоялась в 1575 году, среди гостей присутствовали только приближённые царя, бывшие опричники. Представители земской знати отсутствовали, за исключением князей Шуйских. На свадьбе присутствовали: князь Иван Петрович Шуйский (умер 1589), князь Василий Фёдорович Скопин-Шуйский (умер 1595), князь Василий Иванович Шуйский (1552–1612), будущий царь, и его братья Дмитрий Иванович и Андрей Иванович. Это единственные представители старой родовой знати.