Внешне он как будто примирился со своей судьбой, но в действительности не оставлял мысли о побеге. В феврале 1576 г., под предлогом поездки на охоту в Санлис, Генрих с небольшой свитой своих приверженцев ускакал по вандомской дороге в Алансон, откуда пробрался в Анжу. В скором времени он отрекся от католичества, в третий раз принял кальвинизм и с этого времени на долгие годы сделался вождем французских гугенотов. Вместе с братом Генриха III, Франсуа, он начал военные действия против короля Генриха III, завершившиеся заключением выгодного мира в Болье.
Жена Генриха, Маргарита, которую он никогда не любил, еще два года жила без мужа в Париже, меняя одного любовника за другим. Наваррский король, впрочем, ничуть не уступал ей количеством любовных приключений. Он вообще был любвеобилен и имел в своей жизни связь со множеством женщин из самых разных сословий. Так, во время парижского плена он несколько лет был увлечен фрейлиной Екатерины Медичи, Шарлоттой де Бон-Самблансе (известной как госпожа де Сов). В 1578 г. Екатерина Медичи привезла Маргариту в Гасконь и восемнадцать месяцев гостила у зятя. Между двумя дворами, по-видимому, произошло полное примирение. Генрих увлекся тогда фрейлиной Маргариты Франциской де Монморан-си-Фоссе (ФоссезоЙ), а с 1582 г. его избранницей на долгие годы стала Диана д'Андуэн, графиня Грамон, прозванная Прекрасною Коризандою. Она стала первою из знаменитых фавориток Генриха. По свидетельству современников, Коризанда, кроме красоты и ума, обладала многими другими достоинствами, и среди них мужеством и бескорыстием. За отсутствием жены (с 1580 г. Маргарита жила в Париже) Коризанда играла роль королевы при наваррском дворе. В 1586 г. Генрих совсем было решил жениться на ней. Но Тюреннь и д'Обиньи, его верные и суровые друзья, умевшие без обиняков говорить нелицеприятные истины, с трудом отговорили его от этого опрометчивого шага. И действительно, к 1589 г. страсть короля к Коризанде охладела.
В это время гражданская война достигла наивысшего ожесточения. Непримиримые католики объединились в Лигу, возглавляемую Генрихом Гизом и его братьями. Под прикрытием религиозной борьбы лигисты начали интриги против Генриха III, стараясь свергнуть его с престола. С каждым месяцем король чувствовал себя в Париже все неуютнее. Наконец, в мае 1588 г. он бежал в Шартр, а в ноябре его телохранители внезапно напали на Генриха Гиза и зарезали его прямо перед кабинетом короля. После этого отчаянного поступка между Генрихом III и парижанами уже не могло быть примирения. Главой Лиги сделался младший брат убитого Гиза, герцог Майенский. Генрих стал искать поддержки у короля Наваррского и, поскольку у него не было своих детей, официально признал его в апреле 1589 г. своим наследником. Оба Генриха соединили свои войска и подступили к Парижу. Осада была в самом разгаре, когда 1 августа фанатик Клеман заколол короля кинжалом.
Гугеноты, осаждавшие Париж, в тот же день провозгласили Генриха Наваррского королем Франции. Но предводители католической части осаждавшей армии не решались безусловно признать его. Они объявили короля Наваррского законным наследником Генриха Ш, но с условием принятия католичества. Парижане избрали королем дядю Генриха IV, старого кардинала Карла Бурбона, но фактически мятежниками продолжал управлять герцог Майенский.
Собственных сил для осады Парижа у Генриха не было. Поэтому он отступил в Нормандию и четыре года вел войну между берегами Сены и Луары. Сначала он подступил к Даэппу. Герцог Майенский преследовал его во главе более многочисленной армии. Генрих занял крепкую позицию между трех рек подле Аркского замка. В течение двух недель происходили непрерывные стычки, а 21 сентября завязался горячий бой, в котором король показал себя отважным воином и заставил герцога отступить, хотя тот и имел втрое больше сил. Генрих двинулся на Париж. 21 октября гугеноты завладели пятью предместьями на левом берегу Сены и разграбили их. Этим успехи Генриха пока ограничились. Он отступил в Тур, который стал для него временной резиденцией. Следующие месяцы были очень важны для короля. Еще прежде он объявил, что гугеноты не получат от него никаких новых прав, кроме тех, которые были определены по договору с прежним королем, и что он готов отдать все религиозные споры на суд церковного собора. Как для гугенотов, так и для католиков это были приемлемые условия. Новый король обладал привлекательной наружностью и приятным характером. На поле боя он пленял своей храбростью, а в мирное время привлекал своим остроумием и своим добродушием, иногда притворным, но всегда любезным. Государственные люди обеих партий все более убеждались из его переписки и из его образа действий, что Генрих одарен дальновидностью и ясным умом, ненавидит партийные интриги и умеет «одной рукой наносить удары, в то время как другая раздает милостыни», отличается благородством идей и твердостью характера. Французскому народу, утомленному долгими десятилетиями междоусобий, он представлялся именно тем человеком, который сумеет восстановить внутреннее спокойствие.
Весной 1590 г. Генрих подошел к Дре. Герцог Майенский, желая освободить эту крепость от осады, вступил под Иври в бой с королем. По словам Мартена, Генрих бросился в битву с отвагой средневекового рыцаря. В короткий срок армия герцога была рассеяна, и королевские войска преследовали ее до самой ночи. Генрих истребил всю пехоту католиков, до 1000 человек конницы и завладел большей частью их артиллерии. Сам глава Лиги бежал без свиты в Мант. Этим сражением был предрешен исход войны. Герцог не решился возвратиться в Париж. Старый кардинал Бурбон вскоре умер, и у католиков не осталось никого, кто мог бы занять его место. Однако военные действия продолжались еще несколько лет. Генрих подступил к Парижу и начал новую осаду. Вскоре в городе стал свирепствовать голод. Если бы не помощь извне, горожанам пришлось бы на этот раз сдаться. Но испанский король Филипп II, внимательно наблюдавший за ходом дел во Франции, двинул на помощь католикам всю нидерландскую армию. В августе герцог Пармский доставил в Париж продовольствие и принудил короля снять осаду. В 1591 г. Генрих получил значительную денежную помощь от английской королевы Елизаветы, набрал наемников и стал повсюду теснить католиков. Были взяты Мант, Шатр и Нойон.
В Манте король впервые увидел Габриэль д'Этре, которая сделалась на несколько лет его новой возлюбленной. Впрочем, пишут, что Генрих не сразу добился от нее взаимности. Заметив ухаживания короля, Габриэль уехала из Манта в Пикардию, в замок Кевр. Невзирая на военное время и на то, что лес, окружавший Кевр, был наполнен вражескими пикетами, влюбленный Генрих с пятью товарищами поскакал за ней вслед. Переодевшись крестьянином, с охапкой соломы на голове, он вновь явился перед своей возлюбленной, но та с презрением прогнала его прочь. Тогда Генрих изменил тактику и устроил брак Габриэли с пожилым вдовцом де Лианкуром, которого потом удалил под благовидным предлогом. Габриэль, наконец, сдалась, но была для короля не очень верной подругой.
Тем временем война продолжалась. В 1592 г. Генрих осадил Руан, считавшийся одним из оплотов католической Лиги. Чтобы спасти столицу Нормандии, герцог Пармский во второй раз вторгся во Францию из Нидерландов. Однако до решительного сражения с испанцами опять не дошло. Генрих отступил от Руана, но сохранил сильные позиции в других местах. Было очевидно, что военным путем ни одна из партий не сможет добиться победы. В 1593 г. герцог Майенский созвал в Париже Генеральные Штаты для избрания нового короля-католика. С самого начала депутаты были в большом затруднении: Генрих оставался единственным законным претендентом на престол. Противопоставить ему можно было только дочь Филиппа II Изабеллу (по матери она приходилась внучкой Генриху II). Среди депутатов инфанта имела немало сторонников, но даже самые рьяные из них отдавали себе отчет в том, что поставить во главе Франции женщину, и к тому же испанку, будет нелегким делом. Между тем Генрих поспешил выбить почву из-под своих врагов, объявив 23 июля о переходе в католичество. Надо полагать, он решился на этот шаг не без колебаний, хотя едва ли они носили религиозный характер. Он был достаточно трезвым политиком и достаточно закоренелым вольнодумцем, чтобы, выбирая между вопросами веры и политическими выгодами, предпочесть первые вторым. На упреки своих приверженцев король, по-видимому, шутливо, но на самом деле вполне серьезно отвечал, что «корона Франции стоит католической литургии» (или в другом переводе: «Париж стоит мессы»). И это было его искреннее мнение. Сомнения вызывали другие соображения: сделается ли он сильнее от перемены религии, останутся ли ему верны прежние сторонники-гугеноты и готовы ли примириться с ним старые враги-лигисты.
