Первоначальной официальной советской реакцией на инцидент было полное отрицание самого факта уничтожения самолета. По заявлению ТАСС, советские истребители попросту «пытались довести сбившийся с курса самолет до ближайшего аэродрома». Смущение в Москве было настолько велико, что на протяжении трех дней ни советское посольство, ни резидентура КГБ в Лондоне (и, вне всякого сомнения, в других столицах) не получили никаких указаний по объяснению инцидента. Затем, 4 сентября из Центра одна за другой поступили три телеграммы-молнии, а в посольство — из МИДа.

В первой телеграмме указывалось, что самолет рейса КАЛ—007 использовался рейгановской администрацией, чтобы подстегнуть антисоветскую истерию. Кампания эта была настолько злобной, указывал Центр, что резидентура получила инструкцию координировать свою деятельность с послом, представителями ГРУ и партийных органов для того, чтобы защитить советских представителей и здания, морские и воздушные суда от возможного нападения. Во второй и третьей телеграммах содержались «тезисы активных мер», в которых предлагалось свалить вину за инцидент на американцев и корейцев. Центр извещал, что Соединенные Штаты и корейская авиакомпания поддерживали тесные военные разведывательные связи. Таким образом, следовало заявить, что рейс КАЛ—007 выполнял разведывательную задачу над советской территорией. Позднее эта история обросла множеством фальшивых докладов о том, что капитан корейского воздушного судна Чон Бен Ин и раньше хвастался своим друзьям выполнением разведывательных заданий и даже показывал шпионское оборудование, установленное на его самолете. Ни в одной из телеграмм Центра, отправленных 4 сентября, не признавалось прямо, что советский перехватчик сбил самолет КАЛ—007, хотя это и подразумевалось. В них также не сообщалось о том, знали ли советские ВВС о том, что нападали на гражданское воздушное судно.

Через 2—3 дня из Центра пришло еще две телеграммы с тезисами «активных мер». В них указывалось, что американцы и японцы поддерживали радиообмен с КАЛ—007 во время его вторжения в советское воздушное пространство. Сообщалось также, что пилоты корейского самолета прекрасно знали, где они находятся. Приводилось ложное сообщение о том, что во время радиообмена пилот заявил: «Сейчас мы пролетаем над Камчаткой». Чтобы еще более разработать эту теорию заговора, Центр приказал резидентурам собрать информацию о пассажирах рейса и, по возможности, выявить там сотрудников западных разведслужб. 9 сентября на двухчасовой пресс-конференции в Москве начальник генерального штаба Советских Вооруженных Сил маршал Николай Огарков заявил, что советская государственная комиссия «неопровержимо доказала, что вторжение самолета южнокорейской авиакомпании в советское воздушное пространство было намеренной, тщательно спланированной разведывательной акцией, исходившей из известных центров на территории Соединенных Штатов и Японии.»

Все советские дипломаты и сотрудники КГБ, с которыми Гордиевский обсуждал это дело, печально говорили о серьезном ущербе, нанесенном репутации Советского Союза во всем мире. Лишь немногие верили официальному советскому объяснению этого инцидента. Многие считали его смехотворным.

Центр чуть не задохнулся от ярости, когда 18 сентября, во время своего визита в Лондон, главный редактор газеты «Правда» В.Г. Афанасьев дал интервью Би-Би-Си, в котором поставил под сомнение официальную версию. «Не могу сказать, что я был очень доволен нашими первыми сообщениями, — сказал Афанасьев. — Я думаю, что в этом отношении наши военные виноваты. Наверное, произошел какой-то сбой, может быть, они сами неточно представляли себе, что произошло…» Лондонская резидентура получила из Центра телеграмму-молнию с запросом полного текста интервью Афанасьева. Машинистка КГБ начала расшифровку записи, сделанной дежурным по посольству, но не успела закончить ее до конца рабочего дня. На следующее утро пришла вторая телеграмма-молния из Центра, требуя немедленного представления текста интервью. Машинистка спешно закончила свою работу.

Вскоре после инцидента администрация Рейгана почувствовала на себе то, что Генри Е. Катто-младший, помощник министра обороны, позже называл «радость фарисейства». «Проявила себя „империя зла“ наконец», — говорили в Белом доме. Рассерженно помахивая разведсводкой, госсекретарь Джордж Шульц заявил, что утром 1 сентября советский пилот, вне всякого сомнения, знал, что КАЛ—007 был гражданским судном, и, тем не менее, хладнокровно сбил его. Президент Рейган пошел на беспрецедентный шаг и в телепередаче разрешил дать кусок перехваченной записи радиообмена советского пилота с наземной службой для того, чтобы подтвердить этот факт: «Пилот никак не мог ошибиться и принять гражданский самолет за что-нибудь еще». Во время аудиовизуальной презентации в ООН посол Джин Киркпатрик дала прослушать аудитории дополнительные выдержки записи, сделанной средствами электронной разведки. Надо сказать, что запись, хоть и произвела большое впечатление, представлена была очень осторожно и выборочно. В переводе, подготовленном для Генеральной Ассамблеи, советские ругательства опускались. Даже восклицание: «Елки-палки!», исходившее из уст советского пилота перед пуском ракет, в английском переводе скорее напоминало: «Батюшки!». Целью этого театрализованного экзерсиса, по словам самой же Киркпатрик, было продемонстрировать «тот факт, что насилие и ложь стали обычным инструментом советской политики». Увы, не в последний раз рейгановская администрация испортила все дело слишком долгими разбирательствами. На закрытом заседании сенатского комитета по иностранным делам прозвучало мнение аналитиков АНБ о том, что советский пилот действительно не знал, что перед ним гражданский самолет. Постепенно акцент во всем этом деле сменился с советской ответственности за смерти 269 пассажиров и экипажа на достоверность американского обвинения. Пытаясь защитить свои обвинения в намеренном и хладнокровном убийстве, официальные представители американской администрации начали говорить все более сбивчиво и туманно.