Несмотря на публичные похвалы, которыми Кремль щедро одаривал Насера, в середине шестидесятых годов его непомерно разросшийся авторитет непобедимого героя арабского мира вызывал скрытую насмешку как в Московском центре, так и за его стенами. Присвоение в 1964 году высшей награды СССР — звания Героя Советского Союза, которое никогда ранее не присваивалось иностранцу, — Насеру и начальнику его Генерального штаба было одним из обвинений, выдвинутых против Хрущева на заседании Президиума, который отправил его в отставку. Вручение Насеру этой награды породило целую серию анекдотов и куплетов, которые были весьма популярны в Центре. Несмотря на популярность частушек про Насера, Центр в шестидесятых годах был глубоко, даже слишком глубоко уверен в росте советского влияния на Ближнем Востоке. «Соотношение сил», похоже, медленно, но верно складывалось не в пользу Запада. Два основных прозападных режима — монархии в Иордании и Саудовской Аравии — испытывали серьезное давление со стороны антизападного арабского национализма. В Кремле, в Центре и среди высшего военного руководства было широко распространено мнение, что благодаря советской военной технике и боевой подготовке египетские вооруженные силы буквально переродились. Ожидалось, что при поддержке Сирии и Иордании Египет добьется крупных успехов в войне с Израилем. Однако против такой точки зрения было высказано серьезное возражение. В апреле 1967 года Египет посетил Николай Григорьевич Егорычев, который доложил, что и Египет, и Сирия нуждаются в гораздо более широкой военной помощи СССР для того, чтобы успешно противостоять Израилю. Но на его доклад никто не обратил внимания. В то время, как отношения между Египтом и Израилем становились все более напряженными весной 1967 года, разведдонесения, которые Шараф представлял Насеру, основывались на оптимистических оценках Центра о «соотношении сил».

Третья арабо-израильская война, начавшаяся с внезапного нападения Израиля, предпринятого в 8 часов 45 минут утра по каирскому времени в понедельник 5 июня 1967 года, продолжалась шесть дней. Исход войны фактически определился в течение первых трех часов, когда в результате налетов израильской авиации на земле было уничтожено 286 из 340 египетских боевых самолетов, и египетская армия осталась без воздушного прикрытия в последовавших за этим наземных сражениях на Синайском полуострове. До 4 часов дня 5 июня генералы Насера не осмеливались доложить ему, что его воздушные силы уничтожены. Когда же он узнал об этом, то заявил, что израильтян, видимо, поддерживают американские и английские самолеты. В начале боевых действий на Синайском полуострове у египтян было столько же танков, сколько у Израиля, а в живой силе у Египта даже было превосходство. За четыре дня боев египтяне потеряли 700 танков и 17.000 солдат, которые были убиты или захвачены в плен. Насер объявил об уходе в отставку, но многомиллионные демонстрации египтян, для которых он все еще был олицетворением арабского национализма, убедили его остаться на посту президента.

За пределами арабского мира военные «успехи» Египта и союзной Сирии вызывали насмешки, которые умело подогревала израильская пропаганда, распространявшаяся о трусости арабов в бою. Египетских военнопленных фотографировали в нижнем белье на фоне неповрежденных советских танков и в других мало героических позах. Официально Кремль встал на сторону арабов, осудил империалистическую агрессию и порвал дипломатические отношения с Израилем (о чем позже ему пришлось пожалеть). В частном же порядке некомпетентность арабских вооруженных сил подвергалась резкой критике и высказывалось возмущение по поводу того огромного количества советской военной техники, которая была захвачена израильтянами. Несмотря на то, что продолжали существовать теории сионистского заговора, Гордиевский отмечал, что многие в Московском центре хотя и нехотя, но с восхищением отзывались о победах израильтян и признавали, что арабам никогда не сравняться с ними по военному мастерству и храбрости.

Поражение Египта в шестидневной войне поставило Кремль перед альтернативой: или сократить затраты, или перестроить арабские вооруженные силы. Был выбран второй путь. Начальник советского Генерального штаба маршал Матвей Захаров вместе с президентом Подгорным отправился в Египет и остался там, чтобы давать рекомендации по реорганизации и переоснащению египетской армии. Со временем число советских советников в Египте превысило 20.000 человек. Отчаянно пытаясь вернуть себе славу героя арабского мира, Насер в обмен на советскую помощь был готов идти на большие уступки, чем накануне шестидневной войны. Одной из политических целей Москвы стало создание военных баз в Египте и в меньшей степени в Сирии, Ираке и Алжире. Значительно расширилось присутствие советских военно-морских сил в Средиземноморье после того, как были созданы базы материально-технического обеспечения в египетских портах Александрия, Порт-Саид, Мерса-Матрух и Эс-Саллум, в иракском порту Умм-Каср и в Адене в Народной Демократической Республике Йемен (Южный Йемен). В 1970 году по просьбе Насера для укрепления противовоздушной обороны Египта были созданы советские авиабазы, на вооружении которых находились зенитные комплексы SAM—3 и самолеты с русскими экипажами.

Арабист из ПГУ Борис Бочаров, сотрудник линии Н (поддержка нелегалов) в Каире, рассказывал Гордиевскому, что он перешел в линию ПР, чтобы контролировать «чрезвычайно важного агента в египетском аппарате, который предпочитает говорить по-арабски». Успехи в вербовке, достигнутые под руководством Сергея Михайловича Голубева, резидента в Каире с 1966 по 1970 год, способствовали его стремительному росту по возвращении в Москву. В Центре нередко можно было услышать шутку о «Египетской Советской Республике». Внедрение КГБ в египетский государственный аппарат достигло к тому времени наивысшей точки.

Однако огромные средства, которые Советский Союз вкладывал в Египет, не были подкреплены надежным фундаментом. Приток советских советников лишь углубил разрыв между советским и египетским обществом. Русские и египтяне практически не дружили семьями. Из пятнадцати тысяч арабов, которые обучались в конце пятидесятых и в шестидесятых годах в США, примерно половина вступила в смешанные браки с американскими гражданами. Но никто никогда не слышал, чтобы какие-то браки заключались между советскими советниками и арабскими женщинами.