В отличие от Надя в 1956 году, Дубчек дал ясно понять, что его правительство не собирается выходить из Организации Варшавского Договора или отказываться от социализма, но, как совершенно правильно рассчитала Москва, «социализм с человеческим лицом», за который ратовала Прага, рано или поздно нанесет непоправимый ущерб руководящей роли Коммунистической партии.

Первым крупным последствием «Пражской весны» в Московском центре стало снятие запрета на шпионскую деятельность КГБ в странах народной демократии. Главный советник КГБ в Праге генерал Котов получил от реакционно настроенного главы СТБ Йозефа Хоуски фотокопии личных дел всех его офицеров. Прогрессивный министр внутренних дел генерал Йозеф Павел был в «черном списке» КГБ, но комитету удалось завербовать его заместителя Вильяма Шалговича. В течение какого-то периода во время «Пражской весны» Шалгович жил на вилле Хоуски и мог регулярно встречаться с сотрудниками КГБ, не привлекая внимания сторонников Дубчека из Министерства внутренних дел. Ян Бокр, высокий чин в Министерстве внутренних дел, также завербованный КГБ, предоставил КГБ возможность прослушивать телефонные разговоры в министерстве. Прослушивающая аппаратура была установлена также в домах ведущих реформаторов. Полученные таким образом сведения были использованы после вторжения войск Варшавского Договора для того, чтобы арестовать сотрудников СТБ и других граждан, преданных режиму Дубчека.

Центр также направил в Чехословакию под видом западных туристов около тридцати нелегалов, проживающих на Западе. Среди них был и брат Гордиевского — Васильке Антонович Гордиевский, разъезжавший с западногерманским паспортом. Чехословацкие «революционеры», как полагал Центр, будут более откровенны насчет своих подрывных планов с теми, кого они принимают за выходцев с Запада, чем со своими соседями по Восточной Европе. Кроме того, дешифровальщики из Восьмого управления поставляли непрерывным потоком данные, полученные при расшифровке чехословацкой дипломатической корреспонденции.

Как часто бывало и раньше, успехи КГБ в сборе информации не подкреплялись должным анализом полученных данных. Из-за своих идеологических шор Центр представлял оппозицию не иначе, как воплощение заговоров и путчей. А за всеми заговорами в Восточной Европе, реальными и воображаемыми, Центру мерещилась рука Запада вообще и западных разведслужб, в частности. По мнению Центра, западная разведка вновь прибегла к помощи сионистских агентов. Агентам КГБ в Министерстве внутренних дел Чехословакии было приказано докладывать обо всех сотрудниках еврейского происхождения. Прекрасно сознавая, что основная масса представленных общественности свидетельств западного заговора была сфабрикована, КГБ в то же время ни на секунду не сомневался в том, что заговор реально существует.

Вновь Центр отвергал все данные, которые не вписывались в его теорию заговора. Часть самой важной информации такого рода поступала во время «Пражской весны» из Вашингтона, где энергичному тридцатичетырехлетнсему начальнику линии КР (внешняя разведка) Олегу Даниловичу Калугину удалось получить доступ к «абсолютно надежным документам», которые подтверждали, что никакого участия ни ЦРУ, ни другие американские ведомства в подготовке чехословацких событий не принимали. Более того, он сообщал, что «Пражская весна» застигла Вашингтон врасплох. Успешная деятельность Калугина в США положила начало его стремительному росту по службе, и шесть лет спустя он стал самым молодым генералом в ПГУ. Но в 1968 году от его донесений попросту отмахнулись. По возвращении в Москву Калугин «был шокирован», узнав, что Центр приказал «никому не показывать мои послания и уничтожить их». Вместо того, чтобы дать ход информации Калугина, «КГБ нагнетал страхи, распространяя слухи, что Чехословакия может стать жертвой агрессии НАТО или переворота.»

Несмотря на то, что Андропов был человеком незаурядным, он, как и все его предшественники, был приверженцем теории заговора. Выступая в октябре 1968 года, то есть через два месяца после ввода советских войск, перед комсомольцами КГБ, он сказал, что «изменение соотношения сил в пользу социализма» неизбежно ведет к попыткам Запада подорвать его успех: «Враг оказывает прямую и косвенную поддержку контрреволюционным элементам, предпринимает идеологические диверсии, создает всевозможные антисоциалистические, антисоветские и другие враждебно настроенные организации, раздувает пожар национализма. Яркое тому подтверждение — события в Чехословакии, где трудящиеся при братской международной поддержке стран социалистического содружества решительно пресекли попытку контрреволюционеров свернуть Чехословакию с социалистического пути».

Тот факт, что западные разведслужбы следили за ходом реформ в Чехословакии, Андропов интерпретировал как доказательство их роли в содействии событиям «Пражской весны». 19 июля «Правда» опубликовала выдержки из плана осуществления «идеологических диверсий» в Чехословакии, якобы разработанного в ЦРУ, в качестве прелюдии к «освобождению Восточной Германии и Чехословакии». Особо подчеркивалось предполагаемое «внедрение в органы государственной безопасности, военную разведку и контрразведку Чехословакии». Хотя сам план был сфабрикован Отделом А ПГУ (ответственным за «активные меры»), тревога Центра по поводу влияния «Пражской весны» на СТБ и его связи с КГБ была неподдельной. В июне министр внутренних дел Павел провел чистку СТБ и заменил Хоуску на сторонника Дубчека. В следующем месяце Павел публично заявил, что к его ведомству прикомандировано шесть офицеров связи КГБ. Если бы «Пражская весна» продолжалась, их дни были бы, несомненно, сочтены. Одновременно в серии статей Карела Каплана, главного эксперта официальной комиссии Пиллера, занимавшейся расследованием политических процессов пятидесятых годов, сообщалось, что «советники» КГБ во время процессов действовали независимо от чехословацких властей. Поговаривали, что Пиллер предупредил партийное руководство, что в докладе его комиссии будут содержаться настолько «шокирующие факты, что их обнародование может серьезно пошатнуть авторитет партии и кое-кого из ее высшего руководства». Хотя публикация доклада была отложена, полагают, что руководство Дубчека, в принципе, согласилось с рекомендацией комиссии о роспуске политической полиции. Премьер-министр Чехословакии Ольдржих Черник позднее утверждал, что опасения Москвы по поводу сокращения партийного влияния в органах госбезопасности и вооруженных силах, которые усугублялись паническими донесениями советских советников, были «последней каплей, переполнившей чашу терпения.»