Самым выдающимся из всех предъявленных Берии обвинений было сотрудничество с британской разведкой. Единственным свидетельством его связи с английской разведкой, представленным на суде, было досье из его личного архива, из которого якобы явствовало, что во время Гражданской войны, в 1919 году, он работал на контрразведку националистического мусаватисткого режима в Баку, то есть в то время, когда этот регион контролировали англичане. Один из следователей по делу Берии признал впоследствии, что в том досье ничего не говорилось «ни о заданиях, которые давали Берии, ни о том, как он их выполнял». Однако в официальном сообщении о суде над Берией отмечалось, что с 1919 года «и до самого ареста Берия не прерывал и расширял свои тайные связи с иностранной разведкой». Таким образом, вслед за Ягодой и Ежовым, которых казнили в тридцатых годах, Берия стал третьим руководителем КГБ, казненным за преступления, среди которых было и обвинение в работе на английскую разведку.

После ареста Берии 26 июня его место на посту главы МВД занял один из его бывших заместителей, Сергей Круглов, который присоединился к заговорщикам. В то время бывшее МГБ пока продолжало оставаться в составе МВД. Рясной, которого Берия поставил во главе Иностранного управления, был уволен, и след его затерялся (хотя вряд ли где-нибудь в ГУЛАГе). На смену ему пришел дипломат Александр Семенович Панюткин, возможно, по предложению Молотова, который после смерти Сталина снова стал министром иностранных дел. Молотов хотел восстановить свое былое влияние на внешнюю разведку, которым он пользовался, когда создавался КИ. С 1947 по 1952 год Панюшкин был послом в Вашингтоне и в течение какого-то времени до и после этого периода — послом в Пекине. Кроме того, что он был главным легальным резидентом в Вашингтоне в период деятельности КИ, он также осуществлял непосредственное руководство операциями в течение года после отзыва легального резидента Георгия Соколова в 1949 году. Один из перебежчиков более позднего периода вспоминал, что в 1953 году Панюшкин был высокий, худощавый, несколько сутулый, в сером костюме и с землистым цветом лица («какой бывает у шахтеров или рабочих свинцовых заводов»), в то же время человек он был простой, без претензий. Его представление сотрудникам Иностранного управления состоялось в актовом зале Дома офицеров. Петр Дерябин, в то время секретарь одной из парторганизаций, встретил его у входа в Дом офицеров и проводил на сцену, где уже сидели Круглов, его заместитель Иван Серов и другие секретари парторганизаций. Круглов сообщил о назначении Панюшкина, затем Панюшкин вкратце рассказал, чем занимался до этого, и предложил задавать вопросы. Пораженные такой сравнительно неофициальной атмосферой, присутствовавшие молчали, и встреча на этом закончилась. То, что Панюшкин в прошлом был дипломатом, ни в коей мере не означало, что методы зарубежной деятельности МВД будут как-то смягчены. И действительно, одной из первых операций, которую Панюшкин лично контролировал из Центра, стала операция «Рейн» — попытка покушения на лидера украинской эмиграции в Западной Германии. За поколение до этого, в ходе операции «Трест» удалось выкрасть двух основных лидеров белой эмиграции — генералов Кутепова и Миллера, которых не удавалось заманить обратно в Советский Союз. После серии подобных операций, удачно проведенных в начале холодной войны вдоль советской границы, к ликвидации были намечены наиболее влиятельные лидеры эмиграции — руководители Народно-трудового союза (НТО в Западной Германии. Убийство первой предполагаемой жертвы, Георгия Сергеевича Околовича, санкционировалось, как и все операции по ликвидации за рубежом, непосредственно Президиумом. За подготовкой Николая Хохлова, назначенного старшим группы МВД по ликвидации, наблюдал сам Панюшкин. Среди инструкторов Хохлова был Михайл Рубак, чемпион СССР по самбо, и подполковник Годлевский, пятикратный чемпион Союза по стрельбе из пистолета. Орудие убийства — пистолет с электрическим спуском и с глушителем — было спрятано в пачке сигарет. Пистолет, стрелявший пулями, отравленными цианистым калием, был разработан в секретной оружейной лаборатории МВД/МГБ. Однако Хохлов оказался более разборчивым, чем убийцы сталинской эпохи. Его по крайней мере наполовину убедили некоторые публикации НТС, с которыми он познакомился, готовясь к покушению на Околовича. 18 февраля 1954 года Хохлов зашел на квартиру Околовича во Франкфурте и представился, повергнув хозяина квартиры в полное замешательство. «Георгий Сергеевич, — обратился он к Околовичу, — я прибыл из Москвы. Центральный Комитет Коммунистической партии Советского Союза приказал вас ликвидировать. Убийство поручено моей группе.» Затем он сообщил перепуганному Околовичу, что решил не убивать его. Вместо этого Хохлов переметнулся в ЦРУ, где поначалу к нему отнеслись довольно скептически. 20 апреля состоялась сенсационная пресс-конференция, на которой он поведал о плане покушения и продемонстрировал орудие убийства. С начала холодной войны в советской разведке не было серьезных случаев измены. Но бегство Хохлова стало первым из пяти крупнейших скандалов, которые Московскому центру предстояло пережить в первые месяцы 1954 года. В январе Юрий Растворов, сотрудник резидентуры в Токио, перебежал в ЦРУ; в феврале в Вене, и тоже в ЦРУ, бежал Петр Дерябин; а в апреле в Канберре остались Владимир и Евдокия Петровы.

В марте 1954 года советская система госбезопасности претерпела последнюю крупную реорганизацию со времени войны. МГБ было вновь выведено из состава МВД, но статус этого учреждения стал на порядок ниже: из министерства оно превратилось в Комитет государственной безопасности (или КГБ), официально прикрепленный к Совету Министров, чтобы можно было держать это ведомство под политическим контролем. Первым председателем КГБ стал бывший заместитель Круглова, сорокадевятилетний генерал Иван Александрович Серов, известный, главным образом, своей жесткой хваткой, с которой во время войны осуществлял депортации на Кавказе и подавлял сопротивление коммунистическому режиму в Прибалтике и Восточной Европе. Хрущев, который собственно и назначил Серова, позже вспоминал о нем так: «С Кругловым я был мало знаком, но я хорошо знал Серова и верил ему… Если и есть в нем что-то сомнительное, как и во всех чекистах, то скажем просто, что он был жертвой общей сталинской политики.»