Неверие в виновность Розенбергов поддерживалось тем, что по обеим сторонам Атлантики из соображений секретности отказывались упоминать в суде о «Веноне». Тайна всплыла в 1980 году, но даже тогда «Венону» не признали официально ни в Англии, ни в Соединенных Штатах.

Первые годы холодной войны и вызванные «Веноной» проблемы совпали с периодом неразберихи в организации советских разведывательных операций. Причиной была отчасти борьба за власть в Кремле, а отчасти создание в июле 1947 года Центрального разведывательного управления. Доклады о создании ЦРУ, поступившие от резидента МГБ в Вашингтоне Григория Григорьевича Долбина и от советского посла Александра Семеновича Панюшкина, были тщательно изучены Сталиным и Политбюро.

Главной задачей ЦРУ были, как это указывалось в законе о национальной безопасности, представленном конгрессу в феврале 1947 года, координация и анализ разведданных, поступающих из различных источников. Хотя достичь этой цели не удалось, Молотов убедительно доказывал, что совместная гражданская и военная разведывательная система даст американцам значительные преимущества перед советской разрозненной системой. Решение он видел в объединении управлений внешней разведки МГБ и ГРУ. По мнению Сталина, предложение Молотова приводило еще к одному важному результату — к ослаблению влияния в органах безопасности Лаврентия Берии, чей протеже Абакумов возглавлял МГБ. Осенью 1947 года управления внешней разведки МГБ и ГРУ были объединены в новую организацию внешней разведки, Комитет Информации (КИ).

Хотя официально КИ находился под непосредственным руководством Совета Министров, назначение Молотова его первым председателем дало Министерству иностранных дел такую власть над разведывательной деятельностью за рубежом, какой оно никогда не имело. Молотов стремился еще более усилить контроль своего министерства путем назначения послов в некоторых крупнейших странах «главными легальными резидентами», наделив их правами руководить гражданскими (бывшее МГБ) и военными (бывшее ГРУ) резидентами. Перебежчик Илья Джирквелов весьма желчно замечает по этому поводу: «Реорганизация привела к большой путанице и неразберихе. Резиденты, профессиональные разведчики, шли на самые невероятные уловки, чтобы не информировать о своей работе послов, поскольку дипломаты имеют о разведке и ее методах лишь приблизительное, дилетантское представление…». Тем не менее, некоторые дипломаты взяли на себя руководство разведывательными операциями. Первым из них был Александр Панюшкин, советский посол в Вашингтоне с 1947 по 1951 год, который стал активным участником тайной войны против «главного противника». После путаницы, вызванной отзывом Григория Долбина, резидента в Вашингтоне с 1946 по 1948 год, и его преемника Георгия Соколова (1948—1949) — одного в связи с сумасшествием, а другого, как не справившегося с задачей, Панюшкин в течение года сам осуществлял оперативное руководство резидентурой. Следующий резидент в Вашингтоне Николай Алексеевич Владыкин (1950—1954) избегал серьезных конфликтов как с Панюшкиным, так и Центром. Панюшкин впоследствии возглавил Первое главное управление КГБ (иностранная разведка).

С 1947 по 1949 год первым заместителем председателя КИ Молотова по текущей деятельности был Петр Васильевич Федотов, вскоре после войны сменивший Фитина на посту главы И НУ. Федотов, как и Фитин, имел в Центре репутацию интеллектуала. Джирквелов пишет о нем: «От других высокопоставленных сотрудников КГБ его отличало то, что он не пренебрегал мнением других. Если кто-то был с ним не согласен, он не приказывал, а старался убедить собеседника.» Другой перебежчик из КГБ Юрий Носенко, напротив, считал, что гибкость Федотова объясняется частично его нерешительностью. Носенко вспоминает, что Федотов, прежде чем принять решение, часто держал у себя материалы по нескольку месяцев.

КИ стремился к унификации как перехвата, так и агентской работы. Зарубежный отдел Пятого управления МГБ (шифровка-дешифровка) был совмещен с таким же отделом ГРУ. В результате слияния образовалось Седьмое управление КИ во главе с бывшим руководителем Пятого управления МГБ полковником Алексеем Щеколдиным. Однако с момента создания КИ отличался нестабильностью. Почти все управления возглавили бывшие сотрудники ИНУ, и Генеральный штаб, как и следовало ожидать, стал жаловаться, что военной разведке отвели подчиненную роль. Летом 1948 года после продолжительных споров с Молотовым министру обороны маршалу Николаю Александровичу Булганину удалось вернуть всех сотрудников военной разведки в ГРУ. Абакумов, вероятно, с помощью Берии, начал продолжительную кампанию с целью вернуть себе контроль над остатками КИ. В конце 1948 года Управление советников в странах народной демократии было возвращено в МГБ. То же произошло с сотрудниками, работавшими по направлениям ЕМ (русская эмиграция) и СК (советские колонии за рубежом). КИ, тем не менее, сохранил контроль над большинством агентских операций и операций по перехвату и дешифровке, пока в конце 1951 года не был расформирован и снова передан в ведение МГБ.

В 1949 году потерявшего расположение Сталина Молотова сменил на постах министра иностранных дел и председателя КИ Андрей Вышинский — жестокий обвинитель на показательных процессах, бывший с 1943 года первым заместителем Молотова. Стиль руководства Вышинского строился, по его собственному признанию, на том, чтобы «держать людей в постоянном волнении.» Как вспоминает Андрей Громыко, его преемник на посту министра иностранных дел:

«Вызывая помощника, он начинал беседу с раздраженных обвинений, а то и с прямых оскорблений. В таком тоне он говорил даже с послами и посланниками. Он считал, что таким образом соперничает с Берией».

Еще с 30-х годов Вышинский сохранил фанатичное обожание Берии, которое, считает Громыко, было очевидно, даже когда он говорил по телефону. «Услышав голос Берии, Вышинский вскакивал с места. Сам разговор тоже заслуживает внимания. Вышинский говорил с Берией по телефону, склонившись, как перед господином.» При Вышинском влияние Берии в КИ резко возросло. Задумчивый, порой нерешительный Федотов, которого Молотов назначил руководить повседневной деятельностью КИ, сохранил пост заместителя председателя. Вместо него на должность первого заместителя пришел протеже Берии, более жестокий и решительный Сергей Романович Савченко, возглавлявший на Украине в годы войны НКВД и занимавший тот же пост в МГБ с 1946 по 1949 год. Похоже, что Савченко отчитывался не столько перед Министерством иностранных дел, сколько перед Берией. Вышинский принимал мало участия в деятельности КИ. На его место пришли два старших руководителя Министерства иностранных дел — вначале Яков Александрович Малик, а затем Валериан Зорин. Свидетельств того, что кто-либо из них играл более чем номинальную роль председателя КИ, не имеется.