Третье отделение гордилось тем, что в течение всего 1848 года, который стал пиком революционной активности в Западной Европе, Россия оставалась «дремлющей и спокойной». Брожение на селе, за которым последовало освобождение крепостных крестьян указом царя Александра II (1855—1881) в 1861 году, убедило новое поколение молодых аристократов-народников в том, что крестьяне наконец-то созрели для революции. Однако неудавшийся «поход в народ», предпринятый в 1874 году убежденными радикалами-идеалистами с целью поднять крестьян на борьбу с царизмом, привел к тому, что некоторые разочаровавшиеся народники стали террористами. Сторонники террора утверждали, что покушения на царскую знать будут способствовать как деморализации самого режима, так и демонстрации уязвимости царизма в доступной простому крестьянину форме. В 1879 году террористическая группа, состоящая из тридцати человек, организовала так называемый Исполнительный комитет «Народной Воли». Несмотря на свою малочисленность, всего за три года — с 1878 по 1881 год — эта группа своими террористическими действиями смогла довести царский режим до состояния, близкого к панике, тем самым показав неэффективность работы Третьего отделения. В 1878 году генерал Мезенцов, глава жандармерии и главный куратор Третьего отделения, был убит среди бела дня ударом ножа на одной из центральный улиц Санкт-Петербурга. Его охранник, подполковник Макаров, был совершенно не готов к подобной акции. Единственное, что он смог сделать, — это ударить нападающего своим зонтиком. Террорист благополучно скрылся. После нескольких террористических актов и покушений на жизнь царя, заочно приговоренного к смерти «Народной Волей», было проведено специальное расследование деятельности Третьего отделения, в результате которого выяснилось, что царская служба безопасности была настолько плохо организована, что царь «не мог чувствовать себя в безопасности даже в своей собственной резиденции».

В августе 1880 года скомпрометировавшее себя Третье отделение было распущено. Вместо него был создан Департамент государственной полиции, переименованный в 1883 году просто в Департамент полиции, на который была возложена задача охраны государственной безопасности. При полицейском управлении был создан Особый отдел для борьбы с политическими преступниками. Кроме того, была организована целая региональная сеть Охранных отделений, первое из которых начало свою деятельность в 1881 году. В дальнейшем вся система политической полиции стала называться «охранкой». Но несмотря на все реорганизации, в 1881 году Александр II был убит взрывом ручной гранаты, изготовленной террористами кустарным способом.

По полноте данной ей власти и масштабам деятельности «охранка» в то время была уникальным явлением в Европе. В европейских странах полиция действовала в рамках закона. «Охранка» же сама по себе была законом. Что касалось политических преступлений, она имела полное право сама решать, кого обыскивать, кого посадить в тюрьму, а кого сослать. Как писал в 1903 году отошедший от марксизма либерал Петр Струве, главное различие между Россией и Европой заключалось в «безграничной власти политической полиции», от которой зависело само существование царизма. Несмотря на это, царская Россия так и не стала полицейским государством в полном смысле этого слова. По советским меркам, данная «охранке» огромная власть практически не использовалась. Даже во время репрессий 1880-х годов было казнено только семнадцать политических преступников, главным образом тех, кто совершил или пытался совершить то или иное покушение. Среди взошедших на эшафот террористов был и Александр Ульянов, приговоренный к смертной казни за участие в неудавшемся покушении на Александра III. Заговорщики намеревались убить царя 1 марта 1887 года, в день шестой годовщины покушения на жизнь Александра II. Брат Александра Ульянова семнадцатилетний Владимир (позднее ставший известным под именем Ленин) поклялся отомстить царскому режиму за смерть брата. К 1901 году в царской ссылке находилось 4.113 русских политических заключенных, 180 из них были сосланы на тяжелые работы.

В царской России самым большим гонениям подвергались евреи. Широкий антисемитизм, поощряемые государством погромы, ограничительные законы и разнообразные формы дискриминации, процветающие во время правления Александра III (1881—1894) и Николая II (1894—1917), привели к тому, что несколько миллионов российских евреев вынуждены были эмигрировать за границу, главным образом, в Соединенные Штаты. Пришедшая на смену царизму власть продолжила давнюю традицию отводить от себя народный гнев, используя евреев в качестве козлов отпущения. Поспешная высылка почти 30.000 евреев из Москвы в 1891 году послужила примером для более масштабных депортаций национальных меньшинств во времена Сталина. И хотя «охранка» не являлась инициатором государственного антисемитизма, она, тем не менее, помогала проведению этой политики. Сотрудник «охранки» Комиссаров был награжден премией в 10.000 рублей за то, что его памфлеты, напечатанные в типографии полицейского департамента, вызвали антиеврейские выступления. Последний руководитель «охранки» А.Т. Васильев лицемерно называл «подлой клеветой» «возмущенные газетные статейки» в западной прессе, обвинившей царское правительство и «охранку» в потворстве погромам. В своих мемуарах он писал, что «корень зла» заключается в том, что «евреи, к несчастью, не способны к здоровому, продуктивному труду».

«У правительства не было бы никакой причины для принятия мер, направленных против евреев, если бы это не было продиктовано необходимостью защитить русское население и, особенно, крестьян… В России была некая форма угнетения евреев, но, к сожалению, она была менее эффективна, чем следовало бы. Правительство действительно стремилось защитить крестьян от жестокого угнетения со стороны евреев, но эти действия принесли слишком мало результатов…»

Политика государственного антисемитизма помогает понять, почему марксизм быстрее распространялся среди евреев, чем среди других национальных групп, проживавших на территории Российской империи. Первая массовая марксистская партия, известная под названием Бунд (Всеобщий еврейский рабочий союз), была основана в 1897 году. Евреев было много и среди создателей Российской социал-демократической рабочей партии, крупнейшей марксистской организации, созданной в 1898 году, и партии социалистов-революционеров, основанной бывшими «народниками» в 1902 году. Заметное участие представителей еврейской национальности в руководстве революционным движением подогревало антисемитские настроения «охранки».