Вторжение Германии в Советский Союз в июне 1941 года вернуло Маклину, как, правда в разной степени, и всем из «пятерки», осознание полезности. Из вопросов, которыми занималось Генеральное управление в течение последующих нескольких лет, для оператора Маклина Анатолия Горского и НКВД интерес представляли административные связи с союзными войсками, расположенными в Англии, среди которых перед массовым прибытием американцев в конце 1943 года преобладали поляки и французы. Хотя после гитлеровского нападения Сталин и подписал с польским правительством в изгнании генерала Сикорского военную конвенцию, он сильно сомневался в нем. Из докладов Маклина можно сделать вывод, что недоверие это было взаимным. В апреле 1943 года, вскоре после того, как немецкие войска обнаружили место массовой казни НКВД польских офицеров в Катынских лесах, польское правительство в Лондоне потребовало расследования этого дела Международным Красным Крестом. Москва тут же прервала все отношения с правительством Сикорского, заклеймила его как «пособника фашистов» и обвинила немцев в преступлении. Будучи секретным агентом организации, осуществившей массовое убийство, Маклин не испытывал особого удовольствия, отправляя информацию о реакции поляков.

Весной 1944 года Маклин вновь пошел вверх по служебной лестнице как в Министерстве иностранных дел, так и в НКГБ/НКВД — его направили в посольство в Вашингтоне и через некоторое время присвоили очередной ранг первого секретаря. Вскоре после приезда Маклин вместе с коллегой Родди Барклаем был назначен в англоамериканскую комиссию по разработке условий мирного договора с Италией. Барклая восхитили «умение Маклина разрабатывать проекты и его способность разрешать сложные вопросы.» Роберт Сесил, другой английский дипломат, также находившийся одновременно с Маклином в Вашингтоне, вспоминал:

«Ни одно задание не было для него сложным. Он мог работать сколь угодно долго. Он завоевал себе репутацию человека, который всегда возьмется за работу заболевшего, ушедшего в отпуск или просто менее усердного коллеги».

Наиболее опасной, а с точки зрения НКВД, и наиболее важной областью политики, в которой работал Маклин к началу 1945 года, было сотрудничество между «Тьюб эллойз» и проектом «Манхэттен». Благодаря глубоким знаниям в области атомных исследований он в феврале 1947 года получил назначение в Смешанный политический комитет, координирующий англо-американо-канадскую ядерную политику. Находясь в Вашингтоне, Маклин неизменно беспокоился о безопасности посольства. Весной 1946 года, когда он руководил канцелярией посольства, он вызвал к себе пресс-секретаря Уильяма Кларка для беседы о мерах безопасности. Кларк позже вспоминал: «Я не испытывал такого волнения с тех пор, как за десять лет до этой беседы мой хозяин, кстати, тоже с запозданием, не завел со мной обязательного разговора о сексе.» Маклин обратил внимание Кларка на то, что тот не подписал инструкцию о мерах безопасности, и попросил его сделать это. Затем сказал:

«Вы, конечно, должны общаться со своими журналистами. Они нас не интересуют. Нас интересуют люди, которые могут использовать информацию. Например, — с этими словами он аккуратно вынул телефонную вилку из розетки на своем столе, — я всегда отключаю телефон, разговаривая с бизнесменами, потому что американское правительство, несомненно, прослушивает наши телефоны, а мы не хотим, чтобы они были в курсе наших торговых планов. И последнее, Уильям, никогда не раскрывайте секретов французам, они их не умеют хранить. До свидания и будьте бдительны.»

О значении, которое в НКГБ придавали положению Маклина в Вашингтоне, свидетельствует решение о направлении в Вашингтон для поддержания контакта с ним Анатолия Горского; бывшего до этого лондонским оператором «великолепной пятерки». В октябре 1944 года Горского назначили оператором Элизабет Бентли вместо Ахмерова и поручили с ее помощью контролировать агентурную сеть Джекоба Голоса. Как и Ахмеров, Горский, известный Бентли под именем Ал, быстро понял, что Голос пользуется любительскими и небезопасными методами. Он сказал Бентли, что «существующая система полна дыр и поэтому опасна. Я боюсь, что наш друг Голос — человек недостаточно осторожный, и есть опасность, что из-за своих контактов с ним вы поставите под угрозу всю организацию.» Бентли была вынуждена передать другим свою работу и «лечь на дно» на полгода, пока не стало ясно, что ФБР за ней не следит. НКГБ внимательно изучил сведения об агентах Бентли и решал, кого оставить. Горский настаивал, чтобы Бентли взяла деньги и дала ему расписку. «Давайте покончим с этими глупостями. У меня в кармане 2.000 долларов. Это часть вашей зарплаты. Сейчас вы их возьмете! Если нет, я решу, что вы предатель!» К тому времени, когда Бентли приняла деньги, она действительно была «предателем». В ноябре 1945 года она стала двойным агентом и работала на ФБР. Хотя ее агентурная сеть была раскрыта, Маклин, которым руководили отдельно, остался вне поля зрения ФБР.

Наряду с проникновением в англо-американские разведывательные службы во время Великой Отечественной войны, НКВД/НКГБ, как это ни парадоксально, имел, впервые в своей истории, официальные контакты с важнейшими отделами этих служб. В августе 1941 года полковник (позже бригадный генерал) Дж. А. Хилл (в то время он носил псевдоним Дейл) прибыл в Москву во главе группы связи СОЕ. Эта поездка проходила под кодовым наименованием «Миссия САМ». Выбор Хилла для этой миссии можно назвать необычным, если не странным. По словам Филби, который недолгое время работал с ним в СОЕ, «это был один из немногих англичан, по-настоящему вставлявших палки в колеса. Со своим необъятным животом он выглядел, как король Соглоу с огромной лысиной вместо короны.» Меньше чем за десять лет до этой поездки Хилл издал написанные в высокопарном стиле воспоминания о том, как он вначале пытался содействовать, а затем помогал саботировать большевистский режим. И все же он не был готов к работе с НКВД. Лишь некоторое время спустя после прибытия он приказал проверить зал совещаний «Миссии САМ». Проверка выявила, как радостно отмечал Филби, «огромное количество путей утечки информации.»