Один из агентов Горского времен войны описывал своего оператора как «невысокого, полноватого человека тридцати с небольшим лет с зализанными назад светлыми волосами и в очках, которые не могли скрыть пару проницательных, холодных глаз.» Это был жесткий профессионал, лишенный чувства юмора. «Носил он хорошо сшитые костюмы и создавал впечатление откормленного лентяя.» Блант вспоминал, что «Генри» показался ему «прямолинейным» и несимпатичным. В августе 1940 года, узнав, что в нарушение ортодоксальных традиций НКВД Берджесс и Блант живут вместе в квартире Виктора Ротшильда на Бентинк стрит, Горский попытался уговорить Бланта выехать, но проявил достаточно сообразительности и не стал настаивать, когда тот отказался.

Филби и Берджесс не могли сообщить Горскому ничего интересного, пока работали в Брикендонбери-холл. «Нам нечего было делать, — вспоминал Филби. — Мы беседовали с начальником школы и помогали ему писать доклады начальству, на которые никогда не получали ответов.» Летом 1940 года Отдел Д был реорганизован в Службу специальных операций (СОЕ). Берджесса уволили, и он возмущенно жаловался, что стал «жертвой бюрократических интриг». Филби остался в СОЕ и был назначен инструктором в школу в Бьюли в Хэмпшире. Филби был уверен, что агентам СОЕ «необходима известная доза идеологической обработки, чтобы они, прибыв к месту работы, имели хотя бы одну идею относительно штанов британского правительства на будущее.» Эта теория позволяла Филби довольно часто бывать в Лондоне, где за обедом он встречался с одним из будущих лидеров лейбористской партии Хью Гейтскеллом, бывшим в то время старшим личным секретарем лейбористского министра по вопросам экономической войны Хью Далтоном, который отвечал за деятельность СОЕ. Далтон, по мнению Филби, был «всегда готов к встречам с виски и содовой».

То, что он узнавал во время этих обеденных бесед, будучи преломленным через призму политических убеждений самого Филби и в силу своего конспиративного характера, выглядело подозрительно похожим на заговор против Советского Союза. «Часто создавалось впечатление, что Англия просто хочет вернуться к догитлеровскому статус-кво в Европе. К Европе, в которой безраздельно властвовали Англия и Франция через посредство реакционных правительств, достаточно сильных, чтобы держать в повиновении свои народы и сохранять санитарный кордон вокруг Советского Союза.» Узнав о прибытии в Англию Гесса, Филби тут же сделал скоропалительный вывод о хорошо подготовленном заговоре между высокопоставленными миротворцами и фашистскими руководителями. КГБ даже в 1990 году использовало сообщение Филби в качестве доказательства того, что Гесс привез в Англию «мирные предложения фюрера и планы нападения на Советский Союз.» Ошибочные выводы Филби о будущей послевоенной политике Уайтхолла, передаваемые в Центр Горским, подкрепляли теорию Сталина о заговорочном характере британской политики. Углубление недоверия Москвы к Лондону стало одним из основных итогов работы Филби в качестве советского агента в годы войны.

Сразу после начала 22 июня 1941 года операции «Барбаросса» Филби, несомненно по совету Горского, постарался срочно «перебраться из-под рододендронов Бьюли» и найти работу где-нибудь поближе к британской интеллектуальной общественности. Вскоре он получил предложение от Отдела В (контрразведка) СИС, чье представительство в Иберии заинтересовалось опытом Филби в качестве корреспондента во время Гражданской войны в Испании.

Несмотря на уход Филби, агентура НКВД в СОЕ не уменьшилась. Наиболее, пожалуй, важным агентом в СОЕ был школьный и кембриджский приятель Маклина Джеймс Клагман, который после начала войны вырос от охотника за кандидатами в агенты и партийной знаменитости в действующего советского агента. Клагман поступил в югославский отдел СОЕ в Каире в феврале 1942 года, получив одновременно звание майора. За проведенное в Каире время интеллект, обаяние и прекрасное знание сербского и хорватского языков обеспечили ему влияние, совершенно не соответствующее званию. Его руководитель Бэзил Дэвидсон отмечал: «Он мог с глубоким знанием дела и увлекательно говорить на любую тему, но больше всего любил обсуждать политические вопросы.» Одной из обязанностей Клагмана был инструктаж офицеров союзников перед заброской в Югославию. Он не уставал расписывать добродетели коммунистических партизан Тито и пороки королевских четников Михайловича. Группе канадских офицеров он говорил:

«Вы должны понять, что эта война перестала быть войной против чего-то, против фашизма. Она стала войной за что-то значительно большее. За национальное освобождение, за освобождение народа, за освобождение от колониализма.»

С апреля по август 1945 года Клагман находился в Югославии с военной миссией в войсках Тито. Будучи верным сталинцем, он после войны вынужден был отказаться от многих своих слов. Когда Тито предал Сталина в 1948 году, Клагман написал книгу, в которой осудил его.

Заслуживает упоминания здесь и другой советский агент, работавший в СОЕ во время войны. В апреле 1943 года МИ5 выяснила, что руководитель Коммунистической партии Великобритании Дуглас Спрингхолл, выполнявший мелкие поручения НКВД, получал секретную информацию от Ормонда Урена, шотландского младшего офицера, который работал в лондонской штаб-квартире венгерского отдела СОЕ. Спрингхолла приговорили к семи годам тюремного заключения, но за несколько иное преступление — за получение секретной информации из Министерства авиации. Семь лет получил и Урен. Позже он шутил, что если бы учился не в Кембридже, а в Эдинбурге, то с ним ничего не случилось бы.

В сентябре 1941 года, после ухода из СОЕ, Филби начал работать в Отделе В СИС. Хотя Отдел В находился в Сейнт Олбанс, а не в Бродвей билдингз — лондонском штабе СИС — как ему хотелось бы, у такого расположения были и свои преимущества, поскольку рядом находился архив СИС. Филби быстро наладил контакт с архивариусом Биллом Вудфилдом благодаря общему пристрастию к джину с мартини. Филби передал Горскому не только информацию из досье по Испании и Португалии, но и скопировал две «книги источников», в которых содержалась подробная информация, о довоенных агентах СИС, работавших против Советского Союза.