В этой обстановке к берегам Египта прибыл Помпей после поражения у Фарсала. Он, как говорилось выше, рассчитывал, что сын Птолемея Авлета, обязанного ему возвращением на трон, не только даст приют, но и поможет ему собрать новые силы для продолжения борьбы с Цезарем. Но египетские правители прекрасно понимали, что вслед за Помпеем в Александрию прибудет Цезарь, который сможет воспользоваться помощью Помпею как предлогом для вмешательства в египетские дела. А этого они совершенно не желали. Поэтому, как уже рассказывалось в биографии Помпея, отказав ему в высадке на берег со всеми сопровождающими, включая его семью, они заманили его одного в лодку. А на пути Помпей был коварно убит ударом кинжала в спину. Корабль, на котором Помпей прибыл в Египет, тотчас вышел из александрийской гавани и направился в Африку, где собирались сторонники погибшего полководца.
Предвидение не обмануло правителей Египта. Вскоре вслед за Помпеем в Александрию прибыл и Цезарь. И ему была преподнесена голова убитого Помпея. Цезарь оплакал своего бывшего друга и родственника, и нынешнего врага, а сам, вопреки ожиданиям Потина и его правительства, остался в Александрии. Более того, он даже потребовал вернуть часть того огромного долга, который еще Птолемей XII был должен Риму. Потин попытался всяческими способами выжить Цезаря из Александрии, что, разумеется, не улучшило его отношения с римским полководцем. И Цезарь решил вмешаться в междоусобную борьбу в Египте. Было ясно, что тот, на чью сторону встанет Цезарь, будет иметь больше шансов на победу, в результате которой Рим станет окончательно полновластным хозяином в стране. С этой точки зрения Цезарю было абсолютно безразлично, на чью сторону встать. Но дело решил чисто субъективный фактор. Во дворец, в котором жил Цезарь, тайком проникла Клеопатра. Цезарь был очарован ею и влюбился в юную царицу. И эта любовь, и недоброжелательная позиция Потина заставили Цезаря сделать свой выбор. Он выступил на стороне Клеопатры. Потин призвал себе на помощь Ахилла, стоявшего с войсками на египетской границе, а также александрийцев, не любивших Клеопатру. В городе начались уличные бои, которые после прибытия к Цезарю подкреплений закончились в 47 г. до н. э. победой Цезаря и Клеопатры. В ходе этой войны погибли и Потин, и Ахилл, и Птолемей XIII, а младшая сестра Клеопатры Арсиноя, участвовавшая в войне на стороне противников Цезаря, была уведена в плен в Рим и позже проведена в триумфальном шествии Цезаря. Поскольку официально одна женщина править в Египте не может, престол был передан не только Клеопатре, но и ее еще более младшему брату Птолемею XIV. Реально власть в Египте перешла к одной Клеопатре, которая через несколько недель после отъезда Цезаря родила ему сына, названного Птолемеем Цезарем, или Цезарионом. Ее власть поддерживали четыре римских легиона, оставленных в Египте и фактически оккупировавших страну.
Клеопатра надеялась, что связь с Цезарем не только утвердит ее на александрийском троне, но и сделает соправительницей всего римского мира. Особые надежды она возлагала на Цезариона, рассчитывая, что уж своего сына Цезарь не забудет, а за его спиной (она ведь была много моложе Цезаря) властвовать будет именно она. Чтобы обновить прежние чувства, она весной 44 г. до н. э. вместе с сыном прибыла в Рим. Ее встретили там торжественно, но своих целей она не добилась. 15 марта 44 г. до н. э. Цезарь был убит, а вскоре было обнародовано его завещание. И в нем не нашлось ни одного слова о Цезарионе. Клеопатра поняла, что все ее надежды и расчеты рухнули. В сложной политической обстановке, сложившейся в Риме после убийства Цезаря, она поспешила покинуть городи вернуться в Александрию.
Чтобы укрепить там свою власть, Клеопатра устранила своего брата и провозгласила царем Цезариона под именем Птолемея XV. Новому Птолемею было всего три года, так что с этой стороны ее власти ничто не угрожало. Серьезнее была угроза со стороны римлян. В начавшейся снова гражданской войне Клеопатра решительно выступила на стороне цезарианцев. Дело было не только в памяти о покойном любовнике и благодетеле, но и в трезвом расчете: она понимала, что враги Цезаря не оставят ее в покое и в ее интересах помочь их разгрому. Поэтому она восстановила египетский военный флот и отослала его к Долабелле, который в то время сражался с республиканцем Кассием в Сирии. Туда же она приказала направиться и тем римским легионам, которые стояли в Египте. Однако, к досаде царицы, ее флот потерпел кораблекрушение, а легионы, состоявшие из остатков уцелевших солдат Красса, помпеянцев и тех, кого оставил в Египте Цезарь, их командующий Авл Аллиен передал под командование Кассия. Положение складывалось весьма неблагоприятное. К тому же, видя общую нестабильность в восточной части Римской республики и опасаясь парфянского влияния в этой части мира, Клеопатра завела какие-то интриги с парфянами. Тем временем цезарианцы разгромили республиканцев при Филиппах, и Антоний двинулся в свой восточный поход.
И Клеопатра решила использовать то же оружие, какое обеспечило ей победу пять лет назад.
Среди более или менее зависимых от римлян восточных государств Египет был самым крупным и самым богатым. Его отпадение могло нарушить весь баланс сил, сложившийся к этому времени на Востоке. И Антоний это прекрасно понимал. Он направил в Александрию некоего Квинта Деллия, довольно любопытную личность. Ничем особенным не примечательный, Деллий, тем не менее, сумел не только выжить в обстановке гражданских войн, но постоянно оказываться в выигрыше, вовремя переходя на сторону победителя; недаром позже его называли профессиональным предателем и «вольтижером гражданских войн», ибо он, как цирковой наездник, умело перескакивал на ходу с одного коня на другого. Находясь в свое время в армии цезарианца Долабеллы, он перешел к Кассию, а от него к Антонию. Позже Деллий написал историю парфянских походов Антония, а предвидя его поражение, перешел на сторону Октавиана. А между этими двумя предательствами охотно выполнял различные дипломатические поручения Антония. И вот по приказу Антония Деллий прибыл в Александрию и потребовал от царицы отчет в ее действиях. Увидев Клеопатру и хорошо зная своего нового хозяина, Деллий сразу понял, что устоять перед ее чарами Антоний не сможет. Да и сама Клеопатра была в этом уверена.
Судя по сохранившимся статуям и монетам, Клеопатра не была выдающейся красавицей, но она обладала необыкновенным обаянием и той не выразимой словами, но остро чувствуемой женственностью, которая так притягивала к ней мужчин. И она сама явно сознавала эту свою женскую силу и довольно расчетливо ею пользовалась. Одновременно ей были присущи несомненный мужской ум и твердый характер. Она была прекрасно образована, кроме родного греческого знала еще ряд языков, имела несомненный ораторский дар, разбиралась в философских проблемах. Не пользуясь особой популярностью в Александрии, где, по-видимому, не могли забыть ее роли в событиях 48–47 гг. до н. э., Клеопатра, во многом изменяя обычной эллинистической практике, пыталась опереться на местное население и египетское жречество. Себя она отождествляла с такими древними египетскими богинями, как Хатхор и Исида. Позже, когда Клеопатра стала главной союзницей Антония, октавиановская пропаганда именно ее избрала своей главной мишенью, изображая египетскую царицу как демоническую женщину, завлекшую в свои сети и погубившую благородного, но чрезмерно увлекающегося римского полководца. По-видимому, отзвуком этой пропаганды является странное сообщение автора сочинения «О знаменитых мужах», которое приписывается писателю IV в. Аврелию Виктору. Этот автор утверждает, что Клеопатра продавала свои ночи в обмен на смерть своих кратковременных любовников. Этот сюжет через много веков был использован А. С. Пушкиным в «Египетских ночах», чье стихотворное продолжение составил другой русский поэт — В. Я. Брюсов. И вот Клеопатра и Деллий разработали искусный план обольщения Антония.
На своей роскошной галере с позолоченной кормой Клеопатра являлась миру земным воплощением Афродиты, в то время как ее рабыни были одеты на манер харит и нереид. Еще раньше, чем Антоний увидел это необыкновенное зрелище, до него уже дошли слухи о прибытии чуть ли не самой богини любви и красоты, медленное плавание которой сопровождали толпы изумленных зрителей по обоим берегам реки Кидн, на которой расположен Таре. И Антоний, человек чрезвычайно увлекающийся, сразу же попался в сети очаровательной и коварной египетской царицы. Клеопатра была не первой восточной царицей, которой увлекся Антоний. В Каппадокии его увлекла красота Глафиры, и он решил спор за каппадокийский трон в пользу ее сына Сисинны. Но двадцативосьмилетняя Клеопатра заставила его забыть всех остальных.