Смерть Юлии не только оставила Помпея вдовцом, но имела и политические последствия. Юлия, любившая и отца, и мужа, умела сглаживать разногласия, время от времени возникавшие между ними. Теперь родственный союз распался, а политические отношения между этими двумя деятелями становились все напряжённее. К тому же в 53 г. до н. э. погиб Красе, так что теперь триумвират распался и формально. Приобретший огромные богатства в Галлии, Цезарь щедро тратил их на подкуп римлян, как видных деятелей, так и рядовых граждан. С помощью денег и показного радушия он сумел даже на какое-то время привлечь к себе Цицерона. Все это весьма тревожило Помпея. Правда, он при этом старался не показывать вида и даже делал шаги, демонстрирующие сохранение старой дружбы. Так, когда Цезарь, оказавшийся в Галлии в трудном положении, попросил Помпея ради их дружбы прислать к нему часть войск, набранных Помпеем для посылки в Испанию, Помпей тотчас согласился. Но подозрения остались и постепенно росли по мере успехов Цезаря. Военные лавры Помпея уже подувяли, но он находился недалеко от Рима и его влияние в городе еще ощущалось, пожалуй, больше, чем отсутствующего Цезаря. Но зато и всякое зло, в это время происходившее в Риме, тоже «списывали» на Помпея.
А положение в Риме становилось все напряженнее. Уже в июле 54 г. до н. э. стало ясно, что выборы консулов в надлежащее время провести не удастся. Собрание отложили на осень, но угроза безвластия становилась все яснее. Вовремя консулов избрать так и не удалось, и, как это и было положено, стали назначать временных «междуцарей». В Риме пошли разговоры о диктатуре, которая одна только сможет навести порядок в городе и республике. И никакого другого кандидата на этот пост не видели, кроме Помпея. Правда, сам Помпей уклонялся от публичного заявления о согласии стать диктатором, но подобным уклонениям никто не верил. Трибуны Гай Луцилий Гирр и Марк Целий Винициан официально внесли предложение избрать Помпея диктатором. Против этого, естественно, решительно выступил Катон, потребовавший даже за такое предложение лишить трибунов должности. И Помпей не решился на этот шаг. Более того, он употребил все свое влияние, чтобы несколько смягчить обстановку и провести все же консульские выборы. Консулами 53 г. до н. э. (фактически только второй его половины) стали Гней Домиций Кальвин и Марк Валерий Мессала Руф. Этот результат едва ли обрадовал Помпея, ибо оба они к его сторонникам не относились.
Во второй половине 53 г. до н. э. обстановка стала еще более тревожной. К ставшему уже обычным подкупу избирателей присоединилось и прямое насилие кандидатов. Кандидатами были Квинт Цецилий Метелл Сципион, Публий Плавий Гипсей и Тит Анний Милон. Все они были помпеянцами, но в то же время яростно соперничали друг с другом. В свое время Милон с согласия Помпея, стремившегося хоть как-то умерить бешеную активность Клодия, организовал свой вооруженный отряд, который и противопоставил такому же отряду Клодия. Оба отряда, не скрываясь, вели друг с другом вооруженную борьбу. Их кровавые схватки буквально терроризировали Рим. И ни о каких выборах не могло быть и речи. Снова, как и в прошлом году, пришлось назначать «междуцарей». В январе 52 г. до н. э. в очередной схватке двух банд был убит Клодий, и его похороны превратились в мощную демонстрацию, за которой последовали поджоги и погромы. Сгорела курия, в которой заседал сенат и где сторонники Клодия хотели устроить его торжественные похороны, нападению подвергся дом «междуцаря» Марка Эмилия Лепида и другие дома. Распоясавшиеся клодианцы, в числе которых были и рабы, убивали всех подряд, особенно тех, кто выделялся богатой одеждой и драгоценностями. Милон был обвинен в убийстве и арестован, а позже был предан суду и изгнан из Рима. Беспорядки чрезвычайно испугали многих, в том числе сенаторов. Люди были готовы подчиниться любой власти, которая наведет хотя бы элементарный порядок. И в этих условиях неожиданно для всех Бибул предложил сделать Помпея единоличным консулом (consul sine collega), и Катон, к всеобщему удивлению, поддержал это предложение. Видимо, к этому времени сговор между помпеянцами и республиканцами, считавшими Помпея меньшим злом по сравнению с Цезарем, уже состоялся. По поручению сената очередной «междуцарь» Сервий Сульпиций Руф назначил Помпея единоличным консулом с правом ему самому назначить себе коллегу, если захочет, но не раньше, чем через три месяца.
Помпей тотчас прибыл в Рим и вскоре женился на дочери Сципиона Корнелии. Она была вдовой сына Красса, погибшего вместе со своим отцом, и намного моложе Помпея. Этот брак вызвал большое недовольство в Риме, но для Помпея это было прежде всего политическое решение. Отец Корнелии Сципион был в свое время усыновлен Квинтом Цецилием Метеллом Пием и стал Квинтом Цецилием Метеллом Сципионом. Женившись на его дочери, Помпей восстанавливал старые связи с Метеллами, разорванные после его развода с Муцией, и заключал союз со Сципионами. Это увеличивало его поддержку и укрепляло положение во главе Римской республики. Став единоличным консулом, Помпей фактически занял положение диктатора, но поскольку само слово «диктатор» произнесено не было, то с его положением согласились не только его старые сторонники, но и республиканцы во главе с Катоном.
Многие римляне обвиняли Помпея в том, что он не вовремя занялся свадебными торжествами вместо государственных дел, и Помпей, стремясь пресечь эти разговоры, с тем большим усердием обратился к решению насущных вопросов. Первым делом было необходимо восстановить порядок в Риме. Помпей понимал порядок шире, чем просто восстановление мира на улицах города. Нужно было еще навести порядок и на выборах различных должностных лиц, ибо именно перед выборами и во время самих выборов насилие вновь поднимало голову, а все расширяющийся подкуп избирателей превращал выборы в неприкрытое соперничество денег, а не кандидатов. Поэтому Помпей почти сразу же после вступления в должность предложил и провел через народное собрание два очень важных закона — о насилии и о подкупе. В обоих законах устанавливался чрезвычайный суд и предусматривались упрощенная процедура судопроизводства и сокращение самого срока судебных заседаний и числа судей. Такой суд должен был возглавлять специальный квестор, избранный народным собранием из числа бывших консулов. Первым таким квестором был избран Агенобарб, что стало еще одним признаком союза Помпея с республиканцами. Второй закон предусматривал и обратную силу вплоть до первого консульства Помпея, т. е. до 70 г. до н. э. Это вызвало определенные толки в Риме, ибо все сочли, что главной мишенью является Цезарь. Сам Помпей с негодованием отверг такое предположение, публично заявив, что Цезарь вне всяких подозрений, что, правда, толки не уменьшило, да и едва ли это заявление было искренним. Помпей обновил список судей; и хотя они по-прежнему избирались из трех сословий, но фактически теперь состояли только из сторонников Помпея. При этом было установлено, что судьи голосуют посословно и решение принимается только в том случае, если в каждом из сословий оно получило большинство или по крайней мере было паритетным. Для того чтобы не был слишком явным разрыв с Цезарем, Помпей не препятствовал принятию предложения некоторых трибунов допустить Цезаря к выборам в консулы на 48 г. до н. э. заочно. Но, с другой стороны, он провел закон, который полностью запрещал всякие заочные выборы. Наконец, еще одним законом было легализовано уже состоявшееся раньше постановление сената о том, что консул или претор, окончивший свою службу, назначался правителем той или иной провинции не сразу, как это было обычным до сих пор, а только по прошествии пяти лет; считалось, что за это время его влияние уже настолько уменьшится, что он со своими войсками уже не будет опасен для республики. Принятие всех этих законов не помешало Помпею добиться постановления о продлении ему лично управления обеими испанскими провинциями еще на пять лет, до 45 г. до н. э.
Дело, разумеется, не ограничивалось одними законами. Помпей стал проводить их в жизнь с безусловной строгостью. Когда во время одного из процессов толпа пыталась повлиять на судей в пользу обвиняемого, солдаты Помпея просто разогнали ее, не останавливаясь при этом перед ранением некоторых слишком активных граждан. Помпей добился от сената объявления беспорядков, произошедших после убийства Клодия, покушением на безопасность государства, что позволило ему предать виновников этих беспорядков чрезвычайному суду. Ближайшие помощники покойного, в том числе Секст Клодий (по-видимому, вольноотпущенник или сын вольноотпущенника рода Клодиев-Клавдиев), который принес труп вожака в курию и вызвал ее пожар, были сурово наказаны и изгнаны из Италии. Правда, Помпею пришлось согласиться и на суд над Милоном и его сторонниками. Хотя Милона защищали и сам Помпей, и Катон, а из Киликии письменно в его защиту выступил и Цицерон, возмущение римского народа было столь велико и сами факты так явственны, что Милон был все же обвинен, но зато его ближайшего помощника Сауфея удалось оправдать. Был проведен и ряд других процессов. К суду пытались привлечь и нового тестя Помпея Сципиона, но на этот раз Помпей выступил в его защиту столь энергично (и даже лично просил судей оправдать своего родственника), что обвинитель предпочел снять свое обвинение.
