Много толков в Риме возбудили и семейные дела Катона. Дело в том, что он уступил просьбе своего более старшего по возрасту сторонника и одного из лучших ораторов своего времени Квинта Гортензия Портала, влюбленного в Марцию, и согласился на развод с ней и ее замужество с Гортензием, правда, только при условии согласия на это отца Марции Филиппа. А когда позже Гортензий умер, оставив Марции довольно большое наследство, он снова взял ее в жены, хотя она была еще беременна от Гортензия.
Однако все эти перипетии не мешали активной политической деятельности Катона. Потерпев поражение на преторских выборах, Катон тем решительнее продолжал выступать против своих противников, среди которых видное место занимали Клодий и верный помпеянец Авл Габиний. Когда в 52 г. до н. э. Клодий был убит в стычке с отрядом своего соперника Тита Анния Милона и Милон был за это привлечен к суду, Катон, как и Цицерон, выступил на защиту Милона. Народный трибун 55 г. до н. э. Гай Требоний, выполняя договоренности, достигнутые триумвирами в Луке, предложил законопроект, по которому Помпей назначался наместником обеих испанских провинций, а Красе — Сирии с правом вести войну. Катон решительно воспротивился этому. Выступая в сенате, он прибег к своему излюбленному оружию — обструкции, выступая с длиннейшей речью, пока Требоний на основе своего трибунского права на некоторое время не арестовал его. А когда этот вопрос был перенесен в народное собрание, Катон пытался убедить народ в невозможности принять решение, ибо в это время гремел гром, что считалось римлянами неблагоприятным предзнаменованием. Но все было напрасно, и предложение Требония было принято и стало законом. В конце 55 г. до н. э. Катон все-таки сумел взять реванш: он был избран претором на следующий год. Удалось ли ему преодолеть сопротивление Помпея или, наоборот, его избрание произошло при тайном согласии Помпея, сказать невозможно. Не исключено, что уже тогда Катон, полагая, что Цезарь представляет гораздо большую опасность для республики, пошел на сближение с Помпеем; недаром он именно тогда предупреждал Помпея, что тот сажает себе Цезаря на шею. Но в любом случае это сближение, несомненно, имело место.
Это, правда, не помешало Катону в качестве претора проявить самостоятельность и обычную для него щепетильность при разборе различных судебных дел. Одним из самых громких было дело Марка Эмилия Скавра, который ранее был офицером Помпея и оставлен им в качестве правителя Сирии. Позже Скавр был избран претором, после претуры управлял Сардинией, а в 54 г. до н. э. возвратился в Рим. Управлял он своей провинцией скверно и после возвращения по просьбе провинциалов был обвинен в вымогательстве. Из-за болезни Катона дело несколько раз откладывалось, но в конце концов суд состоялся. Скавра защищали лучшие судебные ораторы, в том числе Цицерон, и на его стороне были симпатии народа. Он был оправдан, но вслед за тем снова обвинен вместе с другими кандидатами в консулы за подкуп избирателей и должностных лиц. Теперь Катон был беспощаден, и Скавр был приговорен к изгнанию. Еще яснее самостоятельность Катона проявилась в деле Авла Габиния, который был верным соратником того же Помпея. Он был сначала обвинен в нанесении ущерба величию римского народа за то, что без разрешения правительства вмешался в египетские дела и восстановил на египетском троне Птолемея XII, а затем и в вымогательстве, ибо получил оттого же Птолемея большие суммы денег. Напрасно Габиния активно защищали Помпей и Цицерон, жители Александрии свидетельствовали в его пользу, а Птолемей писал в Рим, что он лишь оплатил Габинию военные расходы. Габиний был осужден и в декабре 54 г. до н. э. был вынужден отправиться в изгнание.
Сближение республиканцев, возглавляемых Катоном, с Помпеем и его сторонниками, дало свои результаты в конце 53 и в начале 52 г. до н. э. В это время в Риме царила анархия. Соперничающие кандидаты в консулы на 52 г. будущий тесть Помпея Квинт Цецилий Метелл Сципион, еще один помпеянец Публий Плавций Гипсей и Тит Анний Милон своей борьбой и сопровождающими ее насилиями довели до того, что никакие выборы провести было невозможно. Клодий, старый соперник Милона, пользовавшийся в это время большой популярностью и бывший фактически лидером популяров, активно поддержал Гипсея и Сципиона. И Милон, и Клодий возглавляли настоящие вооруженные отряды, которые при каждой встрече жестоко схватывались друг с другом. Вовремя одного такого столкновения в январе 52 г. до н. э. Клодий был смертельно ранен и вскоре умер. Милон был обвинен в убийстве. На его защиту выступили Цицерон, Гортензий и другие видные оптиматы. Активное участие в защите Милона принял и Катон. Тем не менее Милон под давлением собравшейся толпы был все же осужден и отправился в изгнание. Это, однако, не остановило насилия. Положение становилось все серьезнее. В этих условиях Бибул предложил сенату избрать Помпея единоличным консулом без коллеги, и Катон, к удивлению присутствующих, тотчас поддержал это предложение. И в конце февраля 52 г. до н. э. Помпей в условиях по существу чрезвычайного положения был избран единоличным консулом, хотя позже и взял себе коллегу. В том же году Катон выставил свою кандидатуру в консулы на следующий год, но потерпел поражение.
Это поражение самого авторитетного республиканца ясно показало, что республиканское движение обладает в римском обществе самой минимальной поддержкой. Во все более оформляющемся союзе с помпеянцами республиканцы играют только вторую роль. Они, и особенно Катон, еще пытаются вести самостоятельную политическую линию, но это им все меньше удается. Катон прекрасно понимал, что грандиозные успехи Цезаря в Галлии и связанный с этим невиданный рост его популярности в самом Риме (во многом связанный с элементарным подкупом) неминуемо приведут к новой гражданской войне. Не имея собственных сил для противодействия будущему нападению закаленной и уверенной в себе армии Цезаря, он не раз призывал Помпея хорошенько подготовиться к неминуемому отпору. Но Помпей в своей самоуверенности практически ничего не сделал для этого. И когда в январе 49 г. до н. э. Цезарь действительно перешел речку Рубикон, отделявшую находившуюся под его управлением провинцию Цизальпинскую Галлию от Италии, начав тем самым открытую гражданскую войну, никаких сил у Помпея не оказалось. Не имея возможности организовать цезарианцам сопротивление в Италии, Помпей покинул Апеннинский полуостров и перебрался на Балканский, а вместе с ним консулы этого года и большинство сенаторов. Катон сначала не хотел покидать Рим. Он еще надеялся на мирный исход событий и предложил обсудить условия, какие сможет выдвинуть Цезарь. Но события развивались стремительно, и Катон, поручив Марции, которую он снова взял в жены, смотреть за домом и дочерьми, тоже покинул Рим, но уехал сначала в свое поместье в Кампании, затем на юг Италии в Брутий, а оттуда на Сицилию, правителем которой он был назначен.
Очутившись на Сицилии, Катон начал энергично готовиться к обороне острова, может быть, надеясь, сделать из него оплот для борьбы с Цезарем. Он ремонтировал старые и строил новые боевые корабли, производил набор граждан в легион и провинциалов во вспомогательные части, и многие сицилийцы поддерживали его в этом. Но Цезарь не дал Катону времени для действенной организации обороны. Он направил на Сицилию армию под командованием Гая Скрибония Куриона, поручив ему очистить от врагов не только Сицилию, но и Африку. Уже в апреле 49 г. до н. э. авангард армии Куриона под командованием Гая Азиния Поллиона переправился через пролив и высадился в Мессене. Катон еще не был готов к отражению этого нападения, он надеялся на помощь Помпея, но так ее и не дождался. Понимая, что реального сопротивления он оказать не сможет, Катон покинул Сицилию и тоже переправился на Балканский полуостров, где концентрировались основные силы помпеянцев и республиканцев.
Помпей надеялся, что Катон сможет обеспечить ему азиатский тыл. Дело в том, что еще во время своего пребывания на Кипре Катон стал патроном этого острова, клиентом Катона признал себя и царь Комма-гены Антиох. Однако в новых условиях ни Кипр, ни Коммагена за Катоном не последовали. Успеха ему удалось добиться только на Родосе. Оставив там свою сестру Сервилию, вдову Лукулла, с маленьким ребенком, сам он поспешил в лагерь Помпея у города Диррахия на побережье Адриатического моря. В начале 48 г. до н. э. около Диррахия Помпей одержал победу, и Катон принимал в этом самое активное участие. Однако Помпей не использовал результатов победы. Цезарь сумел его перехитрить и, получив подкрепления, начать маневренную войну, двигаясь со своей армией в глубь полуострова. Помпей с основными силами последовал за ним, но у Диррахия оставил Катона с 15 когортами, т. е. приблизительное 7 тысячами воинов. Поэтому Катон не участвовал в битве при Фарсале, в которой Помпей был окончательно разгромлен.
