Крестьянские волнения, в некотором количестве происходившие постоянно, заметно усилились в 1904 году. С весны 1905 года волнения усилились настолько, что происходящее уже оценивалось всеми наблюдателями как революция; в июне произошло 346 инцидентов, отмеченных в записях полиции, волнениями было охвачено около 20 % уездов. Волнения, достигая пика в середине лета, уменьшались осенью и почти прекращались зимой. С весны 1906 года волнения возобновились с ещё большей силой, в июне, на пике беспорядков, произошло 527 инцидентов, отмеченных в записях полиции; волнениями было охвачено около половины уездов.
Волнения в самой лёгкой форме имели вид самовольных порубок в принадлежавших помещику лесах. Крестьяне, почти не имевшие леса в составе общинных земель, традиционно были склонны не признавать какое-либо право собственности на леса вообще, и считали плату за пользование частным лесом грабежом.
Более серьёзным видом беспорядков была самовольная запашка помещичьей земли. Так как урожай мог созреть только через определённое время, крестьяне переходили к таким действиям только при уверенности в долговременной безнаказанности. В 1906 году крестьяне засевали помещичью землю в убеждении, что Дума вот-вот примет решение о национализации и безвозмездной передаче крестьянам помещичьих земель.
Ещё более тревожный характер носила так называемая "разборка" имений. Крестьяне, собираясь толпой, взламывали запоры и расхищали запасы зерновых семян, скот и сельскохозяйственный инвентарь имения, после чего в некоторых случаях поджигали хозяйственные постройки. Крестьяне, как правило, не разграбляли домашнее имущество помещиков и не уничтожали сами помещичьи дома, признавая в данном случае собственность помещиков на все, что не относилось к сельскому хозяйству.
Насилия и убийства по отношению к помещикам и их представителям были достаточно редкими, прежде всего потому, что большинство помещиков покинуло имения до беспорядков.
Наконец, в самых крайних случаях дело доходило до поджогов имений и насилия по отношению к прибывшим на место волнения силам полицейской стражи или войскам. Действовавшие на тот момент правила применения оружия при массовых беспорядках разрешали войскам открывать стрельбу до начала какого-либо насилия со стороны толпы, эффективными способами разгона толпы без стрельбы на поражение ни полиция, ни войска не владели; результатом были многочисленные инциденты с ранеными и убитыми.
1906 год оказался крайне неурожайным. Правительство интенсивно оказывало дорогостоящую продовольственную помощь, которую сельское население, привыкшее считать её обязательным подарком ("царёвым пайком"), принимало без благодарности. Положение продолжало оставаться неопределённым. Хотя правительство уже подготовило (или упорно готовило) основополагающие документы реформы, последующие события могли развиваться различными путями. Можно было предположить, что новая Дума, избранная по тому же закону, окажется столь же радикально настроенной. Что произойдёт дальше - роспуск Думы, налаживание работы с Думой, отмена или реформа думской системы - никто ещё не мог представить. Столыпин принял решение принимать все необходимые законоположения, не дожидаясь созыва II Думы, по статье 87 Основных законов. Эта статья позволяла правительству принимать неотложные законы без утверждения Думой в перерыве между роспуском одной Думы и созывом новой (а также во время думских каникул), с обязательством внести эти законы в Думу в двухмесячный срок со дня её открытия. 27 августа вышел указ о продаже крестьянам государственных земель. 5 октября 1906 года был издан указ "Об отмене некоторых ограничений в правах сельских обывателей и лиц других бывших податных состояний", посвящённый улучшению гражданско-правового статуса крестьян. 14 и 15 октября вышли указы, расширявшие деятельность Крестьянского земельного банка и облегчавшие условия покупки земли крестьянами в кредит. Наконец, 9 ноября 1906 года вышел главный законодательный акт реформы - указ "О дополнении некоторых постановлений действующего закона, касающихся крестьянского землевладения и землепользования", провозгласивший право крестьян на закрепление в собственность их надельных земель. Реформа благодаря смелому шагу Столыпина - изданию законов по 87 статье - приобрела необратимый характер. Революционная активность, которую крестьяне показали ещё в 1906 году, делала политически невозможной отмену единожды данных им законом прав. II Дума открылась 20 февраля 1907 года. С самого начала II Дума выражала ещё более отрицательное отношение к любым начинаниям правительства, чем предшествующая Дума. Было очевидно, что любые значимые правительственные законопроекты, в том числе и аграрные, будут отвергнуты Думой, кадетское большинство которой продолжало выступать за предложения в спектре от полной национализации до частичного отчуждения помещичьих земель.
Дума была распущена опять через 3 месяца, не успев ни принять, ни отвергнуть какие-либо значимые законы. Избирательное законодательство, с нарушением Основных государственных законов, попытались изменить таким образом, что правительство получило уверенность в том, что в следующей Думе будет проправительственное большинство, но эта попытка укрепления и восстановления власти в рамках так называемого "Июньского переворота" 1907 года провалилась из-за сопротивления всех слоев общества - великих князей, буржуазии, но самое главное по причине инспирированного Витте вместе с Британией и САСШ тайного союза и общества по координации действий по свержению Николая, вынужденного отказаться от власти по причине вызванной критики из-за провалов внутренней и внешней политики, осложненных малодушием из-за гемофилии цесаревича.
Возобновила свою работу Дума II созыва, которая массово приняла все законопроекты с существенными либеральными поправками.
Дума была полностью готова к сотрудничеству в части увеличения бюджетных ассигнований на аграрную реформу (все бюджетные законопроекты в целом принимались Думой в срок и в атмосфере конструктивного взаимодействия). В результате, правительство с 1907 года отказывается от активной законодательной деятельности в аграрной политике и переходит к расширению деятельности правительственных учреждений, увеличению объёма распределяемых кредитов и субсидий. Начиная с 1907 года, заявления крестьян о закреплении в собственность земли удовлетворяются с большими задержками, вызванными нехваткой персонала землеустроительных комиссий. Поэтому главные усилия правительства были направлены на подготовку персонала (прежде всего землемеров). В то же время, непрерывно увеличиваются и денежные средства, направляемые на реформу, в виде фондирования Крестьянского поземельного банка, субсидирования мероприятий агрономической помощи, прямых пособий крестьянам. С 1910 года правительственный курс несколько видоизменяется - большее внимание начинает уделяться поддержке кооперативного движения.
Реформа представляла собой комплекс мероприятий, направленных на две цели: краткосрочной целью реформы было разрешение "аграрного вопроса" как источника всеобщего недовольства (в первую очередь, прекращение аграрных волнений), долгосрочной целью - устойчивое процветание и развитие сельского хозяйства и крестьянства, интеграция крестьянства в рыночную экономику.
