А у Марины и её отца отобрали все драгоценности, деньги, приставили к ним стражу и велели стеречь до того момента, когда станет ясно, что с ними делать. Потом Шуйский решил, что делать с Мнишеками: в августе он поселил их всех в Ярославле, и они прожили там почти два года. Ксению Годунову же вывез в Москву, он собирался торжественно перенести останки Годуновых в Троице-Сергиев монастырь. И, конечно, после этого Ксения осталась жить в этом монастыре, рядом с родными.
Но порядка в стране так и не получалось, царю Василию тоже пришлось туго: то тут, то там вспыхивали мятежи, порой очень сильные. Люди были недовольны царём, они считали, что он не настоящий, не Богом данный, не Рюрикович. Организовалось войско, нашёлся командующий – бывший крепостной Иван Болотников, и он пошёл на Москву, по дороге к нему стекались искатели добычи, они грабили дома бояр, похищали их жён. В июне 1607 года Болотников привёл свои войска в Тулу. Сам царь Василий вынужден был пойти туда с огромным войском, чтоб усмирить мятежников и осадил крепость. Один хитрец предложил Шуйскому перегородить реку Упу, в результате чего Тула оказалась посреди огромного озера. Погибли все запасы продовольствия, начался страшный голод, положение Болотникова было безвыходным. После некоторых раздумий он решил сдаться, но с условием, что Шуйский помилует всех восставших. Царь поклялся на кресте помиловать всех. 10 октября крепость Тула пала, и через восемь дней Шуйский с победой вернулся в Москву. Болотникова царь привёз с собой, и, конечно, не выполнил своих клятв: Ивана пытали, заточили в тюрьму, потом выкололи ему глаза и утопили.
А Шуйский был так рад победе, что не довёл дело с восстаниями до конца, а это было его ошибкой. Он спешил. Дело в том, что царь Василий был сильно влюблён в молоденькую княжну Марию Петровну Буйносову-Ростовскую. Она чудо как была хороша: голубоглазая, румяная, статная, с длинной косой. Василий Шуйский сватался к ней и раньше, но ему всё время она отказывала, а теперь, став царём, получил согласие. Он раньше был женат на Елене Репниной-Оболенской, но она умерла, так и не родив ему ребенка. Он несколько лет вдовел, и вот теперь, по возвращении в Москву, в январе 1608 года, Василий Шуйский женился на княжне. Существует версия, что Шуйский был женат не дважды, а трижды, причем второй и третий раз на сестрах Марии и Екатерине Буйносовых-Ростовских.
Но тут объявился ещё один Дмитрий, Лжедмитрий II. Его личность ещё более таинственна, никто не знал, кем он был, но люди вокруг него удивлялись, как много он знал о делах Дмитрия I. Одни говорили, что он был учителем, другие, что письмоводителем Дмитрия I, а кто говорил, что это спасшийся царь Дмитрий. Кем бы он ни был, под именем Дмитрий весной 1608 года он пришёл с армией из Путивля и направился в Тулу. В июне подошёл к Москве и расположился в двенадцати верстах от неё, в подмосковном Тушине. У него была Боярская Дума, свой двор и патриарх, Вот к нему-то и перебрались все противники Шуйского, конечно, всех больше было польских шляхтичей во главе с Лисовским, отряд гетмана Ружинского, войско Яна Сапеги и донские казаки во главе с Заруцким. А Дмитрий изображал из себя самодержца. Но его ещё должна была признать Марина, а она была у Шуйского!
Летом 1608 года войско самозванца подошло к Москве и расположилось в Тушине. 23 июля Россией было заключено перемирие с Польшей на три года и одиннадцать месяцев, по нему Марина и все пленные поляки отпускались домой. Марину привезли в Москву, там её заставили отказаться от титула московской царицы, а потом повезли к польской границе под охраной. Процессия уже подъезжала к границе, как карету Мнишеков отбили от охраны люди Лжедмитрия, и 1 сентября доставили в Тушино, Сначала Марина наотрез отказалась встречаться с Дмитрием, но иезуитский священник уверил ее, что признание незнакомого мужчины своим мужем и русским царем будет ее великим подвигом в пользу католической церкви. И вскоре гордая полячка открыто признала его своим спасшимся мужем.
Лжедмитрий II.
Между тем, Лжедмитрий пошёл на Москву штурмом, но не сумел взять её, тогда решил провести осаду города, но им мешал Троице-Сергиев монастырь. Он решил захватить монастырь, отрезать Москву от других областей. Брат царя Иван Шуйский хотел их перехватить, но был разбит. Захватить монастырь им тоже сразу не удалось, поляки встретили сильное сопротивление. Но они осадили монастырь, отрезали его от мира, осаждённым было очень тяжело, особенно зимой, не хватало топлива, еды. Начались повальные болезни., люди умирали в мучениях.
Тогда Царь Василий обратился за помощью к шведскому королю Карлу IX, который был крайне заинтересован, чтобы русские приняли его помощь. Шуйский послал своего племянника князя Михаила Скопина-Шуйского в Новгород на переговоры о военной помощи и сборе войск. Князь Михаил был молодым, красивым, очень умным, в деле ратном искусным, храбрым, вместе с тем осторожным; да ещё ловким в обхождении с иностранцами. Его все любили, и кто знал его, отзывались о нем как нельзя лучше. И вот с отрядом из 150 всадников Скопин-Шуйский отправился из Москвы на север, искусно лавируя между отрядами интервентов.
А в это время уже половина России была за второго Дмитрия. В Тушине, Марина прожила более года, отец от неё уехал в январе 1609 года, поссорившись с ней. Судя по её письмам к отцу и королю Сигизмунду, ей там жилось очень нелегко, она просила защитить её от Дмитрия, потому что он, по её словам, не оказывал ей ни любви, ни уважения. Дядя Марины предлагал ей вернуться, но она надменно отвечала в письме: «Кому Бог единожды дает величие, тот уже никогда не лишается своего блеска, подобно солнцу, всегда лучезарному, хотя и затмеваемому на час облаками». Известно, что Марина в Тушине беседовала с русскими послами и принимала иноземных послов, не отличавшегося ни умом, ни образованием.
В 1608 году тушинцами был захвачен Филарет, митрополит Ростовский и доставлен в лагерь.
Целых шестнадцать месяцев длилась осада Троице-Сергиева монастыря. Ксения Годунова была в это время в этом монастыре, и опять пришлось ей страдать, она пережила все ужасы осады. В марте 1609 года писала своей тетке, что она «в своих бедах чуть жива, совсем больна вместе с другими старицами, и вперед ни одна из них себе жизни не чает, с часу на час ожидают смерти, потому что у них в осаде шатость и измена великая». Было ей тогда двадцать семь лет.
Но тут в игру вмешался Сигизмунд III, с тридцатитысячным войском он вторгся в Россию и в сентябре 1609 года дошёл до Смоленска. Польский король еле разобрался со смутой в Польше и решил отвлечь поляков от неурядиц в своей стране завоеванием русских земель. Он послал представителей в Смоленск, чтобы они рассказали, что, вот он, Сигизмунд, сам идет с большим войском не для того, чтоб проливать кровь русскую, но чтоб оборонять русских людей, и будет стараться более всего о сохранении православной русской веры.
Потому люди должны встретить его с хлебом и с солью и тем положить всему делу доброе начало, в противном же случае войско королевское не пощадит никого. Но не тут-то было, словам его никто не поверил, жители крепости Смоленск и не думали сдаваться полякам. Двадцать месяцев длилась осада Смоленска. Сигизмунд даже призвал всех поляков, которые находились в войсках у Дмитрия в Тушине, чтобы они перешли в его армию и сражались за польские интересы.
Тем временем в конце февраля в Выборге был подписан договор, по которому шведский король, в обмен на Карелу, посылал в Россию корпус наёмников из двух тысяч конницы и трёх тысяч пехоты. 26 марта 1610 года шведы перешли границу, реку Сестру и вскоре встретились в Новгороде с Михаилом Скопиным-Шуйским, и уже 2 мая все вместе выступили к Москве. Пятнадцатитысячное войско во главе с князем Михаилом и шведским полководцем Якобом Делагарди вошла в Москву.
По пути они очистили от поляков Торжок, Тверь, Калязин и сняли осаду Троицо-Сергиева монастыря. Летом праздновали победу: «И была в Москве радость великая, и начали во всех церквах в колокола звонить и молитвы Богу воссылать, и все радости великой преисполнились. Люди же города Москвы все хвалили мудрый добрый разум, и благодеяния, и храбрость Михайла Васильевича Скопина-Шуйского».