Когда его сын Фёдор стал царём, он воспринимал это как тяжбу, потому что был не способен к государственной деятельности. Иван Грозный сам говорил, что Фёдор был «постник и молчальник, более для кельи, нежели для власти державной рождённый». И, действительно, царь Фёдор мало принимал участия в управлении государством, жизнью для него была церковная служба, он часто говорил, что хотел бы поменять престол царя на монастырь. Он был добрым, его называли Блаженным.
В восемнадцать лет Фёдор увидел в церкви Ирину Годунову и сразу влюбился в нее, и вскоре, без традиционного смотра невест, но с благословения Ивана Грозного женился на ней. Её отец, вяземский помещик Фёдор Годунов, умер, когда Ирина была маленькой, она осталась вдвоем с братом Борисом, который был на пять лет ее старше. С семи лет Ирина, а с ней и брат Борис, воспитывались в царских палатах, там служил их дядя Дмитрий Годунов, он был главой Постельного приказа. Борис стал опричником, а через год даже был распорядителем на свадьбе царя Ивана Грозного с Марфой Собакиной. В этом же году и сам Борис женился на дочери Малюты Скуратова Марии Григорьевне Скуратовой-Бельской. 1 мая 1584 года царя Фёдора короновали, Борис Годунов получил чин конюшего, звание ближнего великого боярина и наместника Казанского и Астраханского царств.
Когда царь Фёдор вступил на престол, был создан регентский совет, о котором распорядился Иван Грозный перед смертью. Он состоял из четырёх человек: Богдана Бельского, Никиты Романова, Ивана Мстиславского и Ивана Шуйского. Они образовали боярские группировки, ещё присоединилась группировка Годунова. Между ними шла упорная борьба, в ход шли интриги, подставы: вскоре Бельский был обвинён в измене и выслан, скончался Никита Романов, попал в опалу Шуйский. Все управление государством перешло в руки царского шурина Бориса Годунова. Хотя ему приходилось нелегко, бояре продолжали интриговать и в 1585 году он разоблачил заговор знатных бояр, пытавшихся заманить его на пир и там убить. Мстиславского постригли в монахи. У Годунова была поддержка царя Фёдора, и все документы должен был подписывать царь. Борис Годунов был человек разумный, прислушивался к мнению царя, фактически он и стал править Россией. Но царь Фёдор был в курсе всех дел, он принимал бояр, военачальников, выслушивал их, отдавал указания. Именно он держал в узде бояр, которые готовы были горло перегрызть друг у друга. Русское государство было самым крупным среди православных, а патриарха не было, царь Фёдор вместе с Ириной предложили утвердить патриаршество на Руси, и первым патриархом стал Иов. Ирина тоже участвовала в заседаниях боярской Думы, сохранилось несколько документов, где были подписи и Фёдора, и Ирины. Она даже принимала иностранных послов и переписывалась с английской королевой Елизаветой I, которая называла её «любезнейшею кровною сестрою». Фёдор с Ириной жили в полном согласии.
У Годунова была цель укрепить государство и показал себя умелым строителем. Он стал инициатором строительства неприступных крепостей в степях России, был построен Воронеж, чтобы обезопасить водный путь были построены города на Волге: Самара, Саратов, Царицын, началось строительство и в Сибири. Была построена грандиозная Смоленская крепостная стена, «каменное ожерелье Земли русской» для защиты западных рубежей от воинственных поляков. И около самой Москвы была построена внешняя стена, которая опоясывала белый город. В целом это был успешный период для России. И это оказалось весьма кстати.
Разгром шведов в Ливонской войне была оогромой заслугой царя Фёдора. Он возглавил поход против шведов. Иван Грозный, потерпев неудачу в Ливонской войне, потерял крепости Ивангород, Нарву, Ям (Кингисеп), Копорье. В начале 1590 года шведский король Юхан III посчитал, что Россия ослаблена и решил отобрать у неё себе ещё новые города. И начались провокации шведов, они нападали на пограничные русские гарнизоны. Царь Фёдор объявил о всеобщем созыве полков в Новгороде. Всего армия насчитывала 35 тысяч человек, общее командование осуществлял царь Фёдор. В конце января русские войска взяли Ям, шведский гарнизон из пятисот человек сдался без боя. Настоящие бои начались за Ивангород, шведы отступили, в середине февраля русские войска осадили Нарву и пошли на штурм, но шведы смогли отбить приступ, при этом русские понесли большие потери. Но сразу после неудачного штурма началась массированная бомбардировка крепостей, и уже на следующий день, 20 февраля, шведы запросили перемирия. И оно было заключено сроком на один год. Но в ноябре шведы нарушили перемирие, они пытались захватить Ивангород, но не смогли. Через месяц они с четырнадцатитысячным войском подошли к Копорью, бои шли три недели, но в результате шведов прогнали.
Основные военные силы в это время были направлены на устранение ещё одной беды. Летом 1591 года крымский хан Газы II Гирей, по прозвищу Буря, вместе с ногайским мурзой Казыем во главе 150-тысячной татарско-ногайской армии вторгся в южнорусские владения. Цель была одна: уничтожить Москву, поэтому хан запретил воинам грабить в пути, чтобы не распылять силы и не останавливаться. Утром 4 июля орда подступила к Москве и расположилась в деревне Котлы. Во главе большой русской рати были воевода боярин Фёдор Мстиславский и конюший боярин Борис Годунов. Силы были не равны. Тогда был придуман план: татары должны были захватить «якобы русского лазутчика», который рассказал бы им, что к Москве прибыла большая рать из Новгорода. Так это и случилось, и в то время, когда татары узнали об этом, русские открыли сильный артеллерийский огонь по ханскому лагерю. Утром лагерь крымского хана был пуст, Газы Гирей поверил ложному сообщению и поспешно отступил от Москвы. Конные отряды гнали их до Тулы и взяли в плен много крымцев. Сам хан Газы Гирей был ранен, но привел треть своей армии в Крым. Это была победа, которая укрепила положение Годунова.
Шведы узнав, что наши основные войска на юге, дошли до Белого моря, захватили Печенегский монастырь, разорили земли около Соловецкого монастыря, но сам монастырь им взять не удалось. Русские войска опять прогнали шведов, перешли их границу и разорили несколько их волостей. А в январе 1592 года решили взять реванш, подошли к Выборгу, затем к Кореле и Орешку и через год в Ивангороде, благодаря стараниям Годунова. было заключено перемирие на два года. Война закончилась подписанием Тявзинского мира, Ям, Ивангород, Копорье, Орешек, Ладога были возвращены России. Это была огромная победа.
Семнадцать лет у царя Фёдора с Ириной не было детей.
И против Ирины, хотя ее все любили, возник боярский заговор. Его возглавил митрополит Дионисий и князь Василий Шуйский, они требовали, чтобы государь развёлся с Ириной, а её отправил в монастырь. Но Фёдор очень рассердился на них за то, что от него хотят забрать его любимую жену. Дионисия и князя Шуйского сослали в монастыри. А в мае 1592 года, после почти двенадцати лет брака, у Фёдора с Ириной, к их великой радости, родилась дочь Феодосия. Но, к сожалению, она прожила всего девять месяцев. Это так расстроило Фёдора, что он сильно заболел, у него и так было здоровье слабое. Да так, что полностью и не восстановился, через четыре года, в конце 1597 года умер. По преданию, в час его кончины в кремлёвских палатах ощущалось благоухание. Он пробыл на престоле тринадцать лет и семь месяцев.
После смерти царя Фёдора бояре, опасаясь бедствий междуцарствия, решили присягнуть Ирине. Но уже через неделю после кончины мужа она объявила о решении постричься, удалилась в Новодевичий монастырь и приняла имя инокини Александры, там она и умерла спустя пять лет, за два года до смерти брата.
Династия Рюриковичей закончилась. Прямых наследников на престол не было, а претендентов на царствование было несколько, среди них бояре: Фёдор Романов, племянник последнего царя Фёдора и Василий Шуйский, потомок суздальских князей из рода Рюриковичей. Борьба была жёсткая, длилась она восемь месяцев, но победил шурин царя Годунов Борис. Он уступал конкурентам своей родословной, но за ним был многолетний и в целом успешный опыт управления страной, фактически он и был все это время царем. Это и стало решающим фактором.
