В сентябре 1598 года Борис Годунов венчался на царство. Впервые за всю историю России на престол взошёл незнатный, безродный. Годунов чувствовал шаткость своего положения, и это вынуждало его быть подозрительным. Он не доверял ни Шуйским, ни Романовым, ни Мстиславскому, которые имели полное право на престол.
И если первые два года его правления казались лучшим временем России, то начало века казалось уже наихудшим. Годунов все больше становился завистливым и подозрительным. Страх потерять власть только усиливался, он даже создал личную гвардию телохранителей, состоявшую исключительно из немцев, приехавших из Ливонии и Германии. Годунов опасался мести своих соперников, и поэтому поощрял шпионство и доносы, пытаясь таким образом оградить себя и свое семейство от покушений. А сам хладнокровно расправлялся с этими соперниками, и особенно пострадали бояре Романовы.
Романовых было много. Глава семьи Никита Романович Захарьин-Юрьев был братом той самой царицы Анастасии, первой, и самой любимой жены Ивана Грозного. Он был советником Думы, активным и толковым, а после своей смерти у него осталось семь сыновей и шесть дочерей. Старший сын Фёдор, которому было двадцать девять лет, жил с женой Ксенией Ивановной Шестовой, у них родилось шесть детей, одна дочь и пятеро сыновей, но четыре сына умерли во младенчестве. Проживали они с сыном Михаилом и дочерью Татьяной, в доме на Варварке. Вместе с ними жили и младшие братья и его сёстры. Брат Александр с семьёй жил отдельно в своём доме.
Все Романовы были как на подбор, но особенно отличался Михаил: высокий, статный, с удивительной силой, добрый, его все любили. А Фёдор считался первым московским красавцем, щёголем, да ещё и очень умным, он знал английский, сам изучил латынь, любил читать, у него даже была большая библиотека. В тридцать лет он уже командовал русским войском в сражениях со шведами. Позднее историки назвали его русским Ришилье.
Романовы были между собой очень дружны, а это как раз и беспокоило Бориса Годунова, он был убеждён, что Романовы мечтают о престоле, он видел в них достойных соперников, и потому боялся их. Раздавая им почести, он при первом же наговоре на Романовых, распорядился взять всех пятерых братьев под стражу. А ведь именно ему их отец, боярин Никита Романович, поручил заботу о них, своих детях, и Годунов дал ему клятву. Их обвинили в том, что якобы они замышляли отравить Бориса, в доме Александра нашли мешочек с кореньями и объявили это ядом. Мистика, но именно в октябре, 26-го числа всех Романовых арестовали. Допрашивали, пытали и их друзей, и слуг, но верные слуги умирали в муках, но говорили о невиновности Романовых. И они были правы! Против них не было ни одной улики.
И всё же, в 1601 году, так и не доказав вины, всех Романовых выслали в разные места, причём разъединили мужей с жёнами и детьми. Фёдора насильно постригли, нарекли Филаретом и сослали в Сийскую Антониеву обитель, недалеко от Холмогор, ему было сорок семь лет. Его супругу Ксению под именем Марфы отправили в Заонежский погост, отобрали детей. Молодой красавец Михаил Романов оказался в земляной яме около Перми, в деревне Ныробка, закованный в трёхпудовые кандалы, его приковали к столбу за пояс, ноги и руки. Василия погнали сначала в Яранск, потом в Пелым тоже в кандалах, там его держали в одной избе с Иваном и, чтобы они не могли подходить друг к другу, их приковали к стене, в разных углах избы. Александра сослали в Усолье-Луду, к Белому морю. Мужа их сестры Марфы, боярина Бориса Черкасского, тоже арестовали, держали «на цепи и в железах, пытали на дыбе». Потом отправили его вместе с Марфой и детьми на Белоозеро. Вместе с ними были отправлены и дети Фёдора, шестилетний Михаил и совсем маленькая дочь Татьяна. Через несколько месяцев Борис Черкасский скончался. Выходило, что Годунов решил уничтожить всех Романовых.
Не выдержав ужасных условий, в 1602 году, первым умер самый младший брат Василий, кандалы ему так изранили ноги, что началась гангрена. Потом ещё два брата сгинули: Александра убили приставы, а Михаил почти год находился в нечеловеческих условиях, в голоде и холоде. Стрельцы не давали ему еды, но местные жители, которые успели его полюбить, тайно подкармливали Михаила, за что многие из них тоже поплатились. По преданию Михаила задушил начальник охраны, которому надоело ждать его смерти. В этой деревне Ныробка в память о страданиях и гибели боярина Михаила Романова поставили часовню, в которую поместили кандалы невинного страдальца. туда и сейчас приезжает много паломников. Только один брат Иван, по позвищу Каша, остался в живых. Его тоже вместе с Василием держали в Пелыме прикованными к стене цепями, через год перевели в Нижний Новгород, но вскоре возвратили в Москву Через четыре года по распоряжению царя Дмитрия гробы Михаила, Василия и Александра были доставлены в Москву и с почетом захоронены в Новоспасском монастыре, уже потом там был построен храм.
Годунов не оставил в покое и Мстиславских, и Шуйских, запретил молодым князьям жениться, боясь, что их дети будут состязаться с его сыном за престол. Это ужасное злодейство Годунова проходило на виду, люди всё видели, и их отношение к нему очень сильно изменилось. Это усугубилось настоящим бедствием, в 1601 году в России начался Великий голод.
Только в конце 1602 года Годунов разрешил Марфе Никитичне, княгине Черкасской, уже овдовевшей, вместе с детьми Фёдора, Михаилом и Татьяной, поселиться в вотчине Романовых, селе Клине. Выпустили и Ивана, четвёртого брата, совсем больного, его содержали в самых ужасных условиях, морили голодом, три месяца он был прикован к стене. Только могучий организм помог ему выжить. Из пятерых братьев Романовых осталось только двое, и то больных, почти сломленных.
Хотя нет ни одного прижизненного портрета Бориса Годунова, но по описаниям он был красив и, несмотря на свой небольшой рост, величав. Английский путешественник описывает его таким образом: «Что касается особы царя Бориса, это был рослый и дородный человек, своею представительностью невольно напоминаший об обязательной для всех покорности его власти; с черными, хотя редкими волосами, при правильных чертах лица. Он обладал в упор смотрящим взглядом и крепким телосложением». Годунов имел удивительную интуицию и так же изумительно умел скрывать свои недостатки, и извлекать выгоды из своих достоинств. Борис был великим честолюбцем, не пропускал ни одного случая и не единого средства, чтобы выдвинуться. У него был волевой характер, он был смелый, но осторожный. Главным достижением его в политике было то, что Россия в его правление ни с кем не воевала.
Борис Годунов и его сын Фёдор.
Женат был Борис на дочери Малюты Скуратова Марии и целых десять лет у них не было детей, потом родилась дочь Ксения и два сына Иван и Фёдор, но в годик Иван умер от простуды. Борис с Марией воспитывали детей с большой любовью, дали им прекрасное образование, для их обучения специально приглашались лучшие учителя Москвы и Европы. Он очень любил своих детей, современники поражались его привязанностью к детям.
Фёдор был очень умным и скромным юношей, отец рано приучил его к пониманию задач по по укреплению государства, хотел сделать из него мудрого просвещенного правителя. федор регулярно заседал в Боярской думе, принимал послов. Уже позднее, в 1613 году, в Амстердаме была издана одна из первых карт России, которую составил в своё время Фёдор. Фёдор обладал душевной чистотой и благородством, был добрым. Сама английская королева Елизавета в 1603 году нашла для Фёдора невесту, одиннадцатилетнюю знатную англичанку, но сватовство не состоялось из-за смерти Елизаветы. Затем в 1604 году Михаил Татищев был послан в Грузию, чтобы привезти в Москву другую невесту, дочь картлинского царя Георгия X и его жены Мариам, царевну Елену Багратион. Вот как он описывал её: «Елена прелестна, но не чрезвычайно: бела и ещё несколько белится; глаза у неё чёрные, нос небольшой, волосы крашеные, станом пряма, но слишком тонка от молодости, ибо ей только 10 лет, и в лице не довольна полна». В этот раз Татищев царевну не привёз, Георгий дочь не отдал, сославшись на ее малолетство, а потом уже было не к кому вести.
